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Estructura Primaria de Proteínas

Este documento describe varios métodos para determinar la secuencia de aminoácidos (estructura primaria) de péptidos y proteínas, incluyendo la fragmentación química o enzimática, secuenciación de Edman, y análisis comparativos de secuencias. La clave es dividir grandes proteínas en péptidos más pequeños que puedan ser secuenciados individualmente y luego reunir la secuencia completa.

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Este documento describe varios métodos para determinar la secuencia de aminoácidos (estructura primaria) de péptidos y proteínas, incluyendo la fragmentación química o enzimática, secuenciación de Edman, y análisis comparativos de secuencias. La clave es dividir grandes proteínas en péptidos más pequeños que puedan ser secuenciados individualmente y luego reunir la secuencia completa.

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La formación de un enlace peptídico

La estructura primaria de un péptido

1
Estructura primaria.
La formación de un puente disulfuro

La secuencia de una proteína.


Insulina de bovina

2
Análisis de Aminoácidos. Reacción química

CH

CH
H2 H2
O C C
o-ftalaldehído HO S
R1
R1
C O
+
+
H3N H C N C
H O
C
O
O
HS Aminoácido
CH2

CH2 Derivado
HO
Fluorescente

2-mercaptoetanol

Análisis de Aminoácidos.
Perfil de elución desde el analizador

3
Degradación de EDMAN

Ciclo 1

1 2 3 4 5

1 2 3 4 5

1 2 3 4 5

Analizador

Degradación de EDMAN

Ciclo 2 2 3 4 5

2 3 4 5

2 3 4 5

Analizador
y así sucesivamente ....

4
Las reacciones químicas de la
reacción de Edman

Determinación estructura primaria

Hecho

Es posible secuenciar péptidos de 25- 30


residuos

Problema

Las proteínas son polímeros de ≥ 100


aminoácidos

5
Determinación estructura primaria

Solución

!! DIVIDIR PARA CONQUISTAR ¡¡

Proteína

1. Fragmentación

Péptidos

2. Secuenciar péptidos

3. Ordenar la secuencia

Especificidad de algunos métodos


de fragmentación

TRATAMIENTO PUNTOS DE RUPTURA

Tripsina Lys, Arg

Quimotripsina Phe, Trp, Tyr

Proteasa V8 Asp, Glu

Bromuro de cianógeno (CNBr) Met

O R2 O
H
C C N H C
C N H C C N
H
R1 O R3

Enlace peptídico

6
Ejemplo de secuenciació
secuenciación de un pépido

Tratamiento Péptidos secuenciados

Tyr-
Tyr-Lys
Glu-
Glu-Met-
Met-Leu-
Leu-Gly-
Gly-Arg
Hidró
Hidrólisis con Tripsina
Pro-
Pro-Met-
Met-Arg
Met-
Met-Gly-
Gly-Cys-
Cys-Lys

Leu-
Leu-Gly-
Gly-Arg-
Arg-Met
Tyr-
Tyr-Lys-
Lys-Glu-
Glu-Met
Hidró
Hidrólisis con CNBr
Gly-
Gly-Cys-
Cys-Lys-
Lys-Pro-
Pro-Met
+ un aminoá
aminoácido bá
básico

Secuencia Deducida
Fragmentos CNBr

Tyr-
Tyr-Lys-
Lys-Glu-
Glu-Met-
Met-Leu-
Leu-Gly-
Gly-Arg-
Arg-Met-
Met-Gly-
Gly-Cys-
Cys-Lys-
Lys-Pro-
Pro-Met-
Met-Arg

Fragmentos con Tripsina

Análisis de estructura primaria.


Comparaciones de secuencias

7
Análisis filogenéticos

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