Gentica
Microbiana
Tamao de los genomas
Se puede expresar como
el nmero de bases por
molcula.
Una molcula con 1000
bases es una Kb de ADN.
Si el ADN es de doble
hlice, se habla de pares
de kilobases (Kpb).
1 vuelta de ADN tiene
aproximadamente 10 pb.
1 Kb tiene 100 vueltas
(0.34m).
Caractersticas del genoma
procariote
Cromosoma circular.
105-106 pb.
Haploide.
Aproximadamente 90%
codifica para protenas y el 10%
para regulacin.
Operones polignicos o
policistrnicos (que tienen
muchos genes estructurales) y
operones monocistrnicos.
Genoma de E. coli 4.64 millones
de pares de bases (4640 kb).
Organizacin del genoma
procariote
El ADN de E. coli tiene una longitud de 1 mm, unas 400 veces su tamao.
Se encuentra organizado en dominios (100) supererrollados, estabilizados
cada uno por protenas especficas.
ADN superenrollado
Superenrollamiento positivo: la doble hlice est sobrenrollada.
Superenrollamiento negativo: la doble hlice esta infraenrollada. Torsin
de la doble hlice sobre su eje en sentido opuesto a la doble hlice. Esta
es la forma ms comn en la naturaleza.
Topoisomerasas clase I.
Topoisomerasas clase II.
Superenrollamiento negativo
ADN-girasa (topoisomerasas clase II), presente en bacterias y muchas
arqueas.
En bacterias la ADN girasa es inhibida por quinolona (cido nalidxico),
fluoroquinolonas (ciprofloxacino) y novobiocina que tambin parece
inhibir a la ADN girasa en algunas especies de arqueas.
La Topoisomerasa I elimina el superenrollamiento y regresa la cadena al
estado relajado.
Caractersticas del genoma
eucariote
Cromosoma lineal
107-109 pb
Haploide y diploide
La codificacin a protenas varia
entre el 3% en humanos y 70% en
levaduras .
Presencia de intrones (regiones
no codificantes) y exones
(regiones codificantes).
Organizacin del genoma
eucariote
Clases de elementos genticos
Organismo
Elemento
Tipo de cido
nucleco
Descripcin
Procariotas
Cromosoma
ADN de doble
cadena
Muy largo, normalmente
circular
Eucariotas
Cromosoma
ADN de doble
cadena
Muy largo, lineal
Todos
Plsmido*
ADN de doble
cadena
Molcula extracromosmica
circular o lineal relativamente
corta
Todos
Elemento
transponible
ADN de doble
cadena
Siempre se encuentra inserto
en otra molcula de ADN
Mitocondrias y
cloroplastos
Genoma
ADN de doble
cadena
De longitud media,
normalmente circular
Virus
Genoma
ADN o ARN de
cadena doble o
sencilla
Circular (relativamente) o
lineal
*Los plsmidos son raros en eucariotas.
Brock. Biologa de los Microorganismos, 12 edicin, 2009
Dogma Central
Replicacin de ADN
Replicacin semiconservativa
Hebra original
Hebra nueva
Enzimas:
ADN polimerasa(E. coli). Sitetizan en direccin 5 3.
I. Replicacin en menor grado. Exonucleasa 5 3. Elimina al primer.
II. Participa en la reparacin del ADN.
III. La enzima principal de la replicacin.
IV. Participa en la reparacin del ADN.
V. Participa en la reparacin del ADN.
Primasa (RNA polimerasa)
Sintetiza un fragmento corto (cebador o primer) de 11 o 12 nucletidos de
ARN sobre la cadena de ADN.
Replicacin de ADN
Origen de la replicacin (solo uno en procariotas).
Helicasa de ADN.
ADN-girasa (topoisomerasa II).
Protenas de unin a ADN.
Holoenzima. Dos DNA-pol III en el replisoma.
ADN pol I.
ADN-Ligasa.
Replicacin en procariotes
Replicacin bidireccional.
Estructura Theta
Replicacin en
procariotes
Circulo rodante.
~Plasmidos en Gram positivas.
~Algunos virus.
~Conjugacin.
