Aeroper naveg los cielos del Per y de Amrica entre 1973 y 1999.
El vuelo inaugural de la nueva compaa area se realiz el 3 de octubre de 1973 a la ciudad del Cuzco. Iniciando sus operaciones con tres aviones Fokker F-28s, por entonces modernas y verstiles naves ideales para la topografa del Per. Despus de la quiebra de APSA (Aerolneas Peruanas Sociedad Annima) en 1972, el Per se qued sin una lnea area internacional representativa, de manera que la dictadura militar de ese entonces, decidi crear una aerolnea estatal de bandera. Es as como naci Aeroper. El 28 de julio de 1974, se inauguraron los primeros vuelos internacionales ,que se extendieron hacia las ciudades de Santiago ,Buenos Aires ,Guayaquil, Miami, Ro de Janeiro, Sao Paulo, Mxico, Los ngeles , Nueva York, Caracas y Bogot. Durante los aos 70 la flota empez a crecer con un Boeing 727-100 comprado de Eastern Airlines para sus vuelos internacionales. Sin embargo, la crisis econmica de los aos ochenta impidi el crecimiento de la compaa. Durante este tiempo, se empezaron a acumular prdidas por el mal manejo empresarial, lo que ocasion que el gobierno decidiera privatizar la compaa En 1993, AeroPer paso a manos de un consorcio mexicano cuyo primer paso fue renovar la imagen de la aerolnea adoptando un nuevo logotipo pintado muy similar al del de Aeromxico. Sin embargo los problemas econmicos se acentuaron de un modo irreversible, por lo que muchos consideraron como un fracaso la privatizacin de la aerolnea a eso tambin hay que sumar los continuos percances que deterioraron an ms su imagen. As que el 2 de octubre de 1996, un avin Boeing 757200 en un vuelo que iba a Chile sufri un accidente frente a las costas de Lima, muriendo en el impacto sobre el Ocano Pacfico, sus setenta ocupantes, hecho que determin prcticamente el cierre a la aerolnea. Los pilotos lucharon por mantener la aeronave en el aire y regresar al aeropuerto, tras la falla de varios instrumentos del avin. Con los pilotos desconociendo su verdadera altitud y velocidad, el ala del avin impacta en el mar y ste se estrella segundos despus. La causa de la falla fue el error de uno de los trabajadores de mantenimiento al no quitar cinta adhesiva que estaba cubriendo los puertos estticos, necesarios para suministrar informacin correcta a los instrumentos de la cabina. El 10 de marzo de 1999, las grandes dificultades financieras que existan obligaron a AeroPer a cerrar sus operaciones. El 18 de agosto de ese ao, los acreedores de la
empresa decidieron liquidar la empresa. ltimamente corri el rumor de que un grupo de inversionistas pretende comprar el logo de la compaa para volver a operarla, pero por motivos judiciales an no se sabe cuando podra ser realidad, siendo incierto su futuro. Actualmente se aprob el 29 de Dic del 2011 obtuvo los permisos para reiniciar sus actividades en agosto de este ao.