Instituto Politcnico Nacional

Unidad Profesional
Interdisciplinaria de Biotecnologa

Cintica enzimtica
Asignatura: Fisicoqumica de los alimentos.
Profesor: Morn Snchez Luis Martn.
Alumno: Castillo Perdomo Laura Noemi.

Grupo: 3LV1.

Fecha de entrega: 23-Noviembre-2012.

Cintica enzimtica
Enzimas
Definicin. Las enzimas son protenas que catalizan las reacciones qumicas en los
seres vivos. Catalizadores son sustancias que, sin consumirse en una reaccin,
aumentan su velocidad. Las enzimas no hacen factibles las reacciones imposibles sino
que, sencillamente, aceleran las que tendran lugar de manera espontnea (aqullas
con un G<0). Gracias a ellas tienen lugar, en condiciones fisiolgicas, reacciones que,
sin catalizador, requeriran condiciones extremas de presin, temperatura o de pH.
Prcticamente todas las reacciones qumicas que tienen lugar en los seres vivos estn
catalizadas por enzimas. La sustancia sobre la que acta la enzima se llama sustrato.
El sustrato se une a una regin concreta de la enzima, denominada centro activo. El
centro activo comprende:

un sitio de unin, formado por los aminocidos que estn en contacto directo con
el sustrato
un sitio cataltico, formado por los aminocidos directamente implicados en el
mecanismo de la reaccin

Las enzimas son catalizadores especficos: cada enzima cataliza un solo tipo de
reaccin y, casi siempre, utiliza un nico sustrato.
Propiedades. Las propiedades de las enzimas derivan del hecho de ser protenas y
actuar como catalizadores. Como protenas, poseen una conformacin natural ms
estable y los cambios en esta conformacin suelen ir asociados a cambios en la
actividad cataltica. Todas las enzimas poseen grupos qumicos ionizables (carboxilos
-COOH; amino -NH2; hidroxilo -OH; tiol -SH; imidazol, etc.) tanto en sus extremos como
en las cadenas laterales de sus aminocidos. En funcin del pH del medio, estos
grupos pueden tener carga elctrica positiva, negativa o neutra. Como la conformacin
de las protenas depende, en parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el cual la
conformacin ser la ms adecuada para la actividad cataltica. Este es el llamado pH
ptimo. As, la pepsina gstrica tiene un pH ptimo de 2 y la tripsina pancretica lo tiene
a pH 7,8. La mayora de las enzimas son muy sensibles a los cambios de pH.
Desviaciones de unas pocas dcimas por encima o por debajo del pH ptimo pueden
afectar drsticamente la actividad enzimtica. Por este motivo, los seres vivos han
desarrollado sistemas ms o menos complejos para mantener estable el pH intracelular.
Los aumentos de temperatura aceleran las reacciones qumicas. Como regla general,
un incremento de 10 C en la temperatura duplica la velocidad de la reaccin. Las
reacciones catalizadas por enzimas tambin siguen esta pauta. Sin embargo, al ser
protenas, a partir de cierta temperatura, se empiezan a desnaturalizar. La temperatura
a la cual la actividad cataltica es mxima se llama temperatura ptima. Por encima de
esta temperatura, el aumento de velocidad de la reaccin debido a la temperatura es

