Cuestionario de Enzimas

1) Qu es una enzima? Cul es su funcin? 2) Qu significa que una enzima es un catalizador biolgico? 3) Cul es la estructura qumica de las enzimas? Qu es el sitio activo de una enzima? Por qu tres aminocidos que forman parte del sitio activo pueden estar alejados en la estructura primaria? 4) Explique a qu se denomina apoenzima, holoenzima, coenzima, cofactor y grupo prosttico. 5) Explique y ejemplifique qu son las isoenzimas. 6) De qu depende la especificidad de las enzimas? 7) Para la reaccin de A B se aplica el siguiente diagrama. Calcule:
G (cal/mol)
400 Estado activado sin enzima 300
con enzima

200 Sustrato 100 Producto

Grado de avance de la reaccin

a) El G para la reaccin de A B, indicando si se producir espontneamente esta reaccin en el sentido en el que est escrita. b) La energa de activacin (Ea) en presencia y ausencia de enzima indicando qu curva corresponde a cada caso. Cintica Enzimtica. 8) Cmo se hace para determinar la concentracin de una determinada enzima en una muestra de extracto tisular o de algn lquido biolgico 9) Defina actividad de una enzima. Cmo se determina?Qu son las Unidades Internacionales (UI)? 10) Qu informacin brinda la actividad total y la actividad especfica? 11) Cules son los factores que modifican la actividad enzimtica? 12) Explique cul es la influencia de las variaciones de temperatura sobre las velocidades de reaccin enzimtica. a) Dibuje un grfico de la velocidad de reaccin en funcin de la temperatura explicando qu pasa a baja temperatura y alta temperatura.

b) Qu es la temperatura ptima? 13) Discuta cmo afectan los cambios de pH a la actividad enzimtica a) Cul es el mecanismo por el cual los cambios de pH afectan a la actividad enzimtica? 14) En el siguiente grfico, se muestran los pH ptimos de tres enzimas importantes Qu puede decir al respecto?

15) En el estudio de una enzima se midi la concentracin del compuesto producido a los largo del tiempo. Se obtuvo el siguiente grfico:

Proponga un diseo experimental para la obtencin de este grfico Indique: a) Qu parmetros se miden y cmo? b) Qu parmetros se mantienen constantes durante la determinacin? c) Cmo se obtiene la velocidad de la reaccin a un tiempo dado? d) Compare la velocidad de la reaccin a t1 y t2. e) Qu significado tiene la meseta que se observa en el grfico?

f) Grafique los resultados obtenidos cuando se realiza la misma experiencia i) con diferente [Enzima] ii) con diferente [S] inicial g) Realice un grfico que muestre cmo vara la velocidad de reaccin en funcin del tiempo. h) Qu otras determinaciones necesita realizar para poder determinar los parmetros cinticos de la enzima? 16) a) Explique qu informacin proporciona el siguiente grfico. b) Cmo procedera experimentalmente para construir dicho grfico. c) A qu se denomina una enzima Michaeliana. d) Cules son los parmetros cinticos de una enzima Michaeliana? e) Seale en el grafico Km y Vmx. f) Dibujar en el mismo grfico la curva que se obtiene con una concentracin mayor de enzima. En este caso cmo se modifica el Km y la Vmx?. Actividad enzimatica: Recuerde. Actividad enzimtica: Unidad Internacional Katal Actividad Especfica UI = moles/ min Katal = mol/ seg AE = UI/ mg protenas

100

velocidades iniciales (Vo)

75

50

25

50

100

150

200

250

300

350

400

450

500

concentracion de sustrato

17) 20 ul de una homogenato de tejido heptico (250 g de protenas) catalizan la formacin de 56,7 moles de glu-6P en 15 minutos de incubacin en las condiciones ptimas para la determinacin de la actividad de glucoquinasa. a)Cuntas UI de enzimas habr en dicha preparacin? b)Cuntas por ml de homogenato?. c)Cul ser la actividad especfica de dicha preparacin? d)Cmo esperara que fuera esta ltimo valor con respecto al de la enzima pura? e)Cul es el valor de actividad enzimtica expresado en Katales?

