La metagenmica

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Metagenmica es el estudio de la gentica material recuperado

directamente del medio ambiente muestras. El campo amplio tambin
puede ser denominado como la genmica ambientales , ecogenmica
o genmica de la comunidad . Mientras tradicional microbiologa y
microbiana secuenciacin del genoma y la genmica se basan en
cultivadas clonales culturas , principios de la secuenciacin de genes del
medio ambiente clonado genes especficos (a menudo el 16S rRNA
genes) para producir un perfil de la diversidad en una muestra natural.
Este trabajo revel que la gran mayora de la biodiversidad microbiana
haba sido pasado por alto los mtodos de cultivo basados
en. [ 1 ]
Estudios recientes usan "escopeta" Sanger de secuenciacin masiva en
paralelo o pirosecuenciacin para obtener muestras de gran parte
imparciales de todos los genes de todos los miembros de las
comunidades muestreadas . [ 2 ] Debido a su capacidad para revelar la
diversidad previamente oculta de la vida microscpica, la metagenmica
ofrece una potente lente para ver el mundo de los microbios que tiene el
potencial de revolucionar la comprensin de todo el mundo viviente. [ 3 ]
Como el precio de la secuenciacin del ADN sigue cayendo, la
metagenmica permite ahora a la ecologa microbiana a investigar a una
escala mucho mayor y detalle que antes.

Contenido
1 Etimologa
2 Historia
3 Secuenciacin
3.1 metagenmica escopeta
3.2 de secuenciacin de alto rendimiento
4 Bioinformtica
4.1 Secuencia de pre-filtracin
4.2 Asamblea
4.3 La prediccin de genes
4.4 Diversidad de especies
4.5 La integracin de datos
4.6 metagenmica comparativas
5 Anlisis de los datos
5.1 metabolismo Comunidad

La metagenmica permite el estudio

de las comunidades microbianas,
como los presentes en esta corriente
que recibe el drenaje cido de las
minas de carbn de superficie.

5.2 metatranscriptomics
5.3 Virus
6 Aplicaciones
6.1 Medicina
6.2 Biocombustibles
6.3 Remediacin ambiental
6.4 Biotecnologa
6.5 Agricultura
6.6 Ecologa
7 Vase tambin
8 Referencias
9 Enlaces externos

Etimologa
El trmino "metagenmica" fue utilizado por primera vez por Jo Handelsman , Jon Clardy , Robert M. Goodman ,
Sean F. Brady, y otros, y apareci por primera vez en la publicacin en 1998. [ 4 ] El trmino metagenoma
referencia la idea de que una coleccin de genes secuenciado del ambiente, podran analizarse de una manera
anloga a la del estudio de un solo genoma . Recientemente, Kevin Chen y Lior Pachter (investigadores de la
Universidad de California, Berkeley ) definen la metagenmica como "la aplicacin de las modernas tcnicas de
genmica para el estudio de las comunidades de organismos microbianos directamente en sus entornos naturales,
evitando la necesidad de aislamiento y laboratorio de cultivo de especies individuales ". [ 5 ]

Historia
Convencional de secuenciacin se inicia con un cultivo de clulas idnticas como fuente de ADN . Sin embargo, los
estudios metagenomic primeros revelaron que probablemente hay grandes grupos de microorganismos en muchos
entornos que no pueden ser cultivados y por lo tanto no pueden ser secuenciados. Estos primeros estudios se
centraron en 16S ribosomal RNA secuencias que son relativamente cortos, a menudo conservadas dentro de una
especie, y en general diferente entre las especies. Muchos 16S rRNA se han encontrado secuencias que no
pertenecen a ningn cultivadas conocidas especies , lo que indica que existen numerosos organismos que no son
aislados. Estas encuestas de ARN ribosmico (rRNA) genes tomados directamente del medio ambiente revelaron
que el cultivo de mtodos basados
encuentran a menos de 1% de las bacterias y archaeal especies en una muestra.
[ 1 ] Gran parte del inters en la metagenmica proviene de estos descubrimientos que mostraron que la gran

mayora de los microorganismos haba pasado desapercibidas.

