SESIÓN: 7 – 8 ENZIMAS, BIOCATÁLISIS.
INHIBICIÓN ENZIMÁTICA
Q.F. Juan Salazar Sánchez
BIOCATALISIS
-La biocatálisis.-También conocida como catálisis enzimática o
biotransformación, es el uso de enzimas para catalizar reacciones químicas,
como disciplina involucra el uso de biocatalizadores en la transformación
química de la materia.
El compuesto que sufre la transformación en estas condiciones se llama
sustrato.
Es importante señalar que los sustratos empleados en una reacción
biocatalítica no son necesariamente aquellos que son transformados por la
enzima en las reacciones que forman parte del metabolismo del organismo
del cual proviene la misma.
-Biocatalizadores.- Son moléculas de origen biológico con actividad
catalítica, aplicadas a alguna reacción sobre algún compuesto en particular.
Reacciones Químicas
Catabolismo
Anabolismo
Anfibolismo
Anfibolismo
ENZIMAS
-Las enzimas son proteínas que catalizan reacciones químicas en los seres vivos.
-Las enzimas son catalizadores, es decir, sustancias que, sin consumirse en una reacción,
aumentan notablemente su velocidad.
-No hacen factibles las reacciones imposibles, sino que solamente aceleran las que
espontáneamente podrían producirse.
-Ello hace posible que en condiciones fisiológicas tengan lugar reacciones que sin
catalizador requerirían condiciones extremas de presión, temperatura o pH.
-En estas reacciones, las enzimas actúan sobre unas moléculas denominadas sustratos,
las cuales se convierten en moléculas diferentes denominadas productos.
-Casi todos los procesos en las células necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas
significativas.
A las reacciones mediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimáticas.
ESTRUCTURAS DE LAS ENZIMAS
ESTRUCTURAS DE LAS ENZIMAS
ESTRUCTURAS DE LAS ENZIMAS
COMPOSICIÓN QUÍMICA DE LAS ENZIMAS
-En la composición química de las enzimas se consiguió cristalizar la ureasa, enzima que
transforma la urea en anhídrido carbónico y amoniaco, y demostrar que era una
sustancia proteica.
-Posteriormente fueron aisladas otras enzimas en forma pura, cristalina, demostrándose
siempre la presencia de una proteína, simple o conjugada.
-Cuando los análisis químicos demuestran que la enzima es una proteína conjugada,
pueden distinguirse en los dos partes bien diferenciados:
.El grupo prostetico (Coenzima)
.La proteína (Apoenzima)
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
-Una trivial.- Es la reacción que catalizan (peptidasas hidrolizan enlaces
peptídicos, lipasas hidrolizan lípidos, oxidasas oxidan diversos compuestos,
etc.).
-La clasificación sistemática.- Consta de una serie de cuatro números
asignados por la Comisión de Enzimas (EC, acrónimo de Enzyme Commission)
que siempre van antepuestos por la sigla EC y separados por puntos. El primer
número indica el tipo de reacción que la enzima cataliza y las divide en seis
clases. El segundo número (subclase) y el tercer número (sub-subclase)
caracterizan la reacción con mayor precisión y el cuarto número es un número
de serie particular para la enzima. Por ejemplo, las lipasas de triglicéridos son
EC [Link]. Esto significa que pertenecen a la clase 3 (hidrolasas), subclase 1
(actúa sobre uniones éster), sub-subclase 1 (hidrólisis de ésteres derivados de
ácidos carboxílicos) y número de serie 3. Para la clasificación completa de un
biocatalizador, además de las nomenclaturas descriptas deberá indicarse la
fuente de la enzima y el soporte si se encuentra inmovilizada.
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS
-Nomenclatura actual.-La nomenclatura enzimática está basada en 3
parámetros:
a.- Todas las enzimas deben de llevar el nombre del sustrato. Sustrato: parte
del sistema enzimático, sustancia o compuesto químico sobre la cual va actuar la
enzima es la sustancia o compuesto químico que sufre la reacción química.
b.- Las enzimas deben de llevar el nombre de la reacción química catalizada
Oxidación --------------------------- oxidasa
Reducción--------------------------- reductasa
Hidrólisis----------------------------- hidrolasa
Isomerización---------------------- isomeraza
Transferencia----------------------- transferasa
Síntesis ------------------------------ ligasa
Catálisis----------------------------- liasa
c.- Terminación asa
Ejemplo: Glucosa oxidasa.