18) La hidrlisis de pirofosfato a fosfato constituye una fuerza impulsora importante en muchas reacciones qumicas (por ejemplo: sntesis de ADN). La Vmx de una pirofosfatasa purificada de [Link] es de 2800 UI/mg de proteina. Cuntos moles de sustrato son hidrolizados por segundo por mg de proteina cundo la concentracin del sustrato es mucho mayor que el Km? 19 Un extracto formado por 94 g de protenas totales contiene una enzima (no purificada) que cataliza la transformacin de 480 moles de sustrato en producto en 30 segundos. Luego de varios pasos de purificacin se obtuvieron 27 mg de protenas totales, capaces de transformar 220 moles de sustrato en 30 segundos. a) calcule la actividad (en unidades internacionales) y la actividad especfica de las preparaciones antes y despus de la purificaron. b) Cmo varan la actividad y la actividad especfica en el proceso de purificacin? Justifique.

20) En un experimento en el estudio de una enzima se obtuvieron los siguientes resultados. Calcule la velocidad inicial Vo.

21) La hidrlisis de la sacarosa, catalizada por la sacarasa. Sacarosa + H2O Glucosa + Fructosa

Tiene el siguiente curso. a) Calcule las velocidades de la reaccin.

Tiempo (segundos) 0 20 40 60 90 130 180 360

[producto] (mM) 0,050 0,195 0,342 0,488 0,659 0,770 0,871 0,991

Velocidades (mM/segundos)
(Producto) mM

1,0

0,8

0,6

0,4

0,2

0,0 0 100 200 300 400

t (segundos)

b) Utilizando el grafico de aparicin de producto en funcin del tiempo que se muestra a continuacin, i) Calcule la velocidad inicial (Vo). ii) Realice el grfico velocidad vs tiempo. 22) Midiendo la velocidad inicial de una reaccin en presencia de diferentes concentraciones de sustrato, se obtuvieron los siguientes datos: Indique en qu condiciones se realiz la determinacin. Qu significado tiene la meseta que se observa en el grfico? [Sustrato] (M) 2,5 10-6 4 10-6 1 10-5 2 10-5 4 10-5 1 10-4 2 10-3 1 10-2 Vo (M/min) 28 40 70 95 112 128 139 140

23) La hexoquinasa cataliza la fosforilacin de la glucosa y la fructosa utilizando ATP. Siendo el Km para la glucosa 0,13 mM, mientras que para la fructosa es 1,3 mM. Indicar por cul de ambos sustratos la enzima tiene mayor afinidad. Considere que ambas Vmx son muy similares para ambos sustratos.

24) Se tienen dos enzimas que catalizan la misma reaccin

A B
La enzima 1 tiene un Km para el compuesto A de 10 mM. El Km de la enzima 2 para el compuesto A es de 0,1 mM. Compare la velocidad de ambas enzimas cuando la [A] = 1 mM, con respecto a la Vmx de cada una de las enzimas.