Temprano trabajo molecular en el campo fue realizado por Norman R. Pace y sus colegas, quienes usaron PCR
para explorar la diversidad de secuencias de ARN ribosomal. [ 6 ] Los conocimientos obtenidos de estos estudios
innovadores condujeron Pace para proponer la idea de la clonacin de ADN directamente del medio ambiente
muestras ya en 1985. [ 7 ] , lo que llev al primer informe de aislar y clonar ADN a granel de una muestra

ambiental, publicado por Pace y sus colegas en 1991 [ 8 ] , mientras que Pace fue en el Departamento de Biologa
de la Universidad de Indiana . Considerables esfuerzos aseguraron que no se trataba de PCR falsos positivos y
apoyan la existencia de una comunidad compleja de especies inexploradas. Aunque esta metodologa se limita a
explorar altamente conservadas, los genes que codifican no proteicos , lo hizo de soporte observaciones basadas
en morfologa microbiana principios que la diversidad era mucho ms compleja de lo que era conocido por los
mtodos de cultivo. Poco despus de que, Healy inform el aislamiento metagenomic de genes funcionales de
"zoolibraries" construidas a partir de un complejo de cultivo de organismos ambientales cultivadas en el laboratorio
en secas gramneas en 1995. [ 9 ] Despus de dejar el laboratorio Pace, Edward DeLong continu en el campo y
tiene obra publicada que ha sentado las bases para gran parte filogenias ambientales 16S secuencias sobre la base
de la firma, a partir de la construccin de su grupo de bibliotecas de marinos muestras. [ 10 ]
En 2002, Mya Breitbart, Bosque Rohwer , y sus colegas usaron la secuenciacin escopeta ambiental (vase ms
adelante) para demostrar que 200 litros de agua de mar contiene ms de 5.000 virus diferentes. [ 11 ] Estudios
posteriores mostraron que hay ms de un millar de especies virales en las heces humanas y posiblemente un milln
de diferentes virus por kilogramo de sedimento marino, incluyendo muchos bacterifagos . Esencialmente todos los
virus en estos estudios eran nuevas especies. En 2004, Gene Tyson, Jill Banfield, y sus colegas de la Universidad
de California en Berkeley y el Instituto Conjunto del Genoma secuenciaron el ADN extrado de un drenaje cido
del sistema. [ 12 ] Este esfuerzo dio lugar a los genomas completos o casi completos, para un puado de bacterias y
arqueas que haban resistido previamente intentos para ellos la cultura. [ 13 ]
A partir de 2003, Craig Venter , el lder del paralelo de financiacin privada del proyecto del genoma humano , ha
llevado al Ocano muestreo Expedicin Global (SMO), la vuelta al mundo y la recoleccin de muestras de
metagenmica durante todo el viaje. Todas estas muestras se secuenciaron usando secuenciacin escopeta, con la
esperanza de que los nuevos genomas (y por lo tanto nuevos organismos) se identificaron. El proyecto piloto,
llevado a cabo en el mar de los Sargazos , encontr ADN de casi 2.000 diferentes especies , incluyendo 148 tipos
de bacterias nunca antes vistas. [ 14 ] Venter ha dado la vuelta al mundo y ha explorado a fondo la costa oeste de
los Estados Unidos , y complet una de dos aos expedicin para explorar el Bltico , Mediterrneo y Negro
Seas. El anlisis de los datos de metagenmica recogidos durante este viaje revel dos grupos de organismos, uno
compuesto por taxones adaptados a las condiciones ambientales de 'todo o nada', y un segundo compuesto por un
nmero relativamente menor pero taxones distribuidos en abundancia y ampliamente compuesto principalmente de
plancton . [ 15 ]
En 2005 Stephan C. Schuster en la Penn State University y sus colegas publicaron las primeras secuencias de una
muestra ambiental generada con secuenciacin de alto rendimiento , en este caso masivamente paralelo
pyrosequencing desarrollado por 454 Life Sciences . [ 16 ] Otro artculo a principios de esta rea aparecido en
2006 por Robert Edwards, Bosque Rohwer , y sus colegas de la Universidad Estatal de San Diego . [ 17 ]

Secuenciacin
Recuperacin de secuencias de ADN de ms de unos pocos miles de pares de bases del medio ambiente muestras
era muy difcil hasta los ltimos avances en biologa molecular, tcnicas permitieron la construccin de bibliotecas
de cromosomas artificiales bacterianos (BAC), que proporcion mejores vectores para la clonacin molecular .
[ 18 ]