Las enzimas se identifican por 4 dígitos:
« El primer digito se refiere a la clasificación general, va
del uno
« El segundo dígito se refiere a la clase de enzima.
« El tercer dígito es la subclase, se refiere a la reacción
química específica que cataliza la enzima
« El cuatro dígito se refiere al número progresivo de orden
de acuerdo a su identificación.
Clasificación de las enzimas
Clasificación sistemática de las enzimas según la IUBMB.
PRINCIPALES 6 CLASES DE ENZIMAS
.Se clasifican de acuerdo al tipo de reacción que
catalizan:
1. Oxidoreductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas
PRINCIPALES 6 CLASES DE ENZIMAS
Óxido – reductasas
« Son las enzimas relacionadas con las oxidaciones y las
reducciones biológicas que intervienen de modo fundamental en los
procesos de respiración y fermentación.
« Son importantes a nivel de algunas cadenas metabólicas, como
la escisión enzimática de la glucosa, fabricando también el ATP,
verdadero almacén de energía. Extrayendo dos átomos de
hidrógeno, catalizan las oxidaciones de muchas moléculas
orgánicas presentes en el protoplasma; los átomos de hidrógeno
tomados del sustrato son cedidos a algún captor.
PRINCIPALES 6 CLASES DE ENZIMAS
Transferasas
« Estas enzimas catalizan la transferencia de una parte de la molécula
(donadora) a otra (aceptora). « Su clasificación se basa en la
naturaleza química del sustrato atacado y en la del aceptor.
Este grupo de enzimas actúan sobre los sustratos mas diversos,
transfiriendo grupos metilo, aldehído, glucosilo, amina, sulfató, sulfúrico,
carboxilo, carbonilo, fosforilo y ácido (RC = o).
Los nombres comunes triviales suelen incluir el prefijo trans. Como
ejemplo podemos nombrar
las transcarboxilasas, transmetilasas y transaminasas.
Ejemplo: Enzima Hexoquinasa
Glucosa + ATP Glucosa – Fosfato + ADP
PRINCIPALES 6 CLASES DE ENZIMAS
Hidrolasas
« Esta clase de enzimas actúan normalmente sobre las grandes
moléculas del protoplasma, como son la de glicógeno, las grasas y las
proteínas.
« La acción catalítica se expresa en la escisión de los enlaces entre
átomos de carbono y nitrógeno (C-N) o carbono oxigeno (C-O);
Simultáneamente se obtiene la hidrólisis (reacción de un compuesto con el
agua) de una molécula de agua. El hidrógeno y el oxidrilo resultantes de la
hidrólisis se unen respectivamente a las dos moléculas obtenidas por la
ruptura de los mencionados enlaces.
« A este grupo pertenecen proteínas muy conocidas: la pepsina, presente
en el jugo gástrico, y la tripsina y la quimiotripsina, segregada por el
páncreas. Desempeñan un papel esencial en los procesos digestivos,
puesto que hidrolizan enlaces pépticos, estéricos y glucosídicos.
PRINCIPALES 6 CLASES DE ENZIMAS
Liasas
« Estas enzimas escinden (raramente construyen) enlaces entre
átomos de carbono, o bien entre carbono y oxígeno, carbono y
nitrógeno, y carbono y azufre dejando enlaces dobles, pero también
agregan grupos a los enlaces dobles. Las liasas catalizan reacciones en
las que se elimina grupos (por ejemplo H2O, CO2 y NH3) para formar un
doble enlace o se añaden a un doble enlace. Los ejemplos
son liasas, descarbolasas,hidratasas, deshidratasas, desaminasas y sint
asas.
« Algunas liasas actúan sobre compuestos orgánicos fosforados muy
tóxicos, escindiéndolos; otros separan el carbono de numerosos
sustratos
Isomerasas
« Transforman ciertas sustancias en otras isómeras, es decir, de
idéntica formula empírica pero con distinto desarrollo.
« Son las enzimas que catalizan diversos tipos de isomerización,
sea óptica, geométrica, funcional, de posición, etc.
Ejemplo:
Enzima Piruvato descarboxilasa
Se dividen en varias subclases.
« Las racemasas y las epimerasas:
Actúan en la racemización de los aminoácidos y en la
epimerización de los azúcares. Las primeras son en realidad
pares de enzimas específicas para los dos isómeros y que
producen un solo producto común.
