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Rev.MVZ Córdoba 16(1):2410-2424,

REVISTA MVZ CÓRDOBA
2011. • Volumen 16(1), Enero - Abril 2011

REVISIÓN DE LITERATURA

El genoma bovino, métodos y resultados de su análisis

The bovine genome, methods and results of its analysis

Janeth Ortega T,1 M.Sc, Luís García P,2 Ph.D.

1
Universidad Nacional de Colombia. Departamento de Biología. Facultad de Ciencias. Sede
Bogotá. 2Universidad Nacional de Colombia. Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia. Bogotá.
Correspondencia: [email protected]

Recibido: Junio de 2009; Aceptado: Febrero de 2010.

RESUMEN

El conocimiento del genoma de especies domésticas ha permitido la selección de

características importantes para la producción y la aplicación de técnicas moleculares
en mejoramiento genético. El objetivo de esta revisión fue presentar la metodología que
se utilizó para el secuenciamiento del genoma bovino, describir la estructura molecular
y presentar los principales hallazgos de este proyecto. Se describen las principales
herramientas y metodologías utilizadas para el secuenciamiento del genoma, la naturaleza
molecular y las perspectivas que de este conocimiento surgen para el desarrollo de la
medicina veterinaria y la producción animal. Se resalta la importancia del uso de estas
estrategias de estudio para comparaciones evolutivas y la búsqueda de genes bovinos para
características importantes de producción y loci de características cuantitativas (QTLs).
Se incluyen los genes anotados a la fecha, la sintenia entre especies, al igual que los
cromosomas bovinos mejor descritos. Finalmente se resumen las perspectivas de utilización
de este conocimiento en el campo de la producción y conocimiento del genoma bovino,
las repercusiones en el estudio comparativo entre razas y el mejoramiento genético de las
especies.

Palabras clave: Genomas, bovino, secuenciación de ADN, anotación de genes, secuencias

repetitivas, evolución. (Fuente: MeSH)

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ABSTRACT

The knowledge of the genome in domestic species has allowed the selection of important
characteristics for production and the development of molecular techniques used for
animal genetic improvement. The objective of this review is to present the methodology
used for sequencing the bovine genome, describe some findings of the genome structure
and to introduce the main discoveries of the Bovine Genome Project. The main tools and
methodologies used for sequencing the genome are described. Also, the main perspectives
that from this knowledge arise for the development of veterinary medicine and animal
production are discussed. Emphasis is put on the importance of the use of these strategies
of study, the evolutionary comparisons and the search of bovine genes for important
characteristics in production and quantitative trait loci. Annotated genes up to date, the
synteny of genes between species and the best-described chromosomes are included.
Finally a summary of the main perspectives from using this knowledge in the field of
production, the knowledge of the bovine genome, the consequences in the comparative
study among species and the genetic improvement of species is presented.

Key words: Genome, bovine, sequence analysis, DNA, gene annotation, repetitive
sequence, evolution. (Sources: MeSH)

INTRODUCCIÓN

Las especies bovinas constituyen un grupo y paratiroidea fueron identificadas en

muy importante de animales, no sólo por extractos de suero bovino (3), al igual que
su posibilidad de explotación y aporte en el efecto de la hormona luteinizante (4).
la economía de muchos países, sino por Estudios con extractos pituitarios bovinos
ser de las primeras especies domesticadas inyectados a ratas permitieron identificar
por el hombre, hecho que le ha permitido y conocer el efecto de la hormona de
acompañarlo en su evolución y viajes a crecimiento (5,6).
lo largo de diferentes rutas migratorias
a través de la historia. El ganado bovino Se debe resaltar el aporte de técnicas de
representa así junto con los cerdos, biotecnología reproductiva desarrolladas
perros y gatos una clase de mamíferos inicialmente en bovinos tales como:
placentados que han coevolucionado con técnicas de superovulación, cultivo de
los humanos y su estudio permite no sólo oocitos, fertilización in vitro, maduración
ampliar el conocimiento de estas especies, y congelación de embriones, las cuales
sino brindar huellas importantes sobre la se implementaron posteriormente en
evolución e historia natural de las mismas. humanos. Además la investigación en
semen de bovinos ha permitido el desarrollo
El avance en los estudios genéticos de de técnicas aplicadas a humanos y otras
las especies animales ha contribuido especies (7).
ampliamente a entender muchos campos de
la medicina humana. En la endocrinología, En bovinos existe una importante
por ejemplo, estudios clásicos en animales variabilidad genética, representada por
permitieron entender la regulación de las más de 783 razas (8) distribuidas en
hormonas pituitarias y reproductivas. La todo el mundo, en las cuales una amplia
composición de la insulina fue primero diversidad de fenotipos es debida a
descrita a partir del estudio de la insulina características genéticas, lo que permite la
bovina (1), la warfarina fue desarrollada posibilidad de realizar mejoramiento con
gracias a la identificación de una patología el fin de obtener rendimientos superiores
en la sangre de los bovinos (2) (enfermedad en características específicas altamente
de Sweet Clover), las hormonas tiroidea deseables para la producción, tales como
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incremento en el crecimiento, composición Metodología de análisis de los