Cadena
continua
Cadena
discontinua
Replisoma
Esta compuesto por:
Dos copias de ADN-pol III,
Una helicasa y una primasa
(primosoma),
Protenas de unin a ADNss.
Protena que mantiene
juntas a las ADN-pol III y a la
helicasa.
La ADN-girasa elimina el
superenrrollamiento.
Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 859-870 (November 2002)
Transcripcin
Promotores y Factor Sigma
Promotores: sitios en el ADN
que reconoce la ARN
polimerasa para iniciar las
transcripcin.
Factor sigma: cadena
sencilla (SS) un factor de
inicio de la transcripcin en
procariontes que permite la
unin especfica de la ARN
polimerasa al promotor de
un gen.
Hay diferentes factores
sigma que son activados en
respuesta a diversas
condiciones ambientales.
Transcripcin en eucariotes
Sntesis de
protenas
Elementos genticos no
cromosmicos
Plsmidos: DNA de doble cadena
circular, capaces de la replicacin
autnoma. Existen plsmidos lineales
en Borrelia burgdorferi y
Actinomicetos.
Elementos transponibles: Fragmentos
de ADN que cambian de lugar en el
genoma de un organismo. Presentes
en eucariontes y procariontes.
En procariontes hay 3 tipos:
~Secuencias de insercin
~Transposones
~Virus especiales
Plsmidos
Tamao: de 1Kpb a 1Mpb.
Estn presentes en determinado
nmero de copias por clula
(1-3 ms de 100)
En Gram negativas se replican
de modo similar al cromosoma.
Replicacin bidireccional
alrededor del crculo, aunque
algunas lo hacen unidireccional.
En Gram positivas se replican
por el mecanismo de crculo
rodante, tambin algunas Gram
negativas y arqueas.
Plsmidos
Episomas: pueden integrase al
cromosoma y se replican bajo el
control de este.
Plsmidos conjugativos: los que
dirigen su propia transferencia
mediante el contacto entre clulas.
La regin tra contiene genes que
codifican para transferencia y
replicacin.
Plsmidos no conjugativos: que no
pueden transferirse por s mismos a
otra clula.
Plsmidos crpticos: que solo se
sabe que se replican, no se sabe
qu otra funcin tienen.
Plsmido F (de fertilidad) de E. coli
Verde obscuro: genes de replicacin.
Verde claro: genes de transferencia conjugativa.
Amarillo: elementos transponibles.
Fenotipos conferidos por plsmidos
Fenotipo
Organismos procariotas
Produccin de antibiticos
Streptomyces
Conjugacin
Amplio rango de bacterias
Funciones metablicas
Degradacin de octano, alcanfor y naftaleno
Degradacin de herbicidas
Formacin de acetona y butanol
Utilizacin de lactosa, sacarosa, citrato o urea
Produccin de pigmentos
Produccin de vesculas de gas
Pseudomonas
Alcaligenes
Clostridium
Enterobacterias
Erwinia, Staphylococcus
Halobacterias*
Resistencia
Resistencia a antibiticos
Resistencia a metales pesados
Amplio rango de bacterias
Amplio rango de bacterias
Virulencia
Formacin de tumores en plantas
Nodulacin y fijacin simbitica de nitrgeno
Produccin de bacteriocina y resistencia
Invasin de clulas animales
Coagulasa, hemolisina, enterotoxina
Toxinas y cpsula
Enterotoxina, antgeno K
Agrobacterium
Rhizobium
Amplio rango de bacterias
Salmonella, Shigella, Yersinia
Staphylococcus
Bacillus anthracis
Escherichia
*Arqueobacteria.
Brock. Biologa de los Microorganismos, 12 edicin, 2009
Plsmido conjugativo con
multirresistencia
Molecular structure of a circular,
conjugative multiresistance
plasmid from an Enterococcus
faecalis isolated from a raw
fermented sausage.
The molecule is made up of a
part originating from
Streptococcus (blue symbols)
and Enterococcus (black
symbols). Antibiotic resistance
genes are in white; the segment
responsible for conjugative
resistance transfer is indicated.
Insertion elements are shown as
boxes: they are potent tools to
excise and to insert genes into
DNA.