« Las isomerasas cis – trans:
Modifican la configuración geométrica a nivel de un doble
ligadura. Las óxido – reductasas intramoleculares catalizan la
interconversión de aldosas y cetosas, oxidando un grupo CHO y
reduciendo al mismo tiempo al C = O vecino, como en el caso
de la triosa fosfato isomerasa, presente en el proceso de
la glucólisis; en otros casos cambian de lugar dobles ligaduras,
isopentenil fosfato isomerasa, indispensable en el cambio
biosinético del escualeno y el colesterol. Por fin las transferasas
intramoleculares (o mutasas) pueden facilitar el traspaso de
grupos acilo, o fosforilo de una parte a otra de la molécula, como
la lisolecitina acil mutasa que transforma la 2 – lisolecitina en
3 – lisolecitina, etc.
« Algunas isomerasas actúan realizando inversiones muy complejas,
como transformar compuestos aldehídos en compuestos cetona, o
viceversa.
Estas últimas desarrollan una oxidorreducción dentro de la propia
molécula (oxido reductasa intramoleculares) sobre la que actúan,
quitando hidrógeno, a algunos grupos y reduciendo otros; actúan
ampliamente sobre los aminoácidos, los hidroxiácidos, hidratos de
carbono y sus derivados.
Nomenclatura
Cofactor enzimático
Un cofactor enzimático.- Es un componente no proteico,
termoestable y de baja masa molecular, necesario para la acción
de una enzima. El cofactor se une a una estructura proteica
denominada apoenzima, y a este complejo se le denomina
holoenzima, es el complejo apoenzima-cofactor.
Entre los cofactores mencionables se encuentran: iones metálicos
(Fe2+, Cu2+, K+, Mn2+, Mg2+, entre otros) y moléculas
orgánicas, denominadas coenzimas.
Las coenzimas
Las coenzimas.- por lo general son vitaminas
(vitaminas B, vitamina C, por ejemplo), la deficiencia
de las vitaminas dentro de un organismo, provoca la
deficiencia en enzimas y por ende hay falta de
reacciones indispensables. Aquellos cofactores que
están covalentemente unidos a la apoenzima son
denominados grupos prostéticos, ya sean orgánicos
(coenzimas) o inorgánicos.
El ion metálico
El ion metálico.- Puede actuar como:
Centro catalítico primario.
Grupo puente para reunir el sustrato y la enzima,
formando un complejo de coordinación.
Agente estabilizante de la conformación de la
proteína enzimática en su forma catalíticamente
activa.
Las enzimas que precisan de iones metálicos se
llaman a veces metaloenzimas.
CINÉTICA ENZIMÁTICA
Estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas y de la
especificidad puede medirse con relativa facilidad, ya que en muchos
casos no es necesario purificar o aislar el enzima.
La medida se realiza siempre en las condiciones óptimas de pH,
temperatura, presencia de cofactores, etc., y se utilizan concentraciones
saturantes de sustrato.
En estas condiciones, la velocidad de reacción observada es la velocidad
máxima (Vmax). La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparición
de los productos o la desaparición de los reactivos.
CINÉTICA ENZIMÁTICA
En función del tiempo se obtiene la llamada curva
de avance de la reacción, o simplemente, la
cinética de la reacción. A medida que la reacción
transcurre, la velocidad de acumulación del
producto va disminuyendo porque se va
consumiendo el sustrato de la reacción. Para evitar
esta complicación se procede a medir la velocidad
inicial de la reacción (v0). La velocidad inicial de la
reacción es igual a la pendiente de la curva de
avance a tiempo cero. De esta forma, la medida de
v0 se realiza antes de que se consuma el 10% del
total del sustrato, de forma que pueda considerarse
la [S] como esencialmente constante. Además, en
estas condiciones no es necesario considerar la
reacción inversa, ya que la cantidad de producto
formada es tan pequeña que la reacción inversa
apenas ocurre.
CINÉTICA ENZIMÁTICA
Para estudiar la cinética enzimática se mide el efecto de la concentración
inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la reacción, manteniendo
la cantidad de enzima constante.
Cuando [S]0 es pequeña, la velocidad inicial es directamente proporcional a
la concentración de sustrato, y por tanto, la reacción es de primer orden. A
altas [S]0, el enzima se encuentra saturada por el sustrato, y la velocidad ya
no depende de [S]0. En este punto, la reacción es de orden cero y la
velocidad es máxima (Vmax).
CINÉTICA ENZIMÁTICA
.En una reacción de orden cero, la velocidad de formación del producto es
independiente de la concentración de sustrato. v=k
.En una reacción de primer orden la velocidad de formación de los productos es
directamente proporcional a la concentración del sustrato. v = k [A].