Metagenmica escopeta

Los avances en la bioinformtica , refinamientos de la amplificacin de ADN, y la proliferacin de potencia de

clculo han ayudado en gran medida el anlisis de secuencias de
ADN recuperados a partir de muestras ambientales, lo que permite
la adaptacin de la secuenciacin escopeta para muestras
metagenomic. El enfoque, que se utiliza para secuenciar muchos
microorganismos en cultivo y el genoma humano , esquila al azar de
ADN, secuencias de muchas secuencias cortas, y reconstruye ellos
en una secuencia consenso . Secuenciacin escopeta y caizos, de
bibliotecas de clones revelan genes presentes en muestras
ambientales. Esto proporciona informacin tanto sobre el cual los
organismos estn presentes y qu procesos metablicos son
posibles en la comunidad. [ 19 ] Esto puede ser til en la
comprensin de la ecologa de la comunidad, sobre todo si varias
muestras se comparan entre s. [ 20 ]
Metagenmica escopeta tambin es capaz de secuenciacin de
genomas microbianos casi completos directamente desde el medio
ambiente. [ 12 ] Debido a que la coleccin de ADN a partir de un
medio ambiente es en gran parte no controlada, los organismos ms
abundantes en una muestra ambiental son los ms altamente
representados en los datos de secuencia resultantes. Para lograr la
alta cobertura necesaria para resolver completamente los genomas
de los miembros de la comunidad con poca representacin,
muestras grandes, a menudo prohibitivo, son necesarios. Por otro
lado, la naturaleza aleatoria de escopeta secuenciacin asegura que
muchos de estos organismos, que de otra manera pasaran
desapercibidos utilizando tcnicas de cultivo tradicionales, estar
representada por al menos algunos pequeos segmentos de

Ambiental escopeta secuenciacin (ESS).

(A) El muestreo de hbitat; (B) partculas
de filtrado, normalmente por tamao; (C)
La lisis y extraccin de ADN; (D) la
clonacin y la construccin de la
biblioteca; (E) la secuenciacin de los
clones; (F) la secuencia de montaje en
contigs y andamios.

secuencia. [ 12 ]

De alto rendimiento de secuenciacin

Los primeros estudios de metagenmica realizadas usando secuenciacin de alto rendimiento utilizados
masivamente paralelo 454 pirosecuenciacin . [ 16 ] Otros tres tecnologas comnmente aplicados para el muestreo
ambiental son el Personal Genome Machine Ion Torrent , el Illumina Genome Analyzer II y el SLIdAS Applied
Biosystems sistema. [ 21 ] Estas tcnicas para la secuenciacin de ADN generan fragmentos ms cortos que la
secuenciacin de Sanger ; Ion PGM Sistema Torrent y 454 pirosecuenciacin produce tpicamente ~ 400 pb lee,
Illumina y productos SLIdAS 25-75 pb lee. [ 22 ] Estos leer longitudes son significativamente ms corta que la
secuencia tpica Sanger leer longitud de ~ 750 pb. Sin embargo, esta limitacin se compensa por el mucho mayor
nmero de secuencia lee. Metagenomes Pyrosequenced generan 200-500 megabases, y plataformas Illumina
generan alrededor de 20-50 gigabases. [ 23 ] Una ventaja adicional a corto secuenciacin de lectura es que esta
tcnica no requiere la clonacin del ADN antes de la secuenciacin, la eliminacin de uno de los principales sesgos
en el muestreo ambiental .

Debido a que la mayora del software de montaje de corta leer no fue diseado para aplicaciones de
metagenmica, mtodos especializados se han desarrollado para utilizar los datos compaero de leer en el montaje
metagenmica. [ 24 ]

Bioinformtica
Los datos generados por la metagenmica experimentos son a la vez enorme y inherentemente ruidosos, que
contiene los datos fragmentados que representan unas 10.000 especies. [ 25 ] La secuenciacin de la vaca rumen
metagenoma genera 279 gigabases , o 279 mil millones de pares de bases de datos de secuencias de nucletidos,
[ 26 ] mientras que el intestino humano microbioma catlogo gen identificado 3,3 millones de genes ensamblados a
partir de 567,7 gigabases de datos de secuencias. [ 27 ] Recopilacin, el comisariado y la extraccin de informacin
biolgica til de los conjuntos de datos de este tamao representan retos computacionales importantes para los
investigadores. [ 19 ] [ 28 ]

Secuencia de pre-filtrado
El primer paso del anlisis de datos de metagenmica requiere la ejecucin de determinadas medidas de prefiltrado, incluida la eliminacin de, secuencias y secuencias de probable redundantes de baja calidad eucariota
origen (especialmente en metagenomes de origen humano). [ 29 ] [ 30 ] Los mtodos disponible para la eliminacin
de la contaminacin de las secuencias de ADN genmicas eucariticas incluyen Eu-Detectar y DeConseq.
[ 31 ] [ 32 ]