A total of 58 potential genes are
present. ( M. Teuber)
http://www.accessscience.com/popup.aspx?figID=YB030595FG0020&id=YB030595&name=figure
Elementos
transponibles en
bacterias
Secuencias de insercin
(IS). Segmentos cortos de
ADN, aproximadamente
1000 nucletidos, solo
contienen la informacin
gentica que la necesaria
para moverse de un lugar a
otro.
Transposones (Tn). Son ms
grandes y tienen genes
adicionales. Se replican
como parte del ADN.
Bacterifago Mu. Que es a
la vez un virus y un
transposn.
Elementos de Insercin
Secuencia de Insercin o Elemento de Insercin (IS): los transposones
simples contienen una secuencia central con informacin para la
transposasa y en los extremos una secuencia repetida en orden inverso
de entre 10 y 50 pb.
Esta secuencia repetida en orden inverso no es necesariamente
idntica, aunque muy parecida.
Cuando un transposn simple se integra en un determinado punto del
ADN aparece una repeticin directa de la secuencia diana (5-12 pb).
Video: http://classes.midlandstech.edu/carterp/Courses/bio225/chap08/lecture6.htm
Transposones compuestos
Contienen un elemento
de insercin (IS) en
cada extremo en orden
directo o inverso y una
regin central que
adems suele contener
informacin de otro
tipo. Por ejemplo, los
factores de
transferencia de
resistencia (RTF), poseen
informacin en la zona
central para resistencia
a antibiticos.
http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/Topics/Mobile_elements.html
Transposones conservativos
Elementos Tn5
Transposones
replicativos
Elementos Tn3
La transposicin es hecha por un
proceso que involucra la replicacin del
elementos transponible.
La transposasa codificada en el
elemento participa en la interaccin del
elemento y el potencial sitio de insercin.
Durante la interaccin el elemento es
replicado y una copia es insertada en un
nuevo sitio y la otra permanece en el sitio
original con la participacin de la enzima
resolvasa.
Bacteriofago Mu
Su genoma es lineal, con un tamao variable de 38-39 Kb.
Los productos de los genes a y b codifican para la protena A
(transposasa) y para la protena B (resolvasa).
La expresin de los genes es reprimida por el producto del gen c. La
transposicin requiere de dos secuencias terminales de Mu, attL y attR
(algunas veces llamado MuL y MuR).
Bacteriofago Mu
El DNA viral incluye, adems del genoma del virus, DNA bacteriano en los
extremos. El fragmento del genoma bacteriano es variable, en el extremo
izquierdo puede tener una longitud de 50-150 bases y en el derecho de
1000 a 2000 bases.
Se produce la escisin del fago del cromosoma bacteriano. Primero se
produce un corte a la izquierda que incluye parte del DNA bacteriano
adyacente, comienza a encapsidarse y una vez llenada la cabeza del
virus se produce el segundo corte a la derecha y tambin tiene DNA
bacteriano (1000-2000 bases).
En el fragmento extra
derecho del cromosoma
bacteriano puede incluirse
un gen completo de la
bacteria con lo que al
infectar a otra clula
puede introducir un gen de
una bacteria a otra.
Elementos genticos mviles
Los factores de
virulencia pueden
estar codificados en
elementos genticos
mviles.
Nature Reviews Microbiology 2, 123-140 (February 2004)
Transferencia horizontal de
genes en bacterias
Nature Reviews Microbiology 4: 3645, 2006
Mecanismos de transferencia
Conjugacin
Transferencia de material gentico por contacto clula-clula.
Plsmido conjugativo F o factor de fertilidad.
100kb.
Replicacin autnoma.
Formacin del pili sexual.
Funciones de conjugacin.
Contiene secuencias de insercin.
Episoma.
Una a tres copias.
Regin tra (E. coli)
Aproximadamente 25 genes.
14 corresponden a la formacin del pili sexual
TraA corresponde a la pilina.
En la punta TraN y TraG interactan con OmpA.
TraD forma el poro.
TraY (protena de unin a ADN) se une a oriT y permite la unin de TraI.
TraI endonucleasa/helicasa desenrolla y gua la transferencia.