de los productos (e.g. leche, carne, genomas.
etc.), fertilidad, capacidad de adaptación
a múltiples ambientes y resistencia a Diferentes técnicas de biología molecular
diferentes patologías, entre otras (8). han permitido el conocimiento detallado
de los genomas. El desarrollo y aplicación
Distintos avances tecnológicos en la de técnicas de mapeo físico, genético y
reproducción, el conocimiento del genoma comparativo, permiten la posibilidad de
y la aplicación de métodos estadísticos asignación física específica de los genes
para maximizar la producción, aumentan dentro de un cromosoma, establecen la
la posibilidad de ganancia en países cuya sintenia entre marcadores y obtienen de
economía es soportada por diversos tipos manera conjunta, información tanto de
de explotación ganadera, lo que hace que genes como de marcadores (10). El avance
rápidamente se invierta en tecnología, en el conocimiento de la química de los ácidos
incrementando el conocimiento y desarrollo nucleicos, la automatización de los procesos
en esta área. de laboratorio y la biología computacional,
han contribuido al conocimiento de la
Con el fin de obtener información amplia y organización y variabilidad genética de las
consolidada del genoma bovino, en el año especies, a tal punto, que en la actualidad
2003 surge la iniciativa para secuenciar, se dispone de pruebas de laboratorio
ensamblar y anotar el genoma completo. que permiten obtener información rápida
Esta iniciativa estuvo apoyada por la y confiable de caracteres genéticos de
importancia que los bovinos tienen para importancia económica en especies de
estudios de evolución de las especies, gran valor productivo. Algunos ejemplos
por la búsqueda continua de QTLs y por en bovinos incluyen la detección de genes
la posibilidad de extrapolar la medicina como los de la tiroglobulina, la calpastatina y
humana con la medicina veterinaria. Para la miostatina, implicados en características
tal fin se creó el Consorcio Internacional, como el marmóreo, la terneza de la carne y
liderado por el Baylor College (Houston, la doble musculatura respectivamente (11).
Texas, USA), con el apoyo de varias entidades
y gobiernos con un presupuesto total de 53
millones de dólares cuyo objetivo principal
fue secuenciar y ensamblar un prototipo
Mapas físicos, genéticos y de
del genoma bovino, obtener información desequilibrio de ligamiento
detallada acerca de los genes bovinos,
generar una base de datos con información Los mapas físicos. Permiten la
de polimorfismos de nucleótidos simples localización exacta de genes dentro
(SNPs). de los cromosomas. Estos mapas son
construidos utilizando técnicas tales como
A partir de esa fecha, el consorcio puso híbridos somáticos, híbridos por radiación
a disposición los resultados obtenidos en (RH) e hibridación in situ fluorescente
internet a medida que estos se fueron (FISH). Con los híbridos somáticos se
generando. Este proyecto mostró que retienen cromosomas específicos, luego
el genoma bovino puede contener como de la fusión de dos células de diferente
mínimo 22,000 genes, además de una origen, delimitando la búsqueda de genes
serie de segmentos duplicados y elementos a cromosomas particulares. Mientras que
repetitivos. Se observó que existe una con los híbridos por radiación, se retienen
variación inter especie con respecto a los fragmentos de cromosomas que han
genes asociados con lactancia y respuesta sido obtenidos después de irradiar las
inmunológica (9). El objetivo de esta células con diferentes dosis de radiación,
revisión fue presentar la metodología que se delimitando aún más la búsqueda de
utilizó para el secuenciamiento del genoma genes a fragmentos más pequeños de los
bovino, describir la estructura molecular cromosomas (12). Las especies animales
y presentar los principales hallazgos del más comúnmente utilizadas para tal fin
proyecto. son: hámster, ratón, humano y líneas
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celulares procedentes de estas especies entre razas y detectar regiones genómicas