Asamblea
Datos de la secuencia de ADN de los proyectos de genmica y metagenmica son esencialmente los mismos, pero
los datos de la secuencia genmica ofrece una mayor cobertura , mientras que los datos de metagenmica es
generalmente altamente no redundante. [ 28 ] Por otra parte, el aumento del uso de las tecnologas de secuenciacin
de segunda generacin con longitudes de lectura cortas significa que gran parte de los futuros datos de
metagenmica ser propenso a errores. Tomados en conjunto, estos factores hacen que el montaje de la secuencia
metagenmica lee en los genomas difciles y poco fiables. Misassemblies son causados
por la presencia de
secuencias repetitivas de ADN que hacen que el montaje especialmente difcil debido a la diferencia en la
abundancia relativa de las especies presentes en la muestra. [ 33 ] misassemblies tambin puede implicar la
combinacin de secuencias de ms de una especie en quimricos contigs . [ 33 ]
Hay varios programas de montaje, la mayora de los cuales pueden utilizar la informacin de las etiquetas de gama
emparejado con el fin de mejorar la precisin de los ensamblajes. Algunos programas, como Phrap o Celera
ensamblador, fueron diseados para ser utilizados para montar un solo genomas pero sin embargo producir buenos
resultados al ensamblar los conjuntos de datos de metagenmica. [ 25 ] Otros programas, como ensamblador de
terciopelo , se han optimizado para el ms corto lecturas producidas por secuenciacin de segunda generacin a
travs de la utilizacin de grficos de Bruijn . El uso de genomas de referencia permite a los investigadores para
mejorar el montaje de los ms abundantes especies microbianas, pero este enfoque est limitado por el pequeo
subconjunto de filos microbiana para que secuenciaron genomas estn disponibles. [ 33 ] Despus de que se ha
creado un conjunto, un desafo adicional es "deconvolucin metagenomic", o determinar que secuencias que
proceden de especies en la muestra. [ 34 ]

La prediccin de genes
Anlisis de metagenmica tuberas utilizan dos enfoques en la anotacin de las regiones codificantes de los reunidos
contigs. [ 33 ] El primer enfoque es identificar los genes sobre la base de homologa con los genes que ya estn a
disposicin del pblico en las bases de datos de secuencias , por lo general simples BLAST bsquedas. Este tipo
de enfoque se implementa en el programa de MEGAN 4. [ 35 ] El segundo, ab initio , utiliza las caractersticas
intrnsecas de la secuencia para predecir las regiones de codificacin de genes basados
en conjuntos de
entrenamiento de organismos relacionados. Este es el enfoque adoptado por programas como GeneMark [ 36 ] y
GLIMMER . La principal ventaja de ab initio prediccin es que permite la deteccin de regiones que carecen de
homlogos en las bases de datos de secuencias de codificacin; sin embargo, es ms precisa cuando hay grandes
regiones de ADN genmico contiguo disponible para la comparacin. [ 25 ]

La diversidad de especies
Gene anotaciones proporcionan el "qu", mientras que las mediciones de la diversidad de especies proporcionan el
"quin". [ 37 ] Con el fin de conectar la composicin y funcin en metagenomes comunidad, las secuencias deben
binned. Agrupacin es el proceso de asociar una secuencia particular con un organismo . [ 33 ] En binning a base de
similitud, mtodos tales como BLAST se utilizan para buscar rpidamente marcadores filogenticos o de otro
modo secuencias similares en bases de datos pblicas existentes. Este enfoque se aplica en MEGAN . [ 38 ] Otra
de las herramientas, PhymmBL, utiliza modelos de Markov interpolados para asignar lecturas. [ 25 ] MetaPhlAn
([Link] y NFORA son mtodos basados
en marcadores-clado
especficos nicos para la estimacin de la abundancia relativa organismal con mejores actuaciones
computacionales. [ 39 ] En la composicin a base de intervalos, mtodos utilizan caractersticas intrnsecas de la
secuencia, tales como frecuencias de oligonucletidos o codn uso sesgo . [ 25 ] Una vez que las secuencias se han
agrupado, es posible llevar a cabo un anlisis comparativo de la diversidad y riqueza de las herramientas tales
como la utilizacin de UniFrac .