Sistema de Secrecin tipo IV
Nature Reviews Microbiology 1, 137-149 (November 2003)
Transferencia por conjugacin
F-
F+
F+
F-
F+
F+
F+
Modelo del crculo rodante.
Clulas Hfr
(High frequency of recombination)
Integracin del
plsmido F para formar
la cepa Hfr
Ruptura del cromosoma
Hfr en el origen de la
transferencia.
Conjugacin en otras clulas
Plsmidos autotransmisibles.
No hay presencia de pili sexual.
Se ha demostrado en
Streptococcus, Enterococcus,
Bacillus, Clostridium y
Streptomyces.
Conjugacin en otras clulas
Agrobacterium tumefaciens
transfiere parte del plsmido Ti a
plantas (T-DNA) a la planta donde
se producen auxinas y citocinas
(producen un tumor), y opinas
(derivados de aminocidos), que
sirven como fuente de energa a
A. tumefaciens.
Agrobacterium tumefaciens
Transformacin
Involucra la adquisicin de AND
libre del medio extracelular, y la
competencia gentica es la
habilidad de llevar a cabo la
transformacin.
Experimento de Griffith con
Streptococcus pneumoniae.
http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
Competencia
Natural
Streptococcus pneumoniae. Durante
el crecimiento se produce la protena
CSP (competence-estimulating
peptide), se forma el translocasoma
que incluye la endonucleasa EndA
que degrada una cadena y facilita la
entrada de una hebra.
Bacillus subtillis. Las clulas producen
un pptido, bajo ciertas condiciones
de estrs (alta densidad celular) la
acumulacin induce la competencia
en las clulas.
Bacterias Gram negativas
Haemophilus influenzae y Neisseria sp.
El transporte ocurre cuando
secuencias especficas DUS (DNA
uptake sequences ) son detectadas
por receptores.
Inducida
Electroporacin
CaCl2 y bajas temperaturas.
SSTII y competencia
Nature Reviews Microbiology 2, 241-249 (March 2004)
Transformacin
natural
Figure 2 | The natural transformation of
recipient bacteria and selection of
transformants. The steps involved in this
process include the release of extracellular
DNA into the environment and the uptake
of DNA into the cytoplasm of the recipient
bacterial cell that has developed a
regulated physiological state of
competence. Following uptake, for the
transferred DNA to persist it must integrate
into the bacterial genome through
homologous recombination or by
sequence-independent, illegitimate
recombination. Plasmids that succeed in
reconstituting a replication-proficient form
do not need to integrate into the host
genome. Modified with permission from REF.
159 (1998) Blackwell Publishing, and REF.
160 (1998) Elsevier
Nature Reviews Microbiology 3, 711-721 (September 2005)
Transduccin
Experimento de Hershey-Chase.
Transferencia de marcadores
genticos bacterianos de una
clula a otra por medio de
bacterifagos.
Transduccin generalizada
(cualquier fragmento) y
especializada (secuencias
especficas).
http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
Ciclo ltico y lisognico de un
bacterifago
Figure 3 | Genes and components of tailed phages. The main components of the lambdoid
phage family and the conserved order of the genes for these components is shown. Heads
(or capsids), tails and fibres are composed of several proteins, some of which interact tightly
with a defined chronology during morphogenesis. This is probably why the order of some
genes is conserved although their sequences display no detectable similarity. Global analysis
of phage genome sequences should allow the identification of the building blocks and the
rules that govern their combination into functional phages. Component genes and their
protein products include: Nu1, terminase small subunit; A, terminase large subunit; W, head
stabilization; B, portal protein; C, capsid component; Nu3, scaffold protein; D, head-DNA
stabilization; E, major head protein; FI, DNA maturation; FII, head stabilization; ZH, tail
components; M, L, K and I, tail assembly proteins; J, tail tip, host specificity; lom, outer
membrane protein; stf and tfa, tail fibre proteins. Modified with permission from REF. 88 1992
Academic Press.
Nature Reviews Microbiology 3, 722-732 (September 2005)
Transduccin generalizada
Bacterifago p22
Transduccin especializada
Bacteriofago
