Revisin y Confeccin de estructuras con el programa qumico Chem Draw Nicomedes A.
Jaramillo1 y Reina Ros2
Departamento de Qumica, Qumica Computacional, Facultad de Ciencias Naturales y Exactas. Universidad Autnoma de Chiriqu. Ciudad de David, Provincia de Chiriqu, Republica de Panam.
Resumen: Esta experiencia se realiz para familiarizarnos con el "Chem Draw" que es un programa especialmente diseado para qumicos que permite dibujar las estructuras de los compuestos qumicos de un modo rpido y sencillo, el mismo cuenta con una gran variedad de herramientas, smbolos y posibilidades para poder abordar la representacin de casi cualquier sistema qumico, adems, de contar con una librera de estructuras que puede sernos til para poder dibujar sistemas complejos. Palabras claves: dibujo, estructura, chemdraw, nomenclatura. Introduccin DESCRIPCIN ChemDraw fue el primer programa comercializado para la produccin fcil de estructuras qumicas de calidad de publicacin. Su primera versin, 1.0, fue lanzada en 1986. En los ltimos 20 aos ChemDraw ha permanecido como el estndar a nivel mundial para el dibujo y anlisis de estructuras qumicas en el mbito industrial y acadmico. CARACTERSTICAS PRINCIPALES DE ChemDraw La forma ms RPIDA de dibujar estructuras qumicas. ChemDraw se ha diseado para construir estructuras qumicas con facilidad y rapidez. Dispone para ello de anillos y plantillas predefinidas, etiquetas para los tomos y leyendas en cualquier fuente y estilo, una amplia variedad de objetos complementarios como orbitales, curvas de forma libre, diversas lneas, cajas y formas geomtricas, tablas, placas TLC, numeracin de tomos manual y automtica, y ms. La forma ms PRECISA de dibujar estructuras qumicas. ChemDraw aplica las convenciones de representacin qumica a medida que dibuja, por ejemplo, cambiando un grupo CH3 a CH2 cuando se aade un enlace adicional. Si se introduce algn error, ChemDraw lo seala con un recuadro rojo para facilitar su deteccin y correccin. La forma ms AVANZADA de dibujar estructuras qumicas. ChemDraw va mucho ms all de las molculas orgnicas comunes, ya que incluye mltiples herramientas para dibujar estructuras complejas: compuestos de coordinacin polinucleares, corchetes inteligentes para la representacin de polmeros, qumica de los metales de transicin incluyendo enlaces cudruples Mucho ms que simplemente dibujos bonitos, ya que las convenciones aplicadas se almacenan con inteligencia qumica.
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El entorno de dibujo qumico ms PERSONALIZABLE. ChemDraw ofrece al usuario una flexibilidad incomparable para adaptarse a sus necesidades. Crear plantillas propias para acelerar las tareas de dibujo repetitivas, definir nombres alias y personalizar hotkeys e incluso compartir las personalizaciones con otros usuarios! Representacin de estructuras qumicas con la mxima CALIDAD. ChemDraw sigue siendo el programa de dibujo estructural ms requerido por las publicaciones ms prestigiosas del rea de la qumica. Controla todos los aspectos del dibujo, incluyendo el grosor de las lneas, fuentes y estilos de fuentes, colores Los formatos de salida incluyen PostScript Encapsulado (EPS) y TIFF para imprimir con alta calidad, adems de GIF para publicacin en la Web. Prediccin de PROPIEDADES QUMICAS. Las estructuras qumicas representan sustancias de la vida real. ChemDraw puede predecir muchas propiedades de estas sustancias, incluyendo espectros RMN de protn y carbono-13, (empleando diversos algoritmos que incluyen el reconocido Log P), etc. Muchas propiedades como la frmula qumica, el peso molecular y el anlisis elemental, se calculan y actualizan en tiempo real a medida que se dibuja, ofreciendo una confirmacin adicional de que el dibujo corresponde a lo que se desea. Herramientas de NOMENCLATURA. Generar nombres precisos de acuerdo a las reglas sistemticas propuestas por la Unin Internacional de Qumica Pura y Aplicada (IUPAC) y a las reglas CIP (Cahn-Ingold-Prelog) de estereoqumica para la asignacin de configuracin absoluta (R, S, E, Z, etc.). Tambin a la inversa, ChemDraw puede generar estructuras para la mayora de los nombres qumicos, correspondan o no a reglas sistemticas, incluso con reconocimiento e interpretacin de erratas. INTERFAZ a otras aplicaciones. ChemDraw soporta todos los formatos comunes de dibujos de estructuras 2D (MDL MolFiles, ISIS SKC, cadenas SMILES y SLN, y los formatos CDX y CDXML). El enlace a ChemDraw ActiveX control para Netscape/Mozilla puede insertarse en pginas HTML para aadir una interfaz de dibujo de estructuras al buscador web. Puede tambin incorporarse el ActiveX control en sus aplicaciones propias creadas en Visual Basic o en otros entornos de desarrollo. Usar ChemDraw para BUSCAR EN BASES DE DATOS. Muchas bsquedas de estructuras qumicas requieren especificaciones precisas de propiedades como grupos alternativos, listas de elementos o ramificaciones variables, antes de poder remitirlas a maquinarias de bsqueda como ChemFinder, Beilstein o CAS, entre otras muchas. (Capmany, 2011)
Materiales: Ordenador PC-Windows, Unix, Ubuntu Programa: Chem Draw Procedimiento: 1. Dibujar las siguientes estructuras: alcohol: etanol, iso-butanol, alquenos; cis, trans, con haluros 2. Dibujar alcanos: incorporarles, carbonilos, para crear una cetona o un aldehido, oxigeno para obtener eteres, modificar un aldehido para obtener un acido, luego obtener un ester,
posteriormente obtener una amida y un anhidro, incorporarle nitrogeno para obtener aminas. 3. Construir compuestos nitrados: nitrato y nitrito de metilo, nitrometano. 4. Construir benceno, naftaleno y antraceno, 1,8-dimetil-naftaleno y verificar si estos pueden rotar libremente. 5. Revisar las bases de datos de bsqueda bibliografa y si es posible con investigaciones en qumica computacional sobre la estructura de estudio. Resultados: Al abrir el programa esto es lo que observamos, en la parte superior el ttulo del programa donde nos encontramos (ChemDraw), seguido del ttulo del farchivo entre corchetes, como no se ha guardado ningn cambio aun aparece "untittled". Debajo de estos ttulos aparece una serie de mens que se despliegan cuando hacemos clic con el botn izquierdo del ratn: FILE, EDIT, TOOLS, OBJECT, TEXT, CURVES, COLOR, WINDOW,HELP,etc. En la parte izquierda de la pantalla encontramos una columna de smbolos que son las herramientas de las que el programa dispone y que podemos utilizar para realizar el dibujo de las estructuras y reacciones qumicas.
Procedimos a realizar las estructuras y la insertamos a continuacin con el numero del procedimiento para diferenciarlas de cada paso.
Todas estas estructuras son creadas a partir de las herramientas que presenta el programa, el nombre se puede insertar ya sea a mano como lo hicimos con los iones de nitrato y nitrito, o automticamente por medio del programa. ALT + CTRL + N
De nuestra estrcutura de estudio elegimos un ligando y procedimos a dibujarlo en el programa.
Conclusiones.
El Chem Draw es un programa til a la hora de realizar grficos de estructuras qumicas y biolgicas, otorgando una completa solucin para tanto dibujos de estructuras qumicas como la creacin de mecanismos de una reaccin determinada y estudiada.
Bibliografa
Capmany, M. A. (10 de Septiembre de 2011). Addlink. Obtenido de Software Cientifico: http://www.addlink.es/productos.asp?pid=170