La integracin de datos
La enorme cantidad de crecimiento exponencial de la secuencia de datos es un desafo de enormes proporciones
que se complica por la complejidad de los metadatos asociados a los proyectos de metagenmica. Los metadatos
incluyen informacin detallada sobre el (incluyendo la profundidad o altura) geografa en tres dimensiones y las
caractersticas ambientales de la muestra, los datos fsicos sobre el sitio de la muestra y la metodologa del
muestreo. [ 28 ] Esta informacin es necesaria tanto para garantizar la replicabilidad y para permitir el anlisis de
aguas abajo. Debido a su importancia, los metadatos y la revisin de datos de colaboracin y la preservacin
requieren formatos de datos estandarizados se encuentran en bases de datos especializadas, como la base de datos
de genomas OnLine (GOLD). [ 40 ]
Varias herramientas han sido desarrolladas para integrar metadatos y datos de secuencia, lo que permite anlisis
comparativos posteriores de diferentes conjuntos de datos utilizando una serie de ndices ecolgicos. En 2007,
Folker Meyer y Robert Edwards y un equipo en el Laboratorio Nacional Argonne y la Universidad de Chicago
lanzaron el Metagenmica rpida anotacin usando el servidor Subsistema Tecnologa ( MG-RAST ) un recurso
de la comunidad para el anlisis conjunto de datos metagenoma. [ 41 ] A partir de junio 2012 ms de 14,8
terabases (14x10 12 bases) del ADN han sido analizados, con ms de 10.000 conjuntos de datos pblicos de libre

acceso para la comparacin dentro de MG-RAST. Ms de 8000 usuarios ya han presentado un total de 50.000
metagenomes a MG-RAST. El Integrated genomas microbianos / metagenomes sistema (IMG / M) tambin
proporciona un conjunto de herramientas para el anlisis funcional de las comunidades microbianas en funcin de
su secuencia metagenoma, basados
en referencia aislar genomas incluidos Del genomas microbianos Integrado
([Link] (IMG) del sistema y la Enciclopedia Genmica de Las bacterias y
arqueas (GEBA) ([Link] del proyecto. [ 42 ]
Una de las primeras herramientas independientes para el anlisis de los datos de escopeta metagenoma de alto
rendimiento fue MEGAN (Meta Genome Analyzer). [ 35 ] [ 38 ] Una primera versin del programa se utiliz en 2005
para analizar el contexto metagenmica de secuencias de ADN obtenidas de un mamut . hueso [ 16 ] Sobre la base
de una comparacin BLAST contra una base de datos de referencia, esta herramienta realiza tanto taxonmica y
binning funcional, mediante la colocacin de las lecturas en los nodos de la taxonoma NCBI usando un simple
ancestro comn ms bajo (LCA) algoritmo o en los nodos de la SEED ([Link]
o KEGG clasificaciones, respectivamente. [ 43 ]

Metagenmica comparativas
Anlisis comparativo entre metagenomes pueden proporcionar informacin adicional sobre la funcin de las
comunidades microbianas complejas y su papel en la salud del husped. [ 44 ] por parejas o comparaciones
mltiples entre metagenomes se pueden hacer a nivel de composicin de secuencia (comparando GC-contenido o
el tamao del genoma), diversidad taxonmica, o complemento funcional. Las comparaciones de la estructura
poblacional y la diversidad filogentica se pueden hacer sobre la base de 16S y otros genes marcadores
filogenticos, o-en el caso de las comunidades-por baja diversidad de reconstruccin del genoma del conjunto de
datos de metagenmica. [ 45 ] comparaciones funcionales entre metagenomes se pueden hacer mediante la
comparacin de secuencias en bases de datos de referencia como COG o KEGG , y la tabulacin de la
abundancia por categora y evaluar las diferencias de significacin estadstica. [ 43 ] Este enfoque genocntrica
enfatiza el complemento funcional de la comunidad en su conjunto en lugar de los grupos taxonmicos, y muestra
que los complementos funcionales son anlogos en condiciones ambientales similares. [ 45 ] En consecuencia, los
metadatos en el contexto del medio ambiente de la muestra metagenomic es especialmente importante en los
anlisis comparativos, ya que proporciona a los investigadores la capacidad de estudiar el efecto de hbitat sobre
la estructura de la comunidad y . funcin [ 25 ]
Adems, varios estudios no han utilizado tambin los patrones de uso de oligonucletidos para identificar las
diferencias entre las diversas comunidades microbianas. Ejemplos de tales metodologas no incluyen el dinucletido
enfoque abundancia relativa por Willner et al. [ 46 ] y el enfoque HabiSign de Ghosh et al. [ 47 ] Ghosh et al. (2011)
[ 47 ] tambin indican que las diferencias en los patrones de uso

tetranucleotide se pueden utilizar para identificar los

genes (o metagenomic lee) procedentes de hbitats especficos. Adems, algunos mtodos como TriageTools [ 48 ]
o Compareads [ 49 ] detectan lecturas similares entre los dos conjuntos de leer. La medida de similitud que se
aplican en las lecturas se basa en un nmero de palabras idnticas de longitud k compartidos por pares de lecturas.

