TALLER 1 PROBLEMAS DE BIOQUÍMICA

I. CÁLCULO DE CONCENTRACIONES (Recordatorio de química)

1. a) ¿Cuántos gramos de NaOH sólido se requieren para preparar 500 ml de una disolución 0,04M? (Pm NaOH 40)
b) Expresar la concentración de esta disolución en N.
2. ¿Cuántos mililitros de H2SO4 5M se precisan para preparar 1500 ml de una disolución de H2SO4 0,002M?
3. Describir la preparación de 2 litros de HCl 0,4M partiendo de una disolución de HCl concentrado (HCl 28% p/p,
PE= 1,15). (Pm HCl 36.5)
4. El ácido sulfúrico (Pm 98.02) concentrado tiene un 96% de sulfúrico en peso y una densidad de 1,84 g/ml.
Calcular el volumen de ácido concentrado requerido para preparar: a) 750 ml de sulfúrico 1N, b) 600 ml de
sulfúrico 1M, y c) 1 litro de una disolución de ácido sulfúrico que contenga 6,5 equivalentes por litro.
5. ¿Cuántos ml de ácido sulfúrico 0,12M se requieren para neutralizar la mitad de los iones OH - que hay en 540 ml
de NaOH 0,18N?
6. Calcular la fuerza iónica de una disolución 0,02M de Fe2(SO4)3.

II. PROPIEDADES ÁCIDO-BASE

II a. Determinación del pH
7. Calcúlese el pH de las siguientes disoluciones a) HCl 10-3M; b) HCl 10-6M; c) KOH 10-2M; d) KOH 10-7M.
8. Calcúlese el pH de una disolución 0.1M de: a) H 3PO4; b) KH2PO4; c) K2HPO4; d) K3PO4; e) Acetato sódico; f)
NH4Cl; g) Succinato monosódico; h) citrato disódico; i) citratro trisódico; j) clorhidrato de trimetilamina; k)
Acetato amónico
9. Calcúlese el pH de una disolución 0,05M de: a) clorhidrato de Gly; b) Gly en forma isoeléctrica; c) glicinato
sódico
10. Calcúlese el pH de una disolución 1mM de clorhidrato de ácido aspártico.
11. Calcúlese el pH de una disolución de Asp monosódico 0.2M
12. Calcúlese el pH de una disolución de glutamato monosódico 0.5M.
II.b. Grado de disociación
13. Calcúlese el grado de disociación de un ácido débil HA, para una concentración de a) 100 Ka; b) Ka; c) 0.01Ka.
14. El ácido débil HA está disociado en un 2,4% en una disolución 0,22M. Calcular a) Ka b) pH de la disolución.
II.c. Disoluciones Tampón I
15. ¿Cuáles son las concentraciones de NH3 y NH4+ en un tampón “amoniaco” 0,15M y pH 9,6?
16. Describir la preparación de 40 litros de tampón fosfato 0,02M y pH 6,9 a partir de: a)disoluciones de H 3PO4 2M
y KOH 1M; b) disolución de H3PO4 0,8M y NaOH sólido (Pm=40); c) disoluciones 1M de KH 2PO4 y Na2HPO4; d)
K2HPO4 sólido (Pm=174)y HCl 1,5M.
17. Calcúlese la capacidad tampón de una disolución 0,1M de un ácido débil y su base conjugada a pH 5,3 con HCl
0.1N y NaOH 0.1N; sabiendo que el pKa del ácido débil es 5,0.
18. Calcúlese la fuerza iónica de las siguientes disoluciones: a) ácido acético 0,1M; b) 0,1M de tampón succinato pH
4.59
II.d. Disoluciones Tampón II
19. Sabiendo que la concentración total de CO2 en el plasma sanguíneo (fundamentalmente como HCO 3-y CO2 ) 24,9
mM, y el pH 7,4; calcúlense a) las concentraciones de las formas CO2, HCO3-, H2CO3 y CO3-2 en el plasma, y b) el
volumen de CO2, medido en condiciones normales, que se desprenderá de un litro de plasma al bajar el pH en 0,2
unidades. (CO2 + H2O  H2CO3; Ke = 5 x 10-3)
20. El plasma sanguíneo a pH 7,4 contiene HCO 3- 2,4 x 10-2M y CO2 1,2 x 10-3M. Calcular el pH tras la adición de H +
hasta una concentración de 3,2 x 10-3M, suponiendo que la concentración de CO 2 disuelto permanece constante e
igual a 1,2 x 10-3M por eliminación del exceso de CO2 durante la respiración.
21. El pH de una muestra de sangre arterial es de 7.47. La adición de sulfúrico concentrado a 1 ml de esta muestra
produce la liberación de 0,6 ml de CO 2 gaseoso, medidos en condiciones normales de presión y temperatura.
Calcúlense: a) la concentración total de CO 2 en sangre (CO2 + HCO3-) ; b) la relación HCO 3-/CO2; c) la
concentración de HCO3- y CO2; y d) la pCO2 en la sangre. (Coeficiente de solubilidad del CO2 k = 3 10-5 M/mmHg).
22. Calcúlese el incremento de pH en el plasma sanguíneo de un astronauta al pasar de una atmósfera natural
(pCO2=40mmHg) a la atmósfera artificial de un traje espacial dónde la pCO 2=85mmHg, sabiendo que la
concentración del sistema HCO3-/CO2 en el plasma es de 24.9 mM; a presión atmosférica. (k = 3·10-5 M/mmHg).