Así, en la reacción:
sacarosa + agua glucosa + fructosa
La velocidad de hidrólisis de la sacarosa es, en todo momento, proporcional a la
concentración de sacarosa. Dicho matemáticamente, donde [A] es la concentración de
sacarosa a cada tiempo (t) y k es la constante de proporcionalidad.
.Una reacción de segundo orden es aquella en la que la velocidad de formación del
producto depende:
1. de la concentración de dos sustratos (como en una reacción de condensación)
v = k [A1] [A2]
[Link] cuadrado de la concentración de un único sustrato (reacción de dimerización)
v = k [A]2
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
Michaelis y Menten propusieron que las reacciones catalizadas enzimáticamente
ocurren en dos etapas: En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en
la segunda, el complejo enzima-sustrato da lugar a la formación del producto, liberando
el enzima libre:
En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinéticas individuales de cada proceso y
también reciben el nombre de constantes microscópicas de velocidad. Según esto,
podemos afirmar que:
.v1 = k1 [E] [S]
.v2 = k2 [ES]
.v3 = k3 [ES]
Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al sustrato (ES), de forma que
la concentración total de enzima, [ET], (que es constante a lo largo de la reacción) es:
[ET] = [E] + [ES]
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
-Este modelo cinético adopta la hipótesis del estado
estacionario, según la cual la concentración del complejo
enzima-sustrato es pequeña y constante a lo largo de la
reacción.
-Por tanto, la velocidad de formación del complejo
enzima-sustrato (v1) es igual a la de su disociación
(v2+ v3):v1 = v2 +v3
Además, como [ES] es constante, la velocidad de
formación de los productos es constante:
v = v3 = k3 [ES] = constante.
Como v1=v2+v3, podemos decir que:
k1 [S] [ET] - k1 [S] [ES] = k2 [ES] + k3 [ES]
Despejando [ES], queda que: siendo, en donde la
expresión (k2+k3)/k1 se ha sustituido por KM, o constante
de Michaelis-Menten.
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
-Hay enzimas que no obedecen la
ecuación de Michaelis-Menten.
-Se dice que su cinética no es Michaeliana.
-Esto ocurre con los enzimas alostéricos,
cuya gráfica se observa donde [S] no es
una hipérbola, sino una sigmoide.
-En la cinética sigmoidea, pequeñas
variaciones en la [S] en una zona crítica
(cercana a la KM) se traduce en grandes
variaciones en la velocidad de reacción.
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
.La representación gráfica de la
ecuación de Michaelis-Menten (v0 frente
a [S]0) es una hipérbola.
.La Vmaxcorresponde al valor máximo al
que tiende la curva experimental, y la
KM corresponde a la concentración de
sustrato a la cual la velocidad de la
reacción es la mitad de la Vmax.
REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
Una molécula de enzima no tiene por qué actuar siempre a la misma
velocidad. Su actividad puede estar modulada por:
• cambios en el pH
• cambios en la temperatura
• presencia de cofactores
• las concentraciones del sustrato y de los productos finales
• presencia de inhibidores
• modulación alostérica
• modificación covalente
• activación por proteolisis
• isoenzimas
EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
-Las enzimas poseen grupos químicos ionizables
(carboxilos -COOH; amino -NH2; tiol -SH; imidazol,
etc.) en las cadenas laterales de sus aminoácidos.
-Según el pH del medio, estos grupos pueden tener carga
eléctrica positiva, negativa o neutra.
-Como la conformación de las proteínas depende, en
parte, de sus cargas eléctricas, habrá un pH en el cual la
conformación será la más adecuada para la actividad
catalítica.
-Este es el llamado pH óptimo.
EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
-La mayoría de las enzimas son muy sensibles a los
cambios de pH.
-Desviaciones de pocas décimas por encima o por
debajo del pH óptimo pueden afectar drásticamente su
actividad.
-Así, la pepsina gástrica tiene un pH óptimo de 2, la
ureasa lo tiene a pH 7 y la arginasa lo tiene a pH 10.
-Como ligeros cambios del pH pueden provocar la
desnaturalización de la proteína, los seres vivos han
desarrollado sistemas más o menos complejos para
mantener estable el pH intracelular: Los
amortiguadores fisiológicos
EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE
LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
-En general, los aumentos de temperatura aceleran las
reacciones químicas: por cada 10ºC de incremento, la velocidad
de reacción se duplica.
-Las reacciones catalizadas por enzimas siguen esta ley general.