El anlisis de datos
El metabolismo de la Comunidad

En muchas comunidades bacterianas, natural o construida (tales como biorreactores ), hay una divisin significativa
de mano de obra en el metabolismo ( Syntrophy ), durante el cual los productos de desecho de algunos organismos
son metabolitos para otros. [ 50 ] En uno de tales sistemas, la metanognicas biorreactor , la estabilidad funcional
requiere la presencia de varios microbiano especies ( Syntrophobacterales y Synergistia ) trabajar en conjunto con
el fin de convertir los recursos primas en residuos completamente metabolizado ( metano ). [ 51 ] A partir de
estudios comparativos de genes y experimentos de expresin con microarrays o protemica investigadores puede
armar un red metablica que va ms all de los lmites de las especies. Tales estudios requieren un conocimiento
detallado acerca de las versiones de las cuales las protenas son codificadas por el cual las especies e incluso por la
cual las cepas de las especies. Por lo tanto, la informacin genmica de la comunidad es otra herramienta
fundamental (con la metabolmica y protemica) en la bsqueda para determinar cmo se transfieren y se
transforman metabolitos por una comunidad. [ 52 ]

Metatranscriptomics
La metagenmica permite que los investigadores tengan acceso a la diversidad funcional y metablica de las
comunidades microbianas, pero no puede mostrar cul de estos procesos estn activos. [ 45 ] La extraccin y el
anlisis de metagenmica mRNA (el metatranscriptome ) proporciona informacin sobre las de regulacin y
expresin de los perfiles de las comunidades complejas . Debido a las dificultades tcnicas (la corta vida media del
ARNm, por ejemplo) en la coleccin de ARN del medio ambiente que ha habido relativamente pocos in situ
estudios metatranscriptomic de las comunidades microbianas hasta la fecha. [ 45 ] Aunque originalmente limitado a
los microarrays de tecnologa, estudios metatranscriptomcs han hecho uso de alto rendimiento directo cDNA
secuencia para proporcionar la expresin de todo el genoma y la cuantificacin de una comunidad microbiana, [ 45 ]
como el primer empleado por Leininger et al. (2006) en su anlisis de la oxidacin del amonaco en los suelos.
[ 53 ]

Los virus
Secuenciacin Metagenmica es particularmente til en el estudio de las comunidades virales. Como los virus
carecen de un marcador filogentico universal, compartido (como ARN 16S de bacterias y arqueas, y 18S ARN
de eucariotas), la nica manera de tener acceso a la diversidad gentica de la comunidad viral de una muestra
ambiental es a travs de la metagenmica. Metagenomes virales (tambin llamados viromes) deben proporcionar
as ms y ms informacin acerca de la diversidad viral y la evolucin. [ 54 ]

Aplicaciones
La metagenmica tiene el potencial de avanzar en el conocimiento en una amplia variedad de campos. Tambin se
puede aplicar para resolver problemas prcticos en la medicina , la ingeniera , la agricultura , la sostenibilidad y la
ecologa . [ 28 ]

Medicina
Las comunidades microbianas juegan un papel clave en la preservacin humano de salud , pero su composicin y
el mecanismo por el cual lo hacen sigue siendo un misterio. [ 55 ] secuenciacin Metagenmica se utiliza para
caracterizar las comunidades microbianas 15-18 sitios del cuerpo de al menos 250 individuos. Esto es parte de lo