(12). Mediante la Hibridación in situ que han estado sujetas a presiones de
fluorescente, se localizan genes dentro selección. La información actual sobre
de los cromosomas gracias a la utilización mapas de desequilibrio de ligamiento
de sondas específicas, frecuentemente indica que éste es alto entre marcadores
generadas a partir de RNAs mensajeros de tipo microsatélite, no solo en loci que se
marcadas con agentes fluorescentes (13). encuentran localizados a cortas distancias,
sino también en loci localizados a más de
Mapas genéticos o de ligamiento. Se 40 cM (16).
obtienen a partir de la información generada
de estudios de pedigrí en donde se realizan En un estudio realizado por McKay et al
observaciones de características asociadas (17), se generó un mapa de desequilibrio
con marcadores específicos. A través de ligamiento comparativo entre 8 razas de
de las generaciones, estos marcadores bovinos para los 29 pares de cromosomas.
cosegregan (se segregan conjuntamente En este se utilizaron diferentes
el marcador y el gen responsable para un marcadores, incluyendo polimorfismos de
fenotipo determinado) con una característica nucleótido único (SNP), encontrando que el
específica, pudiéndose reconocer en la desequilibrio de ligamiento para las razas
progenie los porcentajes de los descendientes Bos indicus es un poco menor que para
que portan el gen responsable del fenotipo las razas de Bos taurus (17). Ello puede
junto con el marcador y el porcentaje de los deberse a que los marcadores tipo SNPs
recombinantes. Con esta metodología se seleccionados tenían una frecuencia alélica
han detectado muchas patologías genéticas menor, o que el resultado pueda reflejar
relativamente raras. Dichos porcentajes un tamaño efectivo poblacional mayor
permiten establecer la distancia genética dentro de la historia de las poblaciones
entre diferentes marcadores, la cual es de ganado Bos indicus. Una interesante
medida en cM (centimorgan). Esta medida no conclusión de esta publicación es que
necesariamente corresponde a una distancia para la identificación de nuevos genes
física exacta en pares de bases (14). y QTLs dentro del genoma bovino, se
hace necesaria una mayor cobertura de
Mapas de desequilibrio de ligamiento. marcadores (30.000-50.000), ya que si
Desequilibrio de ligamiento significa una dos SNPs están localizados a una distancia
asociación no al azar de alelos de 2 o de 100 kb, el coeficiente de correlación
más loci, de tal manera, que los mapas entre ellos (r2) está entre 0.15 y 0.2 y
de desequilibrio de ligamiento brindan un QTL que se encuentre a una distancia
información sobre estas asociaciones en el intermedia entre estos dos marcadores,
genoma completo o en bloques del mismo. solamente alcanzará un coeficiente de
La detección de desequilibrio de ligamiento correlación de 0.3, lo que conllevaría a la
es de importancia en biología evolutiva necesidad de utilizar un mayor número de
y genética debido a que permite obtener loci para realizar análisis de asociación entre
información acerca de eventos pasados. estos y así poder localizar características
Cuando se estudia el desequilibrio de cuantitativas (17).
ligamiento en el genoma completo, se
puede obtener información sobre la historia Secuenciación de Genomas. El obtener
natural de las poblaciones, los sistemas de la secuencia de todo el genoma de una
apareamiento y el patrón de subdivisiones especie es una tarea ambiciosa que
geográficas, mientras que estudiando demanda grandes recursos económicos,
bloques particulares del genoma se obtiene técnicos y bioinformáticos tanto para
información sobre posibles efectos de el alineamiento, comparación de cDNA,
selección natural, eventos de conversión búsqueda de secuencias blanco de
génica, mutación y otras fuerzas que causan expresión (ESTs) como para la anotación
cambios en las frecuencias genéticas (15). del genoma completo. El proyecto genoma
En bovinos, el desequilibrio de ligamiento bovino utilizó toda la plataforma de
ha permitido explorar el grado de diversidad conocimiento y tecnología derivadas del
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secuenciamiento del genoma humano, con y finalmente la secuencia completa del

el fin de obtener la secuencia completa de genoma es obtenida por alineamiento de
un prototipo del genoma bovino, además los extremos superpuestos de los distintos
de describir el contenido de GC e identificar BACs. El resultado es un andamiaje de
genes individuales y secuencias que secuencias de los contigs que constituye la
regulan la recombinación genética. Para secuencia borrador del genoma (18).
cumplir con dichos objetivos se utilizaron
diferentes estrategias metodológicas con Secuenciación por shotgun. En esta
las cuales se obtuvieron bloques de grandes metodología (del perdigonazo por su
secuencias del genoma, los cuales fueron traducción del inglés) el genoma completo
ensamblados, para finalmente proponer es fragmentado utilizando métodos físicos o
un borrador del genoma en cuestión. A enzimáticos, con el fin de obtener múltiples
continuación se presentan dos estrategias segmentos pequeños de ADN que luego
metodológicas que fueron utilizadas para son clonados y secuenciados. Este método
la secuenciación del genoma bovino. a diferencia del jerárquico, implica que los
múltiples clones son secuenciados una o
Secuenciación jerárquica. Este primer varias veces y la obtención de secuencias
método de secuenciación permite trabajar no es de manera consecutiva a lo largo de
en grupos a nivel mundial para formar la longitud del cromosoma (18).
consorcios de identificación de cromosomas
particulares sin el riesgo de repetición (18). En la metodología de secuenciación por
shotgun, una vez obtenida la secuencia,
Mediante esta estrategia el genoma completo se utilizan algoritmos de computador para
es digerido con enzimas de restricción ensamblar los contigs derivados de miles de
y los fragmentos de hasta 200 Kb son secuencias que se superponen. Los contigs
insertados en vectores de clonación. En el son derivados de genotecas de plásmidos
caso de genomas grandes, estos vectores que han sido generados de una genoteca
generalmente son cromosomas artificiales de total. Los vectores de clonación son
bacterias (BACs) o cromosomas artificiales similares a los utilizados en la secuenciación
de levadura (YACs) que luego son clonados, jerárquica (BACs y YACs). Celera, una
para obtener genotecas que representen compañía estadounidense especializada
el total del genoma a secuenciar. Estos en desarrollo de equipos automatizados de
fragmentos a su vez pueden ser subclonados secuenciación ha implementado diferentes
sucesivamente (18). tipos de software tales como: Screener,
Overlapper, Unitigger, Scaffolde, Repeaty
Una vez secuenciado cada uno de los Resolver para ensamblar los distintos
segmentos contenidos en los BACs o contigs (18).
YACs, el ensamblaje de estos fragmentos
es posible gracias a secuencias comunes Anotación de genes. Una de las
que se sobreponen en los extremos. Los aplicaciones inmediatas de la secuenciación
distintos bloques se unen para formar los de cualquier genoma reside en la anotación
denominados contigs (18). Sin embargo, de los genes que lo constituyen. La
es posible que haya interrupciones en el anotación consiste en la identificación de
alineamiento de las secuencias (gaps) como los genes en el genoma estudiado, para
resultado de segmentos que no fueron posteriormente determinar su posible
secuenciados o que no fueron clonados, función. La anotación se lleva a cabo
estos se completan utilizando diferentes mediante búsquedas bioinformáticas de
metodologías. El ensamblaje completo del regiones universales que caracterizan a
genoma de las secuencias individuales de todas las secuencias codificantes: marcos
los clones de BACs se realiza en tres pasos: abiertos de lectura (ORF)s, cajas TATA,
filtro, ensamblaje y unión. En el primero, los secuencias conservadas en los límites
fragmentos contaminantes son removidos; exón-intrón y regiones de alto contenido
en el segundo, se genera un ordenamiento de CG. Para ello existen varios programas
de los contigs para cada genoteca de BAC computacionales que permiten la búsqueda
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de estas secuencias sobre los genomas, lo constituyen. Además se han identificado