contrarrestado por la prdida de actividad cataltica debida a la desnaturalizacin

trmica, y la actividad enzimtica decrece rpidamente hasta anularse.
Las enzimas son catalizadores especficos. Sin embargo hay distintos grados de
especificidad. Entre las enzimas poco especficas estn las proteasas digestivas como
la quimotripsina, que rompe los enlaces amida de protenas y pptidos. La lactasa es
una enzima muy especfica, y slo rompe el enlace -glucosdico de la lactosa o de
compuestos muy similares. En general, una enzima no es absolutamente especfica y
puede actuar sobre una serie ms o menos variada de sustratos semejantes. La enzima
acta con mxima eficacia sobre el sustrato natural y con menor eficacia sobre los
sustratos anlogos. As, para la sacarasa, la sacarosa es su sustrato natural, mientras
que la maltosa y la isomaltosa son sustratos anlogos.
Clasificacin. La comisin de Enzimas de la Unin Internacional de Bioqumica
introdujo en 1964, para uniformar la nomenclatura, la siguiente clasificacin sistemtica,
en la cual se consideran 6 grupos principales de enzimas de acuerdo al tipo reaccin
implicada:
1. Oxidorreductasas: Catalizan una amplia variedad de reacciones de xido-reduccin,
empleando coenzimas, tales como NAD+ y NADP+, como aceptor de hidrgeno. Este
grupo incluye las enzimas denominadas comnmente como deshidrogenasas,
reductasas, oxidasas, oxigenasas, hidroxilasas y catalasas.
2. Transferasas: Catalizan varios tipos de transferencia de grupos de una molcula a.
otra (transferencia de grupos amino, carboxilo, carbonilo, metilo, glicosilo, acilo, o
fosforilo). Ej.: aminotransferasas (transaminasas).
3. Hidrolasas: Catalizan reacciones que implican la ruptura hidroltica de enlaces
qumicos, tales como C=O, C-N, C-C. Sus nombres comunes se forman aadiendo el
sufijo -asa al nombre de substrato. Ejs.: lipasas, peptidasas, amilasa, maltasa,
pectinoesterasa, fosfatasa, ureasa. Tambin pertenecen a este grupo la pepsina,
tripsina y quimotripsina.
4. Liasas: Tambin catalizan la ruptura de enlaces (C-C, C-S y algunos C-N, excluyendo
enlaces peptdicos), pero no por hidrlisis. Ejs.: decarboxilasas, citrato-liasa,
deshidratasas y aldolasas.
5. Isomerasas: Transforman sus substratos de una forma isomrica en otra. Ejs.:
Epimerasas, racemasas y mutaras.
6. Ligasas: Catalizan la formacin de enlace entre C y O, S, N y otros tomos.
Generalmente, la energa requerida para la formacin de enlace deriva de la hidrlisis
del ATP. Las sintetasas y carboxilasas estn en este grupo.
Accin enzimtica.

La accin enzimtica se caracteriza por la formacin de un complejo que representa el

estado de transicin.
El sustrato se une al enzima a travs de numerosas interacciones dbiles como son:
puentes de hidrgeno, electrostticos, hidrfobos, entre otros, en un lugar especfico, el
centro activo. Este centro es una pequea porcin del enzima, constituido por una serie
de aminocidos que interaccionan con el sustrato.
Con su accin, regulan la velocidad de muchas reacciones qumicas implicadas en este
proceso. El nombre de enzima, que fue propuesto en 1867 por el fisilogo alemn
Wilhelm Khne (1837-1900), deriva de la frase griega en zyme, que significa 'en
fermento'. En la actualidad los tipos de enzimas identificados son ms de 2.000.
Ecuacin de Michaellis-Menten
Michaelis y Menten propusieron un modelo simple para explicar la mayora de las
reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo la enzima se combina
reversiblemente con su substrato para formar el complejo enzima-sustrato (ES) que
subsecuentemente se rompe para formar el producto, hecho que regenera a la enzima.
El modelo para una molcula de sustrato se muestra a continuacin:

en donde: S es el substrato
E es la enzima
ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten
k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reaccin.
La ecuacin de Michaelis-Menten puede deducirse matemticamente haciendo la
aproximacin del estado estacionario, segn esta aproximacin la concentracin del
complejo ES es constante en el estado estacionario y por lo tanto las velocidades de
formacin y destruccin del complejo ES son iguales. Adems, asumimos que el paso
limitante de la reaccin es el segundo y por lo tanto la velocidad de la reaccin es:
Vo=K2 ES.
Velocidad formacin del complejo ES = Velocidad destruccin del complejo ES