23. El plasma sanguíneo contiene una concentración total de carbonato (principalmente CO 3H- y CO2) de 2.52 · 10-2
 M. Calcular: a) la proporción CO3H- /CO2 y la concentración de cada componente del tampón a pH= 7.4. pKa=6,1
b) el pH si se añade H+ 10-2M en condiciones en las que el aumento de CO2 no puede ser eliminado c) el pH si se
añade H+ 10-2M en condiciones en las que el aumento de CO 2 puede ser eliminado, manteniendo por tanto la
concentración de CO2 original
II.e. Neutralización
24. Calcúlese el volumen de disolución 0,1M de NaOH necesario para neutralizar completamente a)500 ml de una
disolución 0,2M de monoclorhidrato de Ser ; b) 100 ml de una disolución 0.1M de Leu isoeléctrica; c) 400ml de
una disolución 0,1M de Glu monosódico; d) 400 ml de una disolución 0.1M de Asp isoeléctrico
25. Calcúlese el volumen de disolución 0.1M de HCl necesario para neutralizar completamente a) 200 ml de la forma
isoeléctrica de serina 0,2M b) 300 ml de una disolución 0,1M conteniendo la forma isoeléctrica de glutámico c)
500ml de una disolución 0,5M de la sal sódica de lisina d) 100 ml de una disolución 0,3M conteniendo la forma
isoeléctrica de arginina
26. Calcúlese el volumen de disolución KOH 0.4 M necesario para llevar 0.5 litros de una disolución de clorhidrato de
His 0.1M, pH 2.2 a pH 9.3.
II.f. Disoluciones tampón III
27. Calcúlese el porcentaje de las distintas formas moleculares de Gly que se encuentran en el plasma a pH
fisiológico (pH= 7.4).
28. Calcúlese la concentración de arginina en forma isoeléctrica presente en un tampón de pH= 8.04, cuya
concentración total de arginina es 0.1mM.
29. ¿Qué cantidad de glicocola isoeléctrica y cuál es el volumen de HCl 0.5M que se requieren para preparar un litro
de una solución tamponada a 0.25M y pH 2.4 (PM=75.1)
30. ¿Cómo se prepararía 1 litro de una solución tampón de alanina 0,1M pH 9 a partir de alanina sólida e hidróxido
sódico sólido? (Pm Alanina=89; NaOH=40)
31. Descríbase la preparación de 1 litro de tampón His 0,2M y pH=6.5 a partir de clorhidrato de His sólido
(PM=228), y una disolución de KOH 1M.
32. Cuando se disuelven 1.8 g de un aminoácido con valores de pKa de 2.34 y 9.6 en 100ml de NaOH 0.2N y se enrasa
hasta 1 litro con agua, se obtiene una disolución de pH=10.3. Calcúlese el peso molecular del aminoácido e
indíquese de que especie puede tratarse.