tales como Gene Finder y Grail, los cuales 496 micro RNAs, la mitad de ellos se
pueden predecir hasta un 90% de genes encuentran distribuidos en 60 grupos
verdaderos. Sin embargo, existen algunas génicos separados por 10 Kb, conteniendo
dificultades debido a la complejidad de de 2 a 7 genes cada uno (9).
algunos genes dentro de las especies,
tales como localización de genes dentro El contenido total de GC es de 41,7%, y al
de intrones de otros genes y regiones igual que en otros mamíferos el genoma
no codificantes de alta complejidad. En está compuesto de muchos elementos
estos casos se han implementado nuevos transponibles y un número de repeticiones
programas computacionales como Genie, específicas para rumiantes, que constituyen
Genscan, HMMgenes, F genes, que permiten cerca del 27% del total de genoma (9).
localizar genes a pesar de la complejidad
de algunas regiones genómicas (18). La densidad de genes en bovinos aún no
ha sido establecida con precisión, para
humanos se ha estimado en 6 genes por
Descripción molecular del Mb. Al parecer en algunas regiones del
genoma bovino genoma bovino, la densidad podría estar
en 10 genes por Mb, mientras que en otras
El genoma bovino está constituido por 29 podría ser de tan solo 2 genes por Mb 10. En
pares de autosomas y un par de cromosomas bovinos se observa que el número de genes
sexuales. La mayor diferencia cariológica inferidos por tamaño de los cromosomas
entre las dos especies de ganado bovino difiere considerablemente respecto a la
(Bos taurus y Bos indicus) se encuentra longitud física del mismo. De acuerdo con
en el cromosoma Y: en Bos indicus este Mark et al (20) los cromosomas BTA18 y
cromosoma es acrocéntrico mientras que BTA19 tienen más genes que los esperados
en Bos taurus es submetacéntrico (19). de acuerdo a su tamaño.

Un mapa inicial derivado de clones de BACs

del genoma bovino fue construido a partir Regiones Dispersas
de fragmentos de restricción de 290.797
clones de animales de tres diferentes razas, Elementos cortos dispersos (SINE).
que incluyeron Hereford, Holstein y Angus Son secuencias cortas de no más de 400
(10), luego fueron incluidos los genotipos pb repetidas hasta en un millón de copias
y pedigríes de dos mapas genéticos y dentro de los genomas (21). En la mayoría
un set de marcadores obtenidos a partir de las especies incluyendo las plantas, éstas
de mapas de híbridos por radiación, los han sido muy probablemente incorporadas
cuales fueron consolidados en un mapa dentro del genoma por retrotransposición
con 17.254 marcadores en total (10). de un gen único para RNA 7SL, el cual
El primer borrador de la secuencia del hace parte de un complejo ribo proteico de
genoma bovino fue generado a partir de un señales citoplasmáticas (22). En humanos
individuo de la raza Herford (Li Dominette existen más de 100.000 de estos elementos
01449), mientras que la base de datos y un ejemplo típico son las secuencias Alu
para SNPs ha sido generada a partir de seis (21).
razas diferentes: Holstein, Angus, Jersey,
Limousin Norwegian Red y Brahman (9). En los bovinos puede ser difícil diferenciar
entre las secuencias microsatélites, es decir
De la información obtenida tanto de secuencias de ADN de alta repetición en
los mapas físicos, genéticos y del tandas y el ADN repetitivo disperso, debido
secuenciamiento, se estima que el total básicamente a que comparten una serie de
del genoma bovino consta de 2,87 Gpb elementos comunes (23-25). Un 39% de la
(2870 millones de pares de bases), a la tripleta AGC está asociada con el elemento
fecha se ha reportado la anotación de 4000 SINE Bov-A2 (8). Esta alta asociación es
genes, de los 22,000 que probablemente una característica importante del genoma
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de los bovinos, si se compara con el completo se encontró que BovB contiene