K1ES= K-1 ES + K2ES

K1ES= (K-1 + K2 ) ES

La concentracin de enzima libre ser igual a la concentracin total de enzima menos lo

que est unido al sustrato. E= Et -ES, as que:

K1 Et S- K1 ES S = (K-1 + K2 ) ES

K1 Et S= (K-1 + K2 + K1S) ES

Despejando ES se obtiene un trmino constante formado por las tres constantes e

igual a la constante de Michaelis (Km). El trmino K1 Et ser precisamente la V
(velocidad mxima) cuando todo el enzima est unido al sustrato formado un complejo
ES, o sea, cuando la enzima est saturada por el sustrato, es decir:
K1 Et =Vmax.
De modo que la forma final de la ecuacin de Michaelis-Menten es:

en donde:

v0 es la velocidad inicial de la reaccin

Vmax es la velocidad mxima
Km es la constante de Michaelis y Menten=
[S] es la concentracin de sustrato

Inhibicin enzimtica. La actividad de una enzima puede ser disminuida o eliminada

completamente por la
accin de ciertas sustancias a las cuales se las conoce con el nombre genrico de
inhibidores enzimticos. Debemos aclarar que no deben ser incluidos en este grupo
de sustancias, aquellos agentes que producen simplemente una destruccin irreversible
de la enzima, como podran ser todos aquellos que conducen a su desnaturalizacin,
como por ejemplo los cidos fuertes.
La inhibicin enzimtica es de gran importancia fisiolgica, ya que a veces la inhibicin
de una sola enzima que forma parte de una cadena de reacciones metablicas puede
inhibir por completo a todo el proceso metablico involucrado y ejercer en esa forma un
efecto profundo y a veces fatal sobre el organismo.
importancia

De ms est recalcar la

que este fenmeno tiene en farmacologa y toxicologa como as tambin en el

desarrollo de herbicidas e insecticidas. De ah que el estudio del mecanismo de accin
de los inhibidores se haya constituido en una de las ms exploradas de la enzimologa
prctica.
En la inhibicin competitiva el inhibidor se combina reversiblemente con la enzima en
el sitio por el cual se debera unir el sustrato, impidiendo por lo tanto la formacin del
complejo activo enzimasustrato. De ah el nombre de
competitiva porque
efectivamente tanto el
inhibidor como el sustrato
compiten por el mismo sitio y
tratan de desplazarse
mutuamente de la enzima. Las
posibles formas de reaccionar

del sustrato y el inhibidor con

la enzima pueden presentarse
por las ecuaciones:
Por ello este tipo de inhibicin se caracteriza en que puede disminuirse
considerablemente aumentando la concentracin de sustrato.
En este tipo de inhibidores se incluyen sustancias que estructuralmente son muy
parecidas al sustrato y que por lo pueden ocupar el lugar que ocupara el mismo sobre
la
enzima pero que no pueden ser atacas por la misma.
Un ejemplo clsico de este tipo de inhibicin es el de la inhibicin de la succinato
deshidrogenasa, enzima que tiene por sustrato el cido succnico, por otras sustancias
estructuralmente parecidas al cido succnico, como el cido malnico, el cido oxlico,
y el cido glutrico.

En la inhibicin no competitiva, se postula que el inhibidor se une con la enzima en

otro sitio, que no es aquel por el cual se une el sustrato. Por esa razn la unin del
sustrato con la enzima no es
afectada por la presencia del
inhibidor y se puede formar
entones un complejo enzimasustrato-inhibidor. Pero este
complejo es catalticamente

inactivo y no puede escindirse en

productos de la reaccin y
complejo enzima-inhibidor. En
este caso, las posibles formas de
reaccionar del sustrato y el
inhibidor con la enzima se
representan por las ecuaciones
siguientes.