Humano microbioma iniciativa con metas principales para determinar si existe un microbioma humano bsico, para
entender los cambios en el microbioma humano que se pueden correlacionar con la salud humana, y el desarrollo
de nuevas tecnolgicas y bioinformtica herramientas para apoyar estos objetivos. [ 56 ]
Otro estudio mdico como parte de los METAHIT (metagenmica del Tracto Intestinal Humano) proyecto
consisti en 124 individuos de Dinamarca y Espaa consistentes en pacientes con enfermedad intestinal saludable,
sobrepeso, e irritables. El estudio trat de categorizar la profundidad y la diversidad filogentica de las bacterias
gastrointestinales. El uso de Illumina GA secuencia de datos y SOAPdenovo, una herramienta de grfico basado
Bruijn diseado especficamente para el montaje corto lee, que fueron capaces de generar 6.580.000 contigs
superiores a 500 pb para una longitud total de 10,3 contig Gb y una longitud de 2,2 kb N50.
El estudio demostr que dos divisiones bacterianas, Bacteroidetes y Firmicutes, constituyen ms del 90% de las
categoras filogenticos conocidos que dominan las bacterias del intestino distal. Utilizando las frecuencias de los
genes relativos se encuentran en el intestino de estos investigadores identificaron 1.244 racimos de metagenmica
que son crticamente importantes para la salud del tracto intestinal. Hay dos tipos de funciones en estos grupos
rango: limpieza y las especficas para el intestino. Las bacterias de limpieza se requieren en todas las bacterias y son
a menudo los principales actores de las principales vas metablicas incluyendo el metabolismo central de carbono
y la sntesis de aminocidos. Las funciones especficas del intestino incluyen la adhesin a la sede de protenas o
azcares en la cosecha de los glicolpidos globoseries. Los pacientes con sndrome del intestino irritable, se mostr
a exhibir 25% menos de los genes y la diversidad bacteriana ms baja que los individuos no sufren de sndrome de
intestino irritable que indica que los cambios en la diversidad de biomas intestino de los pacientes pueden estar
asociados con la enfermedad del intestino o la obesidad.
Si bien estos estudios destacan algunas aplicaciones mdicas potencialmente valiosos, slo 31 a 48,8% de la lee
puede ser alineado a 194 del intestino humano pblico genomas bacterianos y 7,6 a 21,2% en los genomas
bacterianos disponibles en GenBank lo que indica que todava hay mucho ms investigacin necesaria para captar
nuevos genomas bacterianos. [ 57 ]

Biocombustibles
Los biocombustibles son combustibles derivados de biomasa de conversin, como en la conversin de la celulosa
contenida en maz tallos, pasto varilla , y otra biomasa en etanol celulsico . [ 28 ] Este proceso es dependiente de
consorcios microbianos que transforman la celulosa en azcares , seguido por la fermentacin de los azcares en
etanol . Los microbios tambin producen una variedad de fuentes de bioenerga incluyendo el metano y el
hidrgeno . [ 28 ]
La deconstruccin eficiente a escala industrial de la biomasa requiere nuevas enzimas con una mayor productividad
y menor costo. [ 26 ] Metagenomic se acerca al anlisis de las comunidades microbianas complejas permitir que el
objetivo de deteccin de enzimas con aplicaciones industriales en la produccin de biocombustibles, como el
glucsido hidrolasas . [ 58 ] Por otra parte, el conocimiento de cmo se requiere estos comunidades microbianas
funcin de controlarlos, y la metagenmica es una herramienta clave para su comprensin. Enfoques Metagenomic
permiten anlisis comparativo entre convergentes sistemas microbianos como biogs fermentadores [ 59 ] o de
insectos herbvoros , como el jardn de hongos de las hormigas cortadoras de hojas . [ 60 ]

Remediacin ambiental

La metagenmica pueden mejorar las estrategias para el seguimiento del

impacto de los contaminantes sobre los ecosistemas y para la limpieza de
ambientes contaminados. Mayor comprensin de cmo las comunidades
microbianas frente a los contaminantes mejora evaluaciones del potencial
de los sitios contaminados para recuperarse de la contaminacin y
aumenta las posibilidades de bioaumentacin o bioestimulacin ensayos
tengan xito. [ 61 ]

Biotecnologa
Las comunidades microbianas producen una amplia gama de productos
qumicos biolgicamente activos que se utilizan en la competencia y la
comunicacin. [ 62 ] Muchos de los medicamentos que se usan
actualmente se descubrieron originalmente en los microbios; los recientes
avances en la minera a los ricos de los recursos genticos de los
microorganismos no cultivables ha llevado al descubrimiento de nuevos
genes, enzimas y productos naturales. [ 45 ] [ 63 ] La aplicacin de la
metagenmica ha permitido el desarrollo de los productos bsicos y
productos qumicos finos , productos agroqumicos y productos
farmacuticos , donde el beneficio de la catalizada por la enzima de
sntesis quiral se reconoce cada vez ms. [ 64 ]

Biorreactores permiten la observacin

de las comunidades microbianas y
transforman la biomasa en etanol
celulsico .