genoma de los cerdos en donde solamente un marco de lectura abierto, indicando que
existe un porcentaje de asociación entre el este elemento puede estar aún activo 8.
12 y el 24%. Puesto que BovA y BovB poseen regiones
homólogas en su extremo 5’, ello sugiere
En un estudio realizado por Alexander el posible papel como regiones promotoras
et al (26), se describe una particular (8) para genes localizados en dirección
asociación entre la secuencia del elemento 3’, en particular aquellos blancos para la
repetitivo de artiodáctilos (SINE ARE) y un actividad de la transcriptasa inversa.
microsatélite en porcinos y se sugiere una
homología compartida con su contraparte Otras secuencias LINE han sido encontradas
en ovinos y bovinos. Esta asociación en el genoma de bovinos tal como la
SINE-microsatélite ha sido utilizada conocida secuencia Bovino adenosina
para desarrollar iniciadores específicos y trifosfato (BATPS) localizada en el segundo
amplificar regiones (de manera similar intrón del gen para la adenosina trifosfato
a los Alu en humanos) del genoma de sintetasa; parte de esta secuencia ha sido
rumiantes. Otra particularidad del genoma reconocida también dentro del pseudogen
de los rumiantes, cuando se los compara para la alfa-lacto albúmina (8).
con el genoma de ratón, cerdo o con el
mapa humano, es que los microsatélites no ADN satélite. Este tipo de secuencias de
forman asociaciones (27). En las especies ADN fue primero identificado como bandas
no rumiantes se observa asociación de satélites respecto a una banda principal,
microsatélites aparentemente inseparables cuando el ADN se ultra centrifugaba en
por recombinación (8). gradientes de densidad (28), ahora el
término ADN satélite hace referencia a
Elementos largos dispersos (LINE). cualquier secuencia repetida en tándem
Los genomas de mamíferos están repletos (29). Este ADN se encuentra localizado
de secuencias largas dispersas (LINE) de principalmente en el centrómero. Existe
muchas kilo pares de bases de longitud y con en el centrómero de los bovinos tres
dos marcos abiertos de lectura, uno de los secuencias cortas, que se cree se formaron
cuales codifica para la retrotranscriptasa. a partir de la duplicación o triplicación de
En humanos la familia más común es la una corta secuencia única de entre 11 y
LINE 1 y consiste de 200.000 a 500.000 12pb (8).
copias de casi 6.1 Kb de longitud (21).
El ADN satélite en los bovinos representa
En bovinos existen dos tipos de elementos a más de un cuarto del contenido total
dispersos largos: Bov A y Bov B, que del genoma. La separación de éste por
ocupan entre 1.6 y 1.8% del genoma centrifugación en gradientes de densidad
total respectivamente. La secuencia permite identificar ocho grandes porciones
Bov A es una región de 115 bp, la cual de ADN satélite (1706, 1709, 1711a,
generalmente puede estar duplicada y se 1711b, 1715, 1720a, 1720b y 1723 g/
denomina Bov-A2. También puede estar cm3) y once componentes menores;
asociada con un pseudogen para un tRNA representando un 23 y 4% del total
de Glicina, en cuyo caso se le llama Bov- respectivamente. La porción de 1706 fue
tA (8). Otro tipo de repetición considerada la primera secuenciada (8) y se observó
inicialmente como SINE corresponde a un que está compuesta de una región de 2350
elemento de 560 pb (Art-2), el cual se pb con una estructura de repeticiones
evidencia después de digerir el genoma alternadas de dos subsecuencias cortas,
total con la enzima de restricción PstI. una de 12 pb y otra de 11pb.
Recientemente se ha descrito mejor y
el elemento completo corresponde a Se ha demostrado 24,26,30 que las
una secuencia de 3,1 Kb asociada con diferentes porciones de ADN satélite
BovB 8 (BovB-Art2), sin embargo como bovino comparten secuencias similares.
resultado del secuenciamiento del genoma Por ejemplo el componente de 1715
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corresponde a un elemento básico de 31 TTTT TTCT (CTTT) n CTCC (TTCC)n. La