Este tipo de inhibicin se caracteriza entonces porque no puede ser revertido por un
aumento de la concentracin de sustrato. El sustrato no puede desplazar al inhibidor
unido a la enzima. Experimentalmente ambos tipos de inhibicin pueden distinguirse
fundamentalmente mediante la aplicacin del mtodo de Lineweaver y Burk antes
descripto a la reaccin enzimtica con y sin inhibidor en cuyos respectivos casos se
obtendrn los grficos indicados en las figuras siguientes.

Como puede apreciarse en el grfico, en el caso de la inhibicin competitiva la Vmx

para una dada cantidad de enzima no se modifica por el agregado de inhibidor porque
agregando una concentracin lo suficientemente grande de sustrato se puede
desplazar
completamente al inhibidor. Sin embargo, el Km aumenta porque la presencia del
inhibidor hace que se necesite una mayor cantidad de sustrato para saturar a la enzima
que la que se necesitara si el inhibidor no estuviera presente.
En contraposicion a lo anterior, en la inhibicin no competitiva, el inhibidor disminuye
el valor de la Vmx sin modificar la Km ya que la unin del sustrato a la enzima no

est

alterada

por

la

simultnea

unin

del

inhibidor.

Inhibicin acompetitiva: el inhibidor slo se une al complejo enzima - sustrato, que ya no formar producto, por lo que la
velocidad bajar. El inhibidor no se une al centro activo sino a cualquier otro sitio, lo que hace que cambie la conformacin y
el enzima ya no es tan efectivo.
KI = [E].[I]/[ESI]
No se puede superar la inhibicin aumentando la concentracin de sustrato. La V con inhibidor (V I) ser ms pequea.

La Km ser ms pequea, como si tuviera ms afinidad:

El resultado es una recta nueva que corta en un valor ms grande de ordenadas y con pendiente igual. Si aumentamos la
concentracin de inhibidor obtenemos una familia de rectas con pendiente igual y corte en ordenadas ms grande.

Tecnicas de Docking
Para describir la metodologa del docking es til dividirla en una serie de etapas
(Figura 2). La primera de ellas consiste en disponer de la estructura tridimensional de la
molcula blanco, la cual debe ser acondicionada para los clculos subsecuentes y
sobre la que debe identificarse el sitio de unin de una molcula de prueba
(generalmente pequea en relacin con el blanco). La siguiente etapa requiere poseer
un archivo numeroso de ligandos potenciales, esto es, molculas orgnicas con
estructuras tridimensionales conocidas y que se encuentran en condiciones adecuadas
para simular su asociacin al blanco. La tercera etapa, que es la parte medular del
mtodo, consiste en un algoritmo de computadora que toma cada uno de los ligandos
de la base datos y lo coloca dentro del sitio de unin en una gran cantidad de
orientaciones (6).

Diagrama simplificado de las etapas de simulacin del reconocimiento

molecular o docking

Durante esta etapa es indispensable emplear un criterio numrico para distinguir

cul de todas las disposiciones probadas resulta ser la ms adecuada, es decir, la que
adoptara el ligando si tuviera acceso al sitio de unin; a este criterio le llamaremos
puntaje. Una vez establecidas las condiciones descritas anteriormente, el proceso para
probar orientaciones se repite para cada ligando de la base de datos, sta es la etapa
que consume la mayor cantidad de tiempo de clculo. Finalmente, el programa de
cmputo ordena los diferentes compuestos probados de acuerdo al puntaje de su
orientacin ptima y entonces, el usuario puede analizar estos resultados y planear
experimentos para validar los resultados generados en la simulacin por computadora.
A continuacin se discutirn algunos detalles de cada una de las etapas descritas para
el proceso de docking, donde se utilizar como ejemplo en las figuras a una protena

indispensable en la ruta de la gluclisis, la triosafosfato isomerasa (7) (Figura 3).

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