25) Una cantidad constante de una solucin de [Sustrato] Vo una enzima fue adicionada a una serie de tubos (M) (M/min) conteniendo diferentes concentraciones de 0,1 0,27 sustrato [S]. La velocidad inicial (Vo) de la 2 5 reaccin fue obtenida por la medida de la 10 22 pendiente inicial de la curva de formacin de 20 40 producto. Los datos se representan en la 40 67 siguiente tabla. 60 80 Considere que la enzima tiene un 100 100 comportamiento michaeliano. 200 120 a) Sin graficar, estime un valor aproximado para 1000 150 ambos parmetros cinticos, Km y Vmx. 2000 155 b) Usando los parmetros cinticos del inciso a), 3000 163 calcular la velocidad inicial cuando la concentracin de sustrato es 15 M. c) Utilizando los datos de la tabla, realice el grafico de Michaelis-Menten. Calcule segn el grfico los valores de Km y Vmx. d) Realice la representacin grfica de las dobles reciprocas o Lineweaver-Burk. Calcule segn este grafico los valores de Km y Vmx. 26) Aunque existen mtodos grficos para la determinacin precisa de los parmetros cinticos, Km y Vmx, ambos valores se pueden estimar en algunos casos particulares mediante la observacin de datos como los registrados en la siguiente tabla. [Sustrato] Vo a) Estime el valor de Km y Vmx (mM) (mM/min) b) Calcule la velocidad inicial de la reaccin cuando 2,5 10-6 28 -5 -6 [S] = 3. 10 mM. 4 10 40 -5 c) Utilizando los datos de la tabla, realice el grafico 1 10 70 de Michaelis-Menten. Calcule segn el grfico los 2 10-5 95 -5 valores de Km y Vmx. 4 10 112 d) Realice la representacin grafica de las dobles 1 10-4 128 -3 reciprocas o Lineweaver-Burk. Calcule segn este 2 10 139 -2 grafico los valores de Km y Vmx. 1 10 141 Inhibicin enzimtica 1) La biosntesis de purinas y pirimidinas utilizadas en la sntesis de ADN necesita acido flico. El Metotrexate es un anlogo estructural del acido flico utilizado en el tratamiento de algunos canceres. Se fija con 1000 veces ms afinidad que el sustrato a la enzima dihidrofolato reductasa. Esta enzima es importante para el mantenimiento de los niveles del acido flico. a) Grafique Vo en funcin de [S] en presencia y ausencia del inhibidor. b) Por qu este frmaco se utiliza para el tratamiento del cncer? c) Por qu el frmaco tiene efectos secundarios que afectan al tubo digestivo y al sistema hematopoytico?

2) El metabolismo del etanol se produce fundamentalmente en el hgado en dos pasos: en principio el etanol se oxida a acetaldehdo por la enzima etanol deshidrogenasa (EDH) que consume NAD+. El acetaldehdo es medianamente toxico, dado que normalmente es oxidado por la aldehdo deshidrogenasa (ADH) a acetato. El Metanol tambin es sustrato de la etanol deshidrogenasa, pero el producto formado que se acumula es muy toxico. EDH Etanol + NAD+ Acetaldehido + NADH + H+ ADH Acetaldehido + NAD+ Acetato + NADH + H+ Caso A. A un hombre de 43 aos se le prescribi disulfiran pero se le advirti que no consumiera alcohol durante el tratamiento. El disulfiran inhibe en forma irreversible a la enzima aldehdo deshidrogenasa y no presenta toxicidad en ausencia de alcohol. El paciente bebi una gran cantidad de etanol en una fiesta y tuvo que ser trasladado al hospital, donde muri esa misma noche. Por qu el frmaco resulto txico para este paciente? Caso B. Una persona ingiri vino adulterado con metanol. Posteriormente debi ser hospitalizada. Como parte del tratamiento, el medico le suministr un exceso de etanol. Cul es el fundamento de este tratamiento? Caso C. Los orientales son muy sensibles a las bebidas alcohlicas. Esto se debe a que la forma mitocondrial de la enzima aldehdo deshidrogenasa de bajo Km esta ausente. Estas personas solo poseen la enzima citoslica de alto Km. a) En base a esta informacin explique la mayor susceptibilidad al alcohol en estos individuos. b) Qu son entre s las formas mitocondrial y citoslica de la enzima aldehdo deshidrogenasa? 3) La siguiente tabla indica la velocidad con que se transforma un sustrato en una reaccin catalizada por una enzima, en ausencia (c) y en presencia de dos inhibidores (I1 y I2). Calcule el Km y la Vmx en cada caso e indique de qu tipo de inhibidores se trata. [Sustrato] (mM) 1 2 5 10 20 C 2,5 4,0 6,3 7,6 9,0 Vo (mM/min) I1 1,17 2,10 4,00 5,70 7,20 I2 0,77 1,25 2,00 2,51 2,86

4) Se quiere determinaron los parmetros cinticos de una enzima que se comporta segn el modelo de Michaelis-Menten, en ausencia y en presencia de un inhibidor no competitivo. Se obtuvo el 1/Vo grfico que se muestra ms abajo. 0,03 a) Indique como se denomina dicho grfico. b) Indique que recta corresponde a la reaccin en ausencia (control) o 0,02 presencia de dos concentraciones diferentes de un inhibidor I ( I1, I2). Considere [I2] > [I1]. c) Cmo calculara los parmetros cinticos a partir del grfico. Qu 0,01 valor calcula para los Km y las Vmx?. d) Represente el grafico de Michaelis-Menten (Vo en funcin de [S]) para los tres casos. Identifique cada uno de los grficos.
-1 1 2 3 4

1/(S)

5) Se quiere determinaron los parmetros cinticos de otra enzima michaeliana , en ausencia y en presencia de un inhibidor. Se obtuvo el grfico que se muestra ms abajo. a) Indique de qu tipo de inhibidor se trata. b) Indique cul recta corresponde a la reaccin en ausencia (control) o presencia de dos concentraciones diferentes de un inhibidor I (I1, I2). Considere [I2] > [I1]. c) Cmo calculara los parmetros cinticos a partir del grfico. Qu valor calcula para los Km y las Vmx?. d) Represente el grafico de Michaelis-Menten (Vo en funcin de [S]) para los tres casos. Identifique cada uno de los grficos.

1/Vo

0,03

0,02

0,01

-1

1/(S)

6) A partir de los siguientes datos de una reaccin enzimtica, determinar: [S] en mM 2,0 3,0 4,0 10,0 15,0 Vo (g Prod /h) Sin inhibidor 139 179 213 313 370 Vo (g Prod /h) Con inhibidor 88 121 149 257 313

a) el tipo de inhibicin presente b) el valor de Km en ausencia y en presencia del inhibidor 7) A partir de los siguientes datos de una reaccin enzimtica, determinar: a) el tipo de inhibicin presente b) el valor de Km en ausencia y en presencia del inhibidor. [S] mM 1,5 2,0 3,0 4,0 8,0 16,0 Vo (g Prod /h) Sin inhibidor 0,21 0,25 0,28 0,33 0,40 0,44 Vo (g Prod /h) Con inhibidor 0,08 0,10 0,12 013 0,16 0,18

8) La penicilina es hidrolizada y as inactivada por la enzima penicilinasa, tambin conocida por -lactamasa, presente en algunas bacterias resistentes. Se midi la cantidad de penicilina hidrolizada en un minuto en cantidad funcin a la concentracin de penicilina y se [Penicilina] hidrolizada en M obtuvieron los resultados resumidos en la siguiente en nmoles/min tabla. 1,0 11 a) Sigue la penicilinasa una cintica de Michaelis3,0 25 Menten?. En caso afirmativo, 5,0 34 b) Cul es el valor del Km? 10 45 c) Cul es el valor de la Vmx? 30 58 (Sugerencia, realice el grafico de Lineweaver-Burk) 50 61 9) Considere los siguientes datos para una reaccin de hidrlisis catalizada por una enzima y en presencia del inhibidor I. a) Utilizando una representacin de [sustrato] Vo Voi Michaelis-Menten, determine el Km de la (M) (M/min) (M/min) reaccin en ausencia o presencia del 6 10-6 20,8 4,2 -5 inhibidor. 1 10 29 5,8 b) Genere una representacin de 2 10-5 45 9 -5 Lineweaver-Burk de los datos. Explique el 6 10 67,7 13,6 significado de: i) la ordenada al 1,8 10-4 87 16,2 origen ii) la interseccin con el eje de las abscisas iii) la pendiente c) Determine de que tipo de inhibicin se trata.

10) Se ha realizado dos experimentos con la enzima ribonucleasa. En el experimento 1 se midi el efecto del incremento dela concentracin de sustrato sobre la velocidad de reaccin. En el experimento 2, las mezclas de reaccin fueron idnticas a las del experimento 1 excepto la adicin de 0,1 mg de un compuesto desconocido por tubo. Represente los datos de acuerdo don el mtodo de Lineweaver-Burk. Determine el efecto del compuesto desconocido sobre la actividad de la enzima. Experimento 1 [sustrato] Vo mM (mM/hora) 0,5 0,81 0,67 0,95 1 1,25 2 1,61 Experimento 2 [sustrato] Vo mM (mM/hora) 0,5 0,42 0,67 0,67 1 0,71 2 1,08

11) La enzima aspartato transcarbamilasa cataliza la primera reaccin propia de la sntesis de pirimidinas. En un estudio de sta enzima, utilizando aspartato como Aspartato V0 V0 con sustrato, en presencia de CTP 0,5 M y en (mM) sin CTP CTP 0,5 M ausencia del mismo, se obtuvieron los 1 0,45 0,2 siguientes datos: 2 0,8 0,4 a) Sin utilizar ninguna representacin 3 1,7 0,7 grfica, estime el valor de Km y Vmx 4 2,9 1,0 b) Utilizando la ecuacin de Michaelis5 3,4 1,4 Menten, calcular Vo para una [S]= 3 mM. 7 4,3 2,4 Existe alguna discrepancia entre stos 9 5,1 3,7 datos y los experimentales?. 10 5,3 4,2 Justificarlo (la realizacin del grafico Vo 12 5,6 4,8 vs [S] es una buena ayuda). 15 5,8 5,5 16 5,8 5,6 c) Qu efecto tiene el CTP sobre la 17 5,8 5,6 actividad enzimtica?

12) Completar las siguientes frases: a) La regin de una molcula de enzima con la cual debe interaccionar el sustrato se llama ------------------------------b) La especie qumica de vida corta que se forma despus de que la enzima y el sustrato interaccionen se llama ----------------------------------c) Debido a su estructura, un inhibidor -------------------------------- se une al centro activo de una enzima. d) Un inhibidor que no altera la KM de una enzima es un inhibidor de tipo ----------------e) A mayor valor de KM, --------------------- es la afinidad de una enzima por su sustrato.

Ejercicio integrador. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 E N Z I M A T I C O

O D O H

1) Capacidad de un enzima para discriminar entre sustratos o ligandos competitivos. 2) Modelo matemtico que describe el comportamiento de muchas enzimas, como una dependencia hiperblica de Vo versus [sustrato] (2 palabras). 3) Enzimas que tienen diferente estructura proteica y catalizan la misma reaccin. 4) Zona de la enzima donde se une el sustrato para transformarse en producto (2 palabras). 5) Parmetro cintico relacionado con la afinidad de la enzima por el sustrato. 6) Parmetro cintico que depende de la cantidad de enzima presente (2 palabras). 7) Inhibicin enzimtica que se puede revertir aumentando la concentracin de sustrato. 8) Inhibicin enzimtica que no se puede revertir aumentando la concentracin de sustrato (2 palabras). 9) In inorgnico o coenzima necesaria para la actividad enzimtica. 10) Molcula que modula a una enzima, por la unin no covalente, en un sitio distinto del sitio activo (2 palabras).

Problema adicional En el cerebro humano est presente una isoenzima de la fosfodiesterasa que degrada al AMPc y al GMPc con un Km de 20 M y 6 M respectivamente, pero con igual velocidad mxima. Ante un estmulo generado por neurotransmisores y pptidos natriurticos, la concentracin de estos compuestos se eleva a 10 M. Indique cul de los 2 compuestos ser degradado ms rpidamente por la enzima en esas condiciones. Justifique.