Dos tipos de anlisis se utilizan en la bioprospeccin de datos metagenomic:. cribado funcin de guiado para un
rasgo expresado, y la deteccin secuencia de guiado para las secuencias de ADN de inters [ 65 ] Anlisis de
funciones impulsada busca identificar clones que expresan un rasgo deseado o til la actividad, seguido de la
caracterizacin bioqumica y anlisis de la secuencia. Este enfoque est limitado por la disponibilidad de un tamiz
adecuado y el requisito de que el rasgo deseado se expresa en la clula husped. Por otra parte, la baja tasa de
descubrimiento (menos de una por cada 1.000 clones seleccionados) y su naturaleza de trabajo intensivo limitan
an ms este enfoque. [ 66 ] Por el contrario, el anlisis de secuencia impulsada utiliza secuencias de ADN
conservadas para disear cebadores de PCR para la deteccin de clones para la secuencia de inters. [ 65 ] En
comparacin con los enfoques basados
en la clonacin, usando reduce una nica secuencia acercarse an ms la
cantidad de trabajo de banco requerido. La aplicacin de secuenciacin masiva en paralelo tambin aumenta en
gran medida la cantidad de datos de la secuencia generada, que requieren alto rendimiento tuberas de anlisis
bioinformtico. [ 66 ] El enfoque secuencia impulsado a la deteccin est limitada por la amplitud y la precisin de
las funciones de genes presentes en las bases de datos de secuencias pblicas . En la prctica, los experimentos
hacen uso de una combinacin de los enfoques tanto funcionales y basados
en la secuencia en base a la funcin de
inters, la complejidad de la muestra a cribar, y otros factores. [ 66 ] [ 67 ]

Agricultura
Los suelos en los que crecen las plantas estn habitadas por comunidades microbianas, con un gramo de suelo que
contiene alrededor de 10 9 -10 10 clulas microbianas que comprenden aproximadamente un gigabase de la
informacin secuencial. [ 68 ] [ 69 ] Las comunidades microbianas que habitan los suelos son algunos de las ms
complejas conocidas por la ciencia, y siguen siendo poco conocidos a pesar de su importancia econmica. [ 70 ]

consorcios microbianos realizan una amplia variedad de servicios de los ecosistemas necesarios para el crecimiento
de la planta, incluyendo la fijacin de nitrgeno atmosfrico, ciclo de nutrientes , la eliminacin de enfermedades, y
secuestran el hierro y otros metales . [ 62 ] las estrategias metagenmica funcional se utilizan para explorar las
interacciones entre las plantas y los microbios a travs del estudio-cultivo independiente de estas comunidades
microbianas. [ 71 ] Al permitir que ideas sobre el papel de los miembros de la comunidad antes no cultivadas o raras
en el ciclo de nutrientes y la promocin de crecimiento de las plantas, los enfoques de metagenmica pueden
contribuir a la mejora de la deteccin de enfermedades en los cultivos y el ganado , y la adaptacin de las
mejoradas agrcolas prcticas que mejoran la salud de los cultivos mediante el aprovechamiento de la relacin entre
los microbios y las plantas. [ 28 ]

Ecologa
La metagenmica pueden proporcionar informacin valiosa sobre la ecologa funcional de las comunidades del
medio ambiente. [ 72 ] El anlisis Metagenomic de los consorcios de bacterias que se encuentran en las
defecaciones de los leones marinos australianos sugiere que las heces de lobo marino ricos en nutrientes pueden ser
una importante fuente de nutrientes para los ecosistemas costeros. Esto se debe a las bacterias que son expulsados
de forma simultnea con las defecaciones son expertos en descomponer los nutrientes en las heces en una forma
biodisponible que se pueden tomar para arriba en la cadena alimentaria. [ 73 ]
La secuenciacin del ADN tambin se puede utilizar de manera ms amplia para identificar las especies presentes
en un cuerpo de agua, [ 74 ] escombros filtrada desde el aire, o de la muestra de la suciedad. Esto se puede
establecer el rango de las especies invasoras y las especies en peligro de extincin , y realizar un seguimiento
poblaciones estacionales.

Vase tambin
Binning
Epidemiologa y de aguas residuales
Ecologa microbiana
PATHOGENOMICS

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