pb repetido en tándem para formar una presencia de microsatélites complejos ha
secuencia de 1402 pb, que a su vez se sido reportada en muchas especies, desde
repite hasta 110.000 copias en el genoma humanos (34-36) cabras hasta cerdos
de bovinos. Dos elementos diferentes han (37), sin embargo poco se conoce sobre los
sido descritos en la región 1711 (1711a y mecanismos de evolución de los mismos.
1711b); el segmento de 1711b es idéntico
al elemento satélite de 1715 pero con La distribución genómica de los
una inserción de 1198 pb, llamado INS- microsatélites es mejor conocida en los
1711pb, cercanamente relacionado con humanos y en los ratones, indicando una
la porción LTR (long terminal repeat) de distribución al azar, con algunas tendencias
un retrovirus. La porción 1711a contiene hacia localización cercana a los telómeros.
una secuencia llamada INS-1711a de Particularmente se ha determinado baja
602 pb la cual comparte un segmento frecuencia sobre el cromosoma X humano.
con la secuencia INS-1711b. La porción La secuencia repetitiva más común en los
de 1723 no está relacionada con ninguna humanos son los tramos de poly (A)-poly
de las otras regiones y tampoco contiene (T), mientras que los di nucleótidos y tri
unidades de repetición. La unidad de 1709 nucleótidos más frecuentes son CA-TG y
está compuesta de una secuencia de 3200 CAG –AAT respectivamente (31).
pb y aloja las dos secuencias Bov-A2 y
Bov-B (8,30). En general, en artiodáctilos se ha
encontrado un microsatélite de tipo AC(A)
Microsatélites. Constituyen cortas n ubicado cerca del gen IGF1 (factor
regiones de ADN, de 1 a 6 pb repetidas en insulinoide de crecimiento tipo 1), cuya
tandas dentro de los genomas eucariotas, función es aumentar la trascripción del
cuya repetición puede llegar hasta 60 mismo, parece ser que la secuencia
o más veces (31). Se heredan de forma repetitiva AC forma una estructura Z que
mendeliana y la posibilidad de tener aumenta la transcripción (38).
varios alelos de un locus particular en las
poblaciones, los hacen útiles en el análisis Algunos microsatélites cercanos a regiones
de identificación, estudios poblacionales, promotoras tienen efectos contrarios al
análisis de enfermedades genéticas aumento de la transcripción o no tienen
particulares asociadas a expansión de efecto sobre ella, como se evidencia en el
repeticiones y genética forense (31-34). gen del alfa colágeno tipo 2, el cual contiene
Técnicamente los microsatélites son fáciles una secuencia grande repetida cerca de la
de identificar utilizando la metodología región promotora, pero sin que ella ejerza
de Reacción en Cadena de la Polimerasa ningún efecto sobre la transcripción (31).
(PCR), la cual permite flanquear con
iniciadores específicos los extremos de los En bovinos existen más de 83 microsatélites
mismos y luego pueden ser detectados utilizados para estudios poblacionales,
con tinción en plata o con fluorocromos en de los cuales aproximadamente 30 son
secuenciadores automáticos. recomendados por la FAO (39) debido a su alta
reproducibilidad y polimorfismo. Actualmente
Los microsatélites simples contienen una los estudios de paternidad en ganado utilizan
sola unidad de repetición sin variación en una batería entre 10 y 15 marcadores de tipo
su secuencia, por ejemplo (CAT)n. Los microsatélite recomendados por la Sociedad
microsatélites compuestos son aquellos Internacional de Genética Animal, que incluye
con dos o más unidades de repetición con los siguientes: TGLA227, BM2113, TGLA53,
diferente secuencia por ejemplo (CAT) ETH10, SPS115, TGLA126, TGLA122, INRA023,
n (TAG)n. Los microsatélites complejos ETH3, ETH225, BM1824 los cuales han sido
aparecen cuando el microsatélite está seleccionados por presentar un alto contenido
compuesto de una serie de unidades de de información polimórfica (PIC) y un alto
repetición, e interrumpidas por cortas poder de discriminación combinado (40).
secuencias no repetidas (ej.(TTTC) n
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Secuencias codificantes repetidas. Los diferencia del tamaño en la amplificación

genomas eucarióticos también contienen de estos dos tipos de genes es debida a
secuencias codificantes repetitivas, tales una deleción de 67 pb en el gen de clase II
como los genes para RNA ribosomal (rRNA), (44) lo que permite la posibilidad de hacer
de transferencia (tRNA) o familias de genes. análisis de trazabilidad de carnes por sexo
En estas últimas, genes ancestrales han del animal.
dado lugar a genes nuevos por procesos
de duplicación génica. Por ejemplo familias Un tercer ejemplo de los genes identificados
génicas encontradas en el genoma de en bovinos durante la década pasada
mamíferos, tales como la superfamilia de las corresponde al gen que produce la doble
globinas o las inmunoglobulinas, han sido musculatura, característica de la raza Azul
generadas por duplicación en tándem seguida Belga, pero también presente en las razas
de eventos de mutaciones independientes, Charolais y Senepol. El gen responsable
permitiendo así nuevas funciones (41). fue identificado gracias al descubrimiento
de una mutación que produce un fenotipo
Secuencias únicas. Uno de los primeros análogo en los ratones que se hereda de
genes identificados y mejor conocidos en forma Mendeliana recesiva. En el bovino se
bovinos en la década pasada corresponde encontró que los individuos portadores de
al gen DGAT 1, que codifica la enzima la característica tienen una deleción de 11
diacilglicerol O-aciltransferasa, fue el primer pb en el gen de la miostatina (45).
locus de características cuantitativas (QTL)
obtenido mediante clonado posicional en Uno de los eventos epigenéticos más
mamíferos (42) y asociado a caracteres de fascinantes en mamíferos es la impronta
cantidad y calidad de la leche. Cataliza el genética, la cual da como resultado la
paso final de la síntesis de triglicéridos y expresión monoalélica de determinados
está localizado en el cromosoma bovino (14) genes dependiendo del sexo de los
(BTA14q). En este gen se ha detectado una individuos. La mayoría de los genes que
sustitución no sinónima en las posiciones participan en el mecanismo de impronta
nucleotídicas 10433 y 10434 del exón (8), en ratón y humano han sido identificados,
en donde los cambios nucleotídicos de pero pocos de ellos han sido descritos en
la dupleta AA por GC, causan un cambio ganado (46). El estudio comparativo de
de lisina a alanina en la posición 232 de genes asociados a impronta genética ha
la proteína correspondiente. Este cambio demostrado que de 22 genes comparados,
modifica la naturaleza química del amino 11 son conservados en humanos y ratones
ácido implicando una disminución en la y de los cuales 14 se encontraron que
cantidad de leche, pero un aumento en la participan en el mecanismo de impronta en
cantidad de grasa (42). bovinos (47,48).

