Los nuclesemos: Estructura y Funcin
La estructura de la partcula de ncleo de nucleosoma, la unidad de repeticin bsica en eucariotas cromatina, nos permite ver el papel de las histonas en la regulacin de la transcripcin, y en assembling especializado dominios de la cromatina en un contexto estructural. La organizacin de los ADN eucariota en la cromatina tiene implicaciones fundamentales para nuestra comprensin de todo procesos celulares que utilizan ADN como sustrato. Introduccin La informacin gentica de una nica clula eucariota se almacena en las molculas de ADN que son en total ms de 2 m de largo, pero compacta en el ncleo de la clula para casi una millonsima parte de este longitud. Esto se consigue mediante un esquema jerrquico de plegado y compactacin en conjuntos de protenas de ADN llamados la cromatina. En el primer nivel de la organizacin, dos alas cerradas vueltas superhelical de ADN (147 pares de bases de longitud) son envuelto alrededor de un ensamblaje de protenas en forma de disco de ocho molculas de histonas para formar la partcula nucleosoma. ExtensionoftheDNA to170240base pairlength, yla Adems de enlazador histona H1 da lugar a la nucleosoma que forma la unidad de repeticin bsica en la cromatina. Cientos de miles de nucleosomas son ms organizada en mltiples niveles ms altos. Debido a de su fabri- ging en nucleosomas, la estructura y la accesibilidad de ADN que predomina en los anormales de clulas que viven drsticamente de la de lineal, ADN "desnudo", como se ve por primera vez en la estructura de rayos X de alta resolucin de la partcula nucleosoma. Esto tiene fundamental implicaciones para nuestra comprensin de los procesos que usar el ADN como un sustrato, tal como la transcripcin, la replicacin, La reparacin del ADN y la recombinacin. La cromatina puede tanto promover o dificultan estos procesos dependiendo contexto estructural, y por lo tanto juega un papel central en su la regulacin. Las clulas eucariotas han desarrollado elaborada mecanismos para modular la cromatina inherentemente dinmico estructuras de una manera regulada. Estructura del Nucleosome Core Partcula La partcula nucleosoma consta de un octamrico protena central en torno al cual 147 pares de bases de ADN son envuelto en 1,65 vueltas de un superhlice zurdo ( La Figura 1a, b ). El ncleo de la protena en s se compone de dos copieseachofthefourcorehistoneproteinsH2A, H2B, H3 y H4. Las histonas nucleares comparten un estructuralmente conservadas motivo, la histona veces, un promedio de aproximadamente 70 aminocidos ( Figura 2a ). Extensiones de histona veces son regiones estructuradas fuera del redil de las histonas que son responsables de la protena- protena interacciones dentro del octmero de histonas, para la definicin de la superficie de la partcula de ncleo de nucleosoma, y tambin contribuir a la unin al ADN. Estas extensiones son estructuralmente no conservadas entre los cuatro principales histonas, y son de longitud variable. Las colas de las histonas son flexibles definen como aquellas partes de las protenas histonas que se extienden de los confines de la superhlice de ADN. Ellos no lo hacen formar una parte integral de la octmero de histona, pero puede contribuir mnimamente a la unin de ADN en el contexto de un mono-nucleosoma. Como cualquier otra estructura que se ha determinado en alta resolucin, la estructura del ncleo de nucleosoma partcula puede ser accedido y se muestra en el Protein Data Bank (cdigo de entrada 1AOI). El complejo fue presentado como 'Molcula del mes de julio por el banco de datos de protenas (Ver
http://www.rcsb.org/pdb/molecules/pdb7_1.html para anlisis ms detallado). El pliegue de histona El pliegue de histona consta de tres hlices conectadas por bucles cortos. Dos cortos, 10-14 hlices de residuos flanquean un ms largo, 28 de aminocidos de una hlice central, creando un poco profunda ranura. En solucin, el pliegue de histona siempre se forma un apretado homo-o heterodmero con otra protena histona veces, estabilizado a travs de una gran interfaz de interaccin por el disposicin antiparalela de las dos hlices a2 largos ( Figura 2b ). La dimerizacin conduce a la alineacin de la L1 bucle de una histona con el bucle L2 de la otra en la bordes del dmero en forma de media luna y una estrecha yuxtaposicin cin de los N-terminales de las dos hlices A1 en su pice. Este disposicin forma tres mdulos de interaccin de ADN por histona dmero veces, dos sitios L1L2, y uno A1A1 vinculante sitio ( Figura 2b ). A pesar del bajo nivel de secuencia homologa entre las secuencias de aminocidos de los cuatro protenas del ncleo de histonas, sus motivos de pliegue histonas pueden ser superpuesto con poca divergencia.
El pliegue de histona en otras protenas Archaebacteria, pero no eubacterias, tienen una muy mnima conjunto de protenas histonas similares. Tetrmeros de dos histona-como protenas (que no contienen extensiones o colas) son responsable de la proteccin y la compactacin de la misma pequeo genoma archaebacterial. Sorprendentemente, thehistonefoldhasalsobeenidentifiedina nmero de otras protenas, la mayora de los cuales estn involucrados con regulacin de la transcripcin. Algunas subunidades TFIID (una gran ensamblaje de mltiples subunidades que se requiere para el inicio adecuada de la ARN polimerasa II) y subunidades de gran histona complejos modificacin tambin contienen este redil. Es tentando a la hiptesis de que la histona veces con motivos en estos factores pueden ayudar a la formacin de nucleosoma-como estructuras de ADN. Sin embargo, este no parece ser un regla general, ya que muchas de las protenas mencionadas anteriormente dejar de unirse al ADN por su cuenta. Una excelente fuente de alineamientos de secuencias de histonas y una compilacin de no- protenas histonas con este pliegue se pueden encontrar en la histona Base de datos de secuencia. El octmero de histonas El octmero de histonas se ve mejor como un arreglo de histona veces dmeros. Dos pares de plegado histona compuestos ya sea de H2A y H2B, H3 y H4 o, formar heterodmeros que cada organizan 30 pares de bases de ADN, usando el L1L2 y A1A1 sitios de unin como los motivos de unin al ADN ( Figura 2b ). Dos dmeros H3-H4 estn dispuestos en un tetrmero a travs de una de cuatro estructura de hlice paquete compone de hlices de dos H3 molecules.Thistetramerorganizesthecentral60basepairs de ADN nucleosomal. Un haz de cuatro hlices muy similar, pero heterloga estructura formada por residuos de H4 y H2B ataduras uno (H2A-H2B) dmero a la mitad de la histona (H3-H4) 2 tetrmero ( Figura 2c ). Esta interaccin no es estable en el absenceofDNA, andisaidedbyahistonefoldextensionof H2A (el dominio de acoplamiento) que interacta con el otro la mitad de la histona (H3-H4) 2 tetrmero. El acoplamiento H2A dominio tambin posiciona a una extensin de la histona H3 veces (H3aN) para interactuar con los 10 pares de bases de penltimas DNA nucleosomal. El octmero de histona no es estable en solucin bajo condiciones fisiolgicas. Considerando que el haz de cuatro hlices estructura que sostiene la (H3-H4) 2 tetrmero juntos persiste en ausencia de ADN, el dmero-tetrmero No se observ ninguna interaccin. En consecuencia, (H2A-H2B) dmeros y (H3-H4) 2 tetrmeros son las fisiolgicas subunidades en la ausencia de ADN. Esto tiene importantes implicaciones para la in vivo e in vitro de montaje nucleosomas (ver ms abajo). Colas de las histonas Las colas flexibles de las histonas del ncleo son los sitios
de modificacin reversible cuyo papel central en muchos celulares rocesos se discuten en ms detalle a continuacin. Histona colas varan en longitud entre 40 aminocidos (H3) y 15 aminocidos (H2A); pero histona especializada variantes puede tener colas mucho ms largas. Las colas estn situadas en la N- regin terminal de la protena; H2A tambin tiene un Cterminal cola de longitud variable ( Figura 2a ). El alineamiento de secuencias ofhistonesfromdifferentorganisms, andbetweendifferent histonas variantes revela que las colas de las histonas son mucho menos conservada de los pliegues de las histonas y extensiones (ver http:// genome.nhgri.nih.gov / histonas / para alineamientos). Es importante destacar que no todas las colas de las histonas son iguales: a principios de experimentos genticos en levadura han demostrado que las funciones de los H3 y H4 colas son diferentes de las de H2A y H2B colas. Colas tambin pueden asumir diferentes funciones (y / o estructuras) en funcin de su estado de modificacin, en estructura local de la cromatina, y en la presencia de la energa nuclear factores.
Los nucleosomas: Estructura y Funcin
No densidad de electrones se ve durante la mayor parte de la cola de la histona las regiones en la estructura cristalina del ncleo de nucleosoma particle. Thisisduetostaticordynamicdisorderofthetails dentro del cristal, y sugiere que al menos bajo estas condiciones, que no interactan con el ADN y no lo hacen desempear un papel importante en la estabilizacin del ncleo de nucleosoma de partculas, de acuerdo con estudios bioqumicos. Los experimentos utilizando el nucleosomal ms fisiolgica matrices (ver ms abajo) apuntan a un papel de las colas de las histonas en el organizacin de la estructura de orden superior. El apoyo a esta proviene de la estructura cristalina, en la que la base H4 Nterminal de la cola hace un contacto esencial con un cido parche en la superficie octmero de histonas de un vecino partcula de ncleo nucleosoma. Los factores que especficamente recocolas de las histonas nocer pueden ayudar en la formacin de alternativa estructuras de cromatina. Las colas tambin pueden reclutar cromatina factores de remodelacin que conforman el ADN nucleosomal ms accesible para la transcripcin. Modificacin de las histonas postraduccional Thetailsofallhistoneproteinsaredynamicallymodifiedin una manera altamente regulado durante el montaje de la cromatina, durante el establecimiento de la transcripcin especfica pat- golondrinas de mar, y durante la mitosis y el desarrollo. Modificaciones incluir acetilacin, fosforilacin, ubiquitinacin, metilacin, y ADP-ribosilacin. El sig-biolgica tancia de estas modificaciones no se entiende bien. Los primeros informes sobre la modificacin reversible de las histonas protenas dateFrom principios de 1960. Aunque Arole de estos modificaciones en alterar localmente estructura de la cromatina a facilitar la transcripcin en un contexto de la cromatina fue sugerido por la misma poca, se tard casi 25 aos antes de que el tema fue recogido por un amplio nmero de investigadores. Aos Overthepastfew, thelong standingidea que la modificacin covalente de las histonas puede desempear un papel en se ha confirmado que determinan los estados de actividad de los genes. Qumicamente, theattachmentofanacetylgrouptoalysine resultados en la neutralizacin de su carga. Dado el papel de histonetailsintheorganizationofhigherorderstructure, se Es tentador especular que la acetilacin conduce a la desconcentracin condensacin de estructuras de cromatina represivas, lo que resulta en una sustrato de ADN ms accesible. Por consiguiente, la reremocin de un grupo acetilo se estabilizar la cromatina en un ms forma condensada. Un nmero de co-activadores que son requerida para la activacin transcripcional de una
cromatina la plantilla se han demostrado ser histona acetiltransferasas (HAT), y por el contrario, muchas co-represores actan como histonas (HDAC). Protena - interaccin ADN La distorsin masiva de ADN en una superhlice es provocada por la estrecha interaccin entre el rgido marco de la octmero de histona y el ADN en 14 los sitios de unin al ADN independientes, contados desde 0,5 hasta 6,5 en Figura 2c . La superficie plana, en forma de cua de la histona octmero muestra una ranura continua a lo largo de la base superficie alrededor de la cual el ADN cargado negativamente es herida. Unin de ADN se lleva a cabo en su mayora por L1L2 bucles o A1A1 ADN vinculante motivos formados por histona veces dmeros. El ltimo turno de la DNA (6,5 en Figura 2c ) Es organizado por una extensin de pliegue de histona H3 (H3 aN, Figuras 1b y 2c ). Dado que las interacciones en este sitio son de lejos el ms dbil de toda la partcula de ncleo nucleosoma, esta helixismostlikelynotinteractingwithDNAintheabsence del (H2A-H2B) dmero. Por lo tanto, la eliminacin de uno (H2A- H2B) dmero de los lanzamientos de partculas de ncleo nucleosoma en menos 40 pares de bases del nucleosoma. El octmero de histona es capaz de organizar toda de la clula genoma, independientemente del contexto de la secuencia de ADN. Por consiguiente, ni un solo contacto directo con un par de bases se observa en la estructura de la partcula nucleosomecore. Las interacciones se hacen exclusivamente en el surco menor del el ADN, y se caracteriza por extensa de hidrgeno unin entre tomos principales amida de la cadena de la protena y los tomos de oxgeno de fosfato de la cadena principal de ADN. Mostofthehistonesequenceisinvolveddirectlyineither protena-protena o protenas de ADN interaccin. Esto, en parte, explica el alto grado de conservacin de secuencia cin del ncleo de histonas largo de la evolucin de las histonas. De hecho, las histonas se encuentran entre las ms altamente conservadas protenas conocidas.
Ensamblaje de la cromatina
La arquitectura modular del octmero de histona es reflejado en el ensamblaje de las partculas nucleosoma. En vivo, factores de ensamblaje de la cromatina primer depsito un (H3-H4) 2 tetrmero en el ADN, a la que la (H2A-H2B) dmero es escoltado por chaperonas de histonas. La expresin de la mayor parte de protenas histonas y el montaje de recin replicado ADN en la cromatina est estrechamente unida a la replicacin. Sin embargo, los factores de ensamblaje de la cromatina tambin desempean un importante papel en la reparacin del ADN. La mayora de los mtodos de ensamblaje de nucleosomas in vitro hacen uso de el hecho de que el (H3-H4) 2 tetrmero se une al ADN en significativamente mayor fuerza inica que el dmero. Histona dmeros, tetrmeros y el ADN se mezclan a alta inica fuerza, y la concentracin de sal se baja gradualmente a permitir la unin de la (H3-H4) 2 tetrmero al ADN, seguido por la unin de la (H2A-H2B) dmero. Sistemas utilizando factores de ensamblaje purificados (vase ms arriba), o celular en bruto extractos tambin estn en uso, y se prefieren para el preparacin de largos, matrices nucleosomal espaciados uniformemente.
El camino de la DNA
ADN Nucleosomal no sigue el camino de un ideal superhlice, pero exhibe regiones de alta curvatura adyacente a las regiones que son casi recta ( Figura 2c ). Este camino es determinado predominantemente por los contactos de la histona / ADN y es independiente de la secuencia de ADN. En comparacin con lineal DNA B-forma, las ranuras principales y secundarios son altamente comprimido y profunda como la que se enfrentan el octmero de histonas, y extendida (aplanado) significativamente cuando se expone a la fuera. Las desviaciones de la surco menor cannica ancho de ADN B-forma recta son ms extremas en el zonas muy curvas. En algunas reas, el ADN se distorsiona en de manera que desfavorece la base de
sincronizacin adecuada. La proximidad espacial de las dos vueltas de la ADN superhlice con un paso de 24A, y la variacin peridica de los parmetros de doble hlice con una media de 10.3bp por turno, resultar en una alineacin de ranuras mayores y menores de uno giro superhelicoidal a la siguiente. El estrecho resultante canales formados por las ranuras menor alineado sirven como la los puntos de salida para cuatro de las ocho colas de histonas bsicos, mientras que los grandes poros formados por las ranuras principales alineados son, en principio, la libertad de hacer contactos-base especfica con otra protenas ( Figura 3 ). Ms del 75% de la superficie total de ADN (29 000A 2 ) Est expuesto al disolvente en el exterior de la nucleosoma. El trastorno dinmico (o esttica) para el ADN tomos del esqueleto es muy variable, como lo demuestra la experimentalmente bajo cristalogrficas B-factores para los que fosfatos en contacto directo con el octmero de histona, y -factores B altos para aquellos de espaldas a ella. Este observacin contradice los modelos anteriores de nucleosomal ADN que es esencialmente rgida e inflexible. La alta flexibilidad inesperada de DNA nucleosomal es inherente en el diseo del nucleosoma, y es probablemente un factor importante en su funcin biolgica. Adems, la distorsin no uniforme de los espectculos superhlice ADN que no todas las regiones del ADN hacia el disolvente han propiedades idnticas. Por ejemplo, las regiones de mayor curvatura servir como punto de accin preferido para el consumo humano virus de la inmunodeficiencia integrasa (VIH) in vivo.
El posicionamiento de nucleosomas
En un largo trozo de ADN, un octmero de histonas puede alcanzar posiciones aleatorias, o puede preferir una determinada traduc- posicin nacional y / o rotacional. Traslacional precisa medios de posicionamiento que cada octmero de histona protege la mismas 147 pares de bases de ADN en un fragmento ms largo. Posicionamiento de rotacin implica una preferencia por una cara de el ADN para ser contactado por el octmero de histona. Estos dos fenmenos no necesariamente necesitan ser conectados. Las reglas que subyacen a estos efectos de posicionamiento no son bien entendido. Posicionamiento Traslacional probablemente depende de cmo la estructura del ADN inherente a la secuencia coincide con las variaciones locales en el ADN curvatura y la periodicidad helicoidal en un nucleosoma. Rota- posicionamiento internacional in vitro es probable que sea un resultado de inherente anisotrpico momentos