III. TÉCNICAS DE ANÁLISIS DE PROTEÍNAS

III.a. Secuenciación de proteínas
33. A partir del siguiente polipéptido: Val-Phe-Cys-Glu-Phe-Pro-Thr-Trp-Arg-Glu-Ser-Tyr-Asp-Lys-Gly indíquese: a)
los péptidos que se obtendrían al tratarlo con fosfatasa ácida b) los productos que se obtendrían al tratar los
péptidos resultantes del apartado anterior con quimotripsina
34. Determínese la secuencia de un péptido sabiendo que: a) Su reacción con fenil isotiocianato produce el derivado
tiohidantoínico de la Ala y un tetrapéptido b) el tratamiento del tetrapéptido anterior con tripsina produce dos
dipéptidos A y B c) Cuando el dipéptido A se reduce con BH 4Li y se hidroliza se obtiene el aminoalcohol derivado
de un aminoácido que da color amarillo al reaccionar con ninhidrina y glicina d) Al hidrolizar el dipéptido B se
obtienen cantidades equimoleculares de Val y Arg
35. Dedúzcase la secuencia de aminoácidos de una cadena polipeptídica a partir de los siguientes datos: a) la
hidrólisis ácida completa produjo: 1 Ala, 1 Arg, 2 Ser, 1 Lys, 1 Phe, 1 Met, 1 Trp, 1 Pro b) el tratamiento con el
reactivo de Sanger seguido de hidrólisis ácida completa produjo dinitrofenil-alanina c) el tratamiento con BrCN
produjo 2 péptidos, uno conteniendo Ser, Pro, Trp y el otro los demás aminoácidos d) el tratamiento con
quimotripsina dio 3 péptidos: un dipéptido con Ser y Pro; un dipéptido con Met y Trp; un pentapéptido con Phe,
Ser, Lys, Arg, Ala e) por digestión tríptica se obtuvieron 3 péptidos: un dipéptido con Ala y Arg; otro con Lys y
Ser; y un pentapéptido con Phe, Met, Ser, Pro, Trp
36. Deduzca la secuencia de aminoácidos de un péptido a partir de los siguientes datos:
 Al tratarlo con carboxipeptidasa A se obtiene Val
 Al tratarlo con fosfatasa ácida se produce Glu, un hexapéptido y un decapéptido
 El tratamiento con BrCN conlleva la obtención de un dipéptido Glu-Met, y un péptido de 15 aminoácidos
 Al someter el péptido de 15 aminoácidos a digestión con quimotripsina se obtiene un residuo de Tyr, y
tras tratamiento con etilenimina y digestión con tripsina se obtienen los péptidos: Ala-Leu-Pro-Gly-Gly-
Gly-Arg; Asp-Cys; Tyr-Ser-His-Lys y Gly-Val.