Otro gen ampliamente descrito corresponde Uno de los ejemplos mejor estudiados
a la amelogenina (39), proteína importante respecto al mecanismo de impronta es el
para la formación del esmalte dental que regula la expresión del gen para el factor
y presente exclusivamente en los insulinoide de crecimiento tipo 2 (IGF2),
cromosomas X y Y de humanos y bovinos un factor de crecimiento localizado en el
(43). Existen dos clases de genes para locus 11p15 humano y en el cromosoma
amelogenina, denominados de clase I y de 7 de ratón. Este gen presenta expresión
clase II, dependiendo de su localización en monoalélica del alelo paterno en la mayoría
los cromosomas X y Y, lo que permite la de los tejidos adultos. La pérdida de la
diferenciación molecular entre machos y impronta puede ser un factor asociado
hembras. Durante la amplificación de estas con cánceres humanos relacionados con el
secuencias de ADN se observan dos bandas envejecimiento celular incluidos el cáncer
bien diferenciadas, una que proviene de la de colon y de próstata (49).
amplificación del gen de clase I (localizado
en el cromosoma X) y la otra del gen de Durante el desarrollo el gen IGF2 y el gen
clase II (localizado en el cromosoma Y). La H19 se expresan de manera conjunta y
 Ortega - El Genoma Bovino, métodos y resultados de su análisis 2419

coordinada sugiriendo que los dos actúan Reportes del proyecto genoma bovino
bajo el control de los mismos elementos
transcripcionales. Basados en evidencias Los resultados recientes obtenidos del
experimentales desarrolladas en modelos primer borrador de la secuencia del genoma
de ratón se postula que existe una región bovino (9) revelan que existe una sobre
control de la impronta (ICR) localizada representación de genes involucrados en
entre estos dos genes. Esta región se marca la reproducción. Estos genes, codifican
diferencialmente durante la gametogénesis para una serie de proteínas tales como
y persiste durante la adultez, determinando de señalización intracelular asociadas con
la expresión diferencial de los alelos la preñez y localizadas en el cromosoma
dependiendo de su origen paterno (49). 29, dominios de proteínas del trofoblasto
localizadas en el cromosoma 13 y para el
Cuando la región de impronta cercana al interferón Tau cuyo gen se encuentra en el
gen H19 está metilada en el alelo paterno, el cromosoma 8 (9).
gen IGF2 se expresa. La expresión del alelo
materno se bloquea cuando la región ICR Además se identificaron familias de genes
del gen IGF2 no está metilada. La región que codifican para proteínas relacionadas
flanqueante de la región ICR del gen H19 con la prolactina (cromosoma 23) y que
en ratones, no es muy precisa y abarca una regulan aspectos tales como el crecimiento
región de 3.8 y 2.0 Kb, una hipermetilación fetal, adaptación materna a la preñez y
o deleción en este segmento en el alelo condiciones de parto (9).
materno resulta en la expresión bialélica del
gen IGF2. Recientemente se ha encontrado El trabajo que reporta los principales
que la reexpresión del alelo materno puede hallazgos de la secuencia del genoma
darse debido a que se encontró un motivo bovino completo, menciona evidencias de
de ADN de secuencia CCCTC, al cual se une selección positiva en 71 genes, dentro de
una proteína de conformación en dedos de los cuales se incluyen 10 genes para la
zinc conocido como factor CTCF, la cual sólo respuesta inmune (IFNAR2, IFN6, CD34,
se une a segmentos de ADN no metilados TREM1, TREML1, FCERIA, IL23R, IL24,IL15
en la región ICR. Esta unión bloquea el y LEAP2) (9), al parecer relacionados
acceso de las proteínas que reconocen y con la respuesta a una carga adicional
se unen al promotor del gen IGF2, el cual de microorganismos en el rumen, o a la
se transcribe desde varios promotores condición de comportamiento grupal de
de regulación diferencial. Inversamente, los bovinos, por lo que las enfermedades
al alelo paterno hipermetilado no se une infecciosas se podrían diseminar más
el factor CTCF y por lo tanto IGF2 es rápidamente. A pesar de que los genes
expresado. Se ha demostrado que existen para el interferón están asociados con
diferencias estructurales y de número la defensa inmunológica, el interferón
en los sitios de unión del factor CTCF lo también previene la regresión del cuerpo
que podría sugerir diferencias en los lúteo durante la preñez, lo que resulta en
mecanismos de regulación por impronta un ambiente uterino óptimo (9).
del gen IGF2 dentro de las especies (45).
Adicionalmente existe una importante
En general se sabe que en los genes que reorganización de la familia de genes que
participan en el mecanismo de impronta codifican para proteínas de la leche. En
existe un alto contenido de CG, además los bovinos se observa que el gen para la
de islas CpG y secuencias repetidas en histerina (HSTN) está ubicado físicamente
tandas (43). En general, en dichos genes cerca del elemento regulatorio para el gen de
los elementos SINE son menos frecuentes, la beta caseína (CSN2), lo que hace que estos
mientras que las secuencias LINE se dos genes se expresen de manera conjunta,
encuentran en mayor cantidad (43). sin conocerse hasta la fecha las implicaciones
biológicas de esta expresión. Además parece
ser que este arreglo causó la deleción del gen
CSN1S2A, presente en otros mamíferos (9).
2420 REVISTA MVZ CÓRDOBA • Volumen 16(1), Enero - Abril 2011

La comparación de 1.032 genes que Comparaciones con secuencias humanas

participan en diferentes rutas metabólicas mostraron 31 genes ortólogos humanos de
en humanos y bovinos, mostró que 5 genes la región 21q22, de los cuales 16 fueron
fueron altamente divergentes y exclusivos clonados y mapeados por primera vez en
para bovinos: PLA264C (fosfolipasa), FAAH2 los bovinos. Adicionalmente, este análisis
(amino hidrolasa de ácidos grasos), IDI2 mostró una secuencia de 4Mb conservada
(delta isopentil-difosfato),GSTT2 (glutato con respecto al orden de los genes para
transferasa),TYMP (timina fosfolipasa), los bovinos, humanos y ratones (51).
cuales pueden representar diferentes tipos
de adaptaciones al metabolismo de ácidos Secuencias teloméricas: Las secuencias
grasos, la vía de mevalonato (síntesis teloméricas se conservan intactas entre los
de dolicoles, vitaminas, hormonas, cromosomas humanos y bovinos, en donde
esteroides y colesterol), desintoxicación y más de 15 cromosomas comparten esta
metabolismo de pirimidinas (9). homología de secuencia (17). También
se ha encontrado que ocho cromosomas
Ortología de genes. El consorcio del bovinos son homólogos a nueve brazos
análisis y secuenciación del genoma bovino largos de cromosomas humanos (ej.
reporta que hay aproximadamente 14.345 BTA18 es homólogo tanto a HSA16q como
grupos ortólogos presentes en 7 especies de a HSA19q), y una región de 0.1-1.7 Mb
mamíferos estudiadas, de los cuales 1.217 del cromosoma HSA2p es homóloga al
están ausentes o no detectadas en genomas cromosoma BTA8 (8,48,50-52).
de mamíferos no placentados (9,50).
Se identificaron 1,020 segmentos de
La comparación bovino-humano, muestra duplicación (SDs) que corresponden a
que estos dos grupos son más similares 3.1% del genoma (94.4 Mb). Se postula
entre sí, que humano-roedor, como se que dichas regiones podrían promover
pensaba anteriormente. En general, la arreglos cromosómicos. La duplicación de
mayoría de los cromosomas bovinos genes para proteínas que intervienen en la
contienen secuencias humanas, con o sin respuesta inmune, receptores sensoriales
re arreglos internos. Cuatro cromosomas y olfativos corresponde a un 76% de estas
bovinos muestran una sintenia completa secuencias duplicadas, las cuales pueden
respecto a sus homólogos humanos: ser generadas por recombinación no
BTA12 (cromosoma 12 de B. taurus 12) homóloga (9).
con HSA13 (cromosoma 13 de H. sapiens),
BTA19 con HSA17, BTA24 con HSA18, y En conclusión, el avance de las metodologías
BTAX con HSAX. Los únicos cromosomas para secuenciación y obtención de datos
bovinos que no muestran rearreglos genómicos y de anotación de genes ha
internos son los cromosomas BTA9, BTA23 permitido la intensificación en el desarrollo
y BTA3. Los cromosomas bovinos BTA23 de software que permiten el análisis
y BTA9 pudieron haber surgido a partir rápido de secuencias específicas, así como
de una fisión céntrica de un cromosoma la producción de nuevas metodologías
ancestral HSA6 del cromosoma humano, de secuenciación, con lo cual nuevos
HSA6 pudo haber surgido de una fusión proyectos genoma en otras especies
céntrica de los cromosomas bovino BTA23 podrán terminarse en un menor tiempo y a
y BTA9 (20). un menor costo.

El análisis de la región cromosómica El conocimiento de la secuencia completa

BTA1q12, demarcada entre los genes del genoma de especies económicamente
KRTAP8P1 (keratine associated protein 8 importantes, ha permitido la utilización
pseudogene 1) y CLIC6 (cloride intracelular de herramientas de la biología molecular
channel 6) ha sido de gran interés en la en la descripción de muchos genes de
genética bovina debido a que, al parecer allí producción. Derivado de estos análisis se
se encuentran los genes para la característica han desarrollado kits comerciales para
dominante sin cuernos o fenotipo romo. identificar genes de patologías y rasgos
 Ortega - El Genoma Bovino, métodos y resultados de su análisis 2421

productivos con lo cual en el futuro se Por otra parte, el conocimiento de la

permitirá la masificación en el diagnóstico homología entre especies permitirá
y por lo tanto granjas más saludables y la utilización de ologonucleótidos
productivas. interespecíficos que posibiliten la
descripción de genes en especies
Con el conocimiento de la secuencia evolutivamente cercanas y poco conocidas
completa del genoma bovino, se obtendrá y los estudios genético poblacionales que
información de un mayor número de SNPs, permitan evaluar el efecto y magnitud de
importantes para la detección de QTLs. fuerzas evolutivas que han moldeado la
Se estima que este tipo de marcadores diversidad actual de los bovinos.
se encuentran localizados a distancias
aproximadas de 1435pb, lo que implicaría Todo este conocimiento permitirá un mayor
que en el genoma total del bovino desarrollo de la proteómica y la fármaco-
estarían presentes cerca de 2 millones de genética lo que implica el entendimiento de
polimorfismos de esta naturaleza, lo que la estructura, función y regulación génica
permite afinar el estudio de genes y QTLs, en el genoma de los bovinos.
como también el análisis de las fuerzas
evolutivas que pueden estar afectando las
poblaciones.

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