-Sin embargo, al ser proteínas, a partir de cierta
temperatura, se empiezan a desnaturalizar por el calor.
-La temperatura a la cual la actividad catalítica
es máxima se llama temperatura óptima .
-Por encima de esta temperatura, el aumento de velocidad
de la reacción debido a la temperatura es contrarrestado
por la pérdida de actividad catalítica debida a la
desnaturalización térmica, y la actividad enzimática
decrece rápidamente hasta anularse.
INHIBICIÓN ENZIMÁTICA
La actividad de una enzima puede ser disminuida o eliminada
completamente por la acción de ciertas sustancias a las cuales se las
conoce con el nombre genérico de inhibidores enzimáticos.
La inhibición enzimática es de gran importancia fisiológica, ya que a
veces la inhibición de una sola enzima que forma parte de una cadena de
reacciones metabólicas puede inhibir por completo a todo el proceso
metabólico involucrado.
Los inhibidores pueden clasificarse en dos grandes grupos:
1) Reversibles
i) competitivos
ii) no competitivos
iii) acompetitivos
2)Irreveversibles
1.-Inhibición reversible: Unión no covalente de un inhibidor a la enzima
i.-Competitiva.-Unión del inhibidor al centro activo del enzima, compite con el
sustrato. Ejm: La intoxicación con etilenglicol o metanol se trata con etanol.
ii.-No competitiva.-Unión del inhibidor a un sitio distinto del centro activo, no
compite con el sustrato. Ejm: PETT 2 es un inhibidor de la Transcriptasa
inversa
iii.-Acompetitiva.-El inhibidor se puede unir a la enzima al mismo tiempo que el
sustrato, sin embargo la unión del inhibidor afecta la unión del sustrato y
viceversa. Ejm:la glucógeno fosforilasa.
2.-Inhibición irreversible: Unión covalente del inhibidor al enzima. Casi todos
son sustancias tóxicas ( naturales o sintéticas ).Ejm: La penicilina inhibe la
síntesis de la pared bacteriana y la aspirina inhibe la síntesis de la PG.
(i)
( ii )
( iii )
a) Efecto del pH sobre la
actividad enzimática
La mayoría de las enzimas tienen un pH característico al cual su actividad es
máxima; por encima o por debajo de ese pH la actividad disminuye.
En muchos casos los perfiles de actividad de las enzimas en función
del pH son acampanados. En otros casos no.
La relación del pH con la actividad de la enzima depende del
comportamiento ácido-base de la misma, así como de otros factores difíciles
de analizar de forma cuantitativa.
El pH óptimo de una enzima no es necesariamente idéntico al pH de su
entorno intracelular normal, el cual puede hallarse a su vez en la pendiente
ascendente o descendente de la curva. Por eso la relación pH-actividad de
una enzima puede constituir un factor en el control intracelular de su
actividad.
b) Efecto de la temperatura sobre
las reacciones enzimáticas
Al igual que sucede con la mayoría de las reacciones químicas, las
reacciones enzimáticas incrementan su velocidad con la temperatura.
La velocidad de muchas reacciones enzimáticas se duplica,
aproximadamente por cada 10 1C de aumento de la temperatura.
Cuando se representa la actividad catalítica respecto a la temperatura se
debe a que las enzimas, al ser proteínas, se desnaturalizan por acción del
calor y se inactivan a partir de cierto punto. Luego la aparente temperatura
"óptima" viene determinada por estos dos procesos:
1) El incremento habitual de la velocidad de la reacción con la
temperatura.
2) El incremento en la desnaturalización térmica de la enzima al
sobrepasar una temperatura crítica.
A partir de los 55-60 1C la mayor parte de las enzimas se inactivan. Sin
embargo, las enzimas de bacterias termofílicas siguen siendo activas a
temperaturas altas
c) Efecto de los metales sobre las
reacciones enzimáticas
-Numerosos metales monodivalentes son necesarios para la
actividad enzimática de diversos sistemas. Destacan entre ellos los
siguientes: K+, Mn++, Mg++, Ca++, Fe+++, Cu+, Cu++, etc. A
menudo el metal, a estas condiciones, es el centro que permite la
unión conjunta del sustrato, de la coenzima y de la misma
apoenzima con la que forma quelatos al unirse con grupos cargados
eléctricamente.
-Los metales como el hierro, el cobre y el molibdeno, actúan a
menudo como transportadores de electrones y no se les puede
considerar activadores en el sentido estricto pues forman parte
integral del grupo prostético.