37. Un pentapéptido que contiene cantidades equimoleculares de Met, Phe, Asp, Ser y Thr, se trató con BrCN
 liberándose Met. El tratamiento del péptido con quimotripsina rindió dos nuevos péptidos, uno claramente más
ácido que el otro. El fragmento ácido contenía Met. El tratamiento del péptido original con carboxipeptidasa A
dio rápidamente Ser, seguido de Thr. Deducir la secuencia de aa del péptido original
38. Deducir la secuencia de aminoácidos de un péptido a partir de la siguiente información:
 Composición: 1Phe:1Pro:1Glu:2Lys
 El tratamiento con reactivo de Edman produce PTH-Glu
 Ni la tripsina ni las carboxipepetidasas A y B liberan ningún péptido pequeño ni aminoácido
39. Un péptido natural tratado con cloruro de dansilo y posterior hidrólisis rindió N,N-di-DNS-Lys junto con una
mezcla de aminoácidos libres en la que se identificaron 3Ala:1Arg:1Met:2Phe:1Ser. El tratamiento con
quimotripsina produjo Arg y 2 péptidos, denominados X e Y. El péptido X, al reaccionar con FDNP y posterior
hidrólisis produce DNP-Lys y el tratamiento con BrCN produjo el péptido Z, que hidrolizado con tripsina rindió
un tripéptido cuyo N-terminal era la Ala. El péptido Y es un tripéptido en el cual el tratamiento con FDNP y
posterior hidrólisis se determinó DNP-Ser. Deducir la secuencia del péptido original
40. Determínese la estructura de un péptido aislado del plasma bovino a partir de la siguiente información a) el peso
molecular determinado por filtración en gel es aproximadamente 1000 y contenía cantidades equimolecualres de
Tyr, Arg, Pro b) la quimotripsina no afectó c) la hidrólisis tríptica liberó del péptido únicamente Tyr d) el
tratamiento con el reactivo de Sanger produjo dinitrofenil-arginina
III.b. Determinación del peso molecular mínimo
41. La hemoglobina contiene el 0.335% de hierro en peso (Fe=55.847). Calcular el peso molecular mínimo de la
hemoglobina
42. El análisis de aminoácidos de 1,0 mg una proteína proporcionó 58.1 microgramos de Leu (pm=131.2) y 36.2
microgramos de Trp (pm=204.2). Calcular el peso molecular mínimo de esta proteína.
43. Una proteína implicada en el transporte a través de membrana se obtuvo mediante choque osmótico. El análisis
de aa de 10 mg de proteína implicada reveló la existencia de 61 microgramos de Trp (PM=204.1). Calcular el peso
molecular mínimo de esta proteína
44. .La enzima glutation peroxidasa contiene el 0.34% de Selenio en peso (pa Se= 78.96). El pm del enzima
determinado por filtración en gel es de 88000. ¿Cuál es la estructura cuaternaria más apropiada para la
enzima?
III.c. Cálculo del peso molecular mediante determinación de la presión osmótica
45. A 10ºC la presión osmótica de una disolución de proteínas es 3,05 10 -3 atm, a una concentración de 4mg/ml; y 1,4
10-3M cuando la concentración es 2mg/ml. Estimar el peso molecular de dicha proteína.
46. A 5oC la presión osmótica de una disolución de proteína de 5 mg/ml es de 2,86 10 -3atm. Estimar se peso
molecular. Una nueva medida efectuada a concentración 2.5 mg/ml dio una presión osmótica de 1.37 10 -3 atm.
Realizar una nueva estimación más exacta del peso molecular
47. A 7ºC la presión osmótica de una disolución de proteína de 2.65 mg/ml es de 4.72 10 -3 atm. Estimar su peso
molecular. Una nueva medida efectuada a concentración de 5.30 mg/ml dio una presión osmótica de 12.29 10 -3
atm. Realizar una nueva estimación más exacta del peso molecular.
pKa DE COMPUESTOS USADOS EN LA PREPARACIÓN DE TAMPONES DE INTERÉS BIOLÓGICO

Ácido o Base Peso molecular pka1 pka2 pka3 pka4

Acético 60.05 4.76
Amoniaco 17.03 9.26
Acórbico 176.12 4.10 11.79
Barbitúrico 128.09 3.98
Benzoico 122.12 4.20
Bórico 43.82 9.24
n-Butírico 88.10 4.82
Carbónico 62.00 6.10 10.22
Cítrico 192.12 3.06 4.74 6.40
Dietilamina 73.14 10.98
Dimetilamina 45.09 10.72
EDTA 292.24 1.70 2.60 6.30 10.60
Etanolamina 61.08 9.44
Etilamina 45.09 10.75
Etilendiamina 60.10 7.52 10.65
Fenol 94.11 9.89
Fórmico 46.02 3.77
Fosfoglicérico 172.08 1.47 6.19
Fosfórico 98.00 2.12 7.21 12.32
Fumárico 116.07 3.04 4.47
HEPES 238.31 7.55
Hidroxilamina 34.00 6.03
Imidazol 68.08 7.00
Láctico 90.08 3.86
Maleico 116.07 2.00 6.26
Málico 134.09 3.40 5.05
Malónico 146.06 2.85 6.10
MES 195.20 6.15
Metilamina 31.06 10.64
MOPS 209.27 7.20
Nicotínico 123.11 4.85
Oxálico 95.07 1.19 4.21
Piridina 79.10 5.23
Pirofosfórico 177.98 0.85 1.96 6.68 9.39
Propiónico 74.08 4.87
Succínico 118.09 4.19 5.57
Tartárico 150.09 3.02 4.54
TRICINA 180.18 8.15
Trimetilamina 59.11 9.74
Trietilamina 101.19 10.76
TRIS 121.14 8.10
Úrico 168.11 5.40 10.30

EDTA = Etilén-diamino-tetra-acético MOPS = 2-N-morfolino-propanosulfónico.

HEPES = N-2-hidroxietil piperazina-N’-2-etanosulfónico. TRICINA = N-Tris (hidroximetil)-metilglicina.
MES = 2-N-morfolino-etanosulfónico TRIS = Tris-(hidroximetil)aminometano.

ABREVIATURAS Y VALORES DE pKa DE LOS GRUPOS IONIZABLES

DE LOS 20 L-αAMINOÁCIDOS PROTEINOGÉNICOS

pka de grupos disociables

Abreviaturas
-COOH -NH3 R
Alanina Ala A 2.34 9.69
Arginina Arg R 2.17 9.04 12.48
Asparragina Asn N 2.02 8.80
Aspártico Asp D 2.09 9.82 3.86
Cisteína Cys C 1.71 10.78 8.33
Fenilalanina Phe F 1.83 9.13
Glicina Gly G 2.34 9.60
Glutámico Glu E 2.19 9.67 4.25
Glutamina Gln Q 2.17 9.13
Histidina His H 1.82 9.17 6.00
Isoleucina Ile I 2.36 9.68
Leucina Leu L 2.36 9.60
Lisina Lys K 2.18 8.95 10.53
Metionina Met M 2.28 9.21
Prolina Pro P 1.99 10.60
Serina Ser S 2.21 9.15
Tirosina Tyr Y 2.20 9.11 10.07
Treonina Thr T 2.63 10.43
Triptófano Trp W 2.38 9.39
Valina Val V 2.32 9.62
 REACTIVOS Y ENZIMAS MÁS CORRIENTES UTILIZADOS PARA ROTURA Y ANÁLISIS DE PÉPTIDOS

Reactivos y enzimas Sitio de acción Especificidad Observaciones

I. Generales
HCl 6 N Enlace peptídico Todos Al vacio, 110ºC
Ac, perfórmico -S-S- Todos Produce –SO3H
Fluorodinitrobenceno R1 H2N-R1 Color amarillo
(FDNB)
Cloruro de dansilo R1 H2N-R1 Fluorescente
II. Rotura terminal
Degradación de Edman Lado C de R1 Todos los Aa No actúa si el N-terminal
es bloqueado
Carboxipeptidasa-A Lado N de Rn Rn ≠ Arg, Lys, Pro Separa 1-4 Aa
secuencialmente
Carboxipeptidasa-B Lado N de Rn Rn = Arg, Lys, AECys Separa 1-4 Aa
Rn-1 ≠ Pro secuencialmente
Hidrazinolisis Enlaces peptídicos Sólo se usa en ausencia de
Libera Rn carboxipeptidasas
Leucina aminopeptidasa R1 H2N-R1 Ataque más rápido si R1 =
R2 ≠ Pro alquilo o arilo
III. Roturas internas
BrCN (Bromuro de Lado C de Rx Rx = Met Muy específico
cianógeno)
BrCN anhidro Lado C de Rx Rx = Met, Trp Muy específico
Tripsina Lado C de Rx Rx = Lys, Arg, AECys Muy específico
Rx+1 ≠ Pro
Quimiotripsina Lado C de Rx Rx = Phe, Tyr, Trp, Leu A veces efectivo
Rx+1 ≠ Pro Rx = Asn, Met
Fosfatasa ácida Lado C de Rx Rx = Asp, Glu Muy específica
Papaína Lado C de Rx Rx = Arg, Lys, Gly, Gln, No actúa sobre R ácidos
His, Tyr, Ser, Ala
Subtilisina Lado C de Rx Rx = Tyr, Phe, Trp, Leu A veces Rx = Ala
Proteasa estafilocócica Lado C de Rx Rx = Glu A veces Rx = Asp
Clostripaína Lado C de Rx Rx = Arg Muy específica
Pepsina Lado N de Rx Rx = Leu, Asp, Glu, Phe, Poco específica
Tyr, Trp Rx-1 ≠ Pro
Termolisina Lado N de Rx Rx = Leu, Ile, Phe, Tyr, Poco específica
Trp, Val
R1 = Primer aminoácido; Rn = -Ultimo aminoácido; Rx = residuo intermedio; AECys = Aminoetil cisterna

SOLUCIONES A LOS PROBLEMAS

Nº Solución
a) 0.8g Nº Solución
1.
b) 0.04 N a) 1.62
2. 0.6ml b) 4.66
90.68 ml de HCl concentrado se c) 9.76
3.
diluyen hasta 2 litros con agua d) 12.56
a) 20.8 ml e) 8.88
4. b) 33.3 ml 8. f) 5.13
c) 180 ml g) 4.88
5. 202.5 ml h) 5.57
6. 0. 3 i) 9.70
a) 3 j) 5.37
b) 5.96 k) 7.01
7. a)1.88
c) 12
d) 7.3 9. b) 5.97
c) 11.14
 Nº Solución Nº Solución
10. 3.04 26. 0.235 litros de KOH 0.4M
11. 6.84 Gly+ 99 10-5 %
12. 6.96 27. Glyo =99%
a) 9.5% Gly-=0.99%
13. b) 61.8% 9.1 10-6 M que supone el 10%
c) 99% 28. aproximadamente del total de
a) Ka= 1.3 10-4 arginina presente
14.
b) 2.28 29. 0.24 l de HCl 0.5M y 18.77g de Glyo
15. [NH4+] = 0.047 ; [NH3] = 0.103 8.9 g de alanina y 0.68 g de
30.
a) 0,4 litros de H3PO4 2M y 1,064 hidróxido sódico
litros de KOH 1M 45.6 g de clorhidrato de His y 152ml
31.
b) 1 litro de H3PO4 0.8 M y 42.56g de KOH
de NaOH 32. PM = 75 (Gly)
16.
c) 0.264 litros de Na2 HPO4 1 M y b) Val-Phe-Cys-Glu
0.536 litros de KH2PO4 Phe-Pro-Thr-Trp-Arg-Glu
d) 139.2 g de K2HPO4 sólido y 0.357 Ser-Tyr-Asp
ml de HCl 1,5M Lys-Gly
33.
Hay que añadir 503 ml de HCl 0.1N a b) Val-Phe + Cys-Glu
1litro de solución tampón para bajar Phe-Pro-Thr-Trp + Arg-Glu
17.
el Ph en una unidad y 282 ml de Ser-Tyr + Asp
NaOH para subir el Ph en una unidad el último péptido no se rompe
a) 1.32 10-3 34. Ala-Val-Arg-Gly-Pro
18.
b) 0.047 Ala-Arg-Ser-Lys-Phe-Met-Trp-Ser-
35.
a) [CO2] = 1.19Mm; [HCO3-] = Pro
23.74Mm; [CO3-2] = 3.58 10-5 M; Glu-Met-Tyr-Ser-His-Lys-Asp-Cys-
19.
[H2CO3] = 5.95 10-6 M 36. Ala-Leu-Pro-Gly-Gly-Gly-Arg-Gly-
b) 0.196 litros Val
20. 7.3 37. Met-Asp-Phe-Thr-Ser
a) [CO2total] = 26.8Mm 38. Glu-Phe-Lys-Pro-Lys
b) [HCO3-]/[CO2] = 23.4 Lys-Ala-Ala-Met-Phe-Ser-Ala-Phe-
21. 39.
c) [CO2] = 1.1Mm y [HCO3-] = Arg
25.7Mm; d) 36.67 mmHg. 40. Arg-Pro-Tyr-Pro-Arg-Tyr
22. 0.33 41. 16.670,7 g/mol
a) CO3H- /CO2 = 19.95; [CO2] = 1.2 42. P.m. 11.291 ó 11.280
23. 10-3M; [HCO3-] = 24 10-3M 43. 33459
b) 6.2; c) 7.16 Peso molecular mínimo aprox. 23000
a) 2 litros por tanto puede estar constituida
44.
b) 0.1 litros por cuatro subunidades conteniendo
24.
c) 0.4 litros cada una un átomo de Selenio
d) 0.8 litros 45. 36401gr/mol
a) 400ml Estimación inicial: PM= 39853
b) 300ml 46.
25. Segunda estimación: PM= 43503.8
c) 7500 ml 47. 18.516
d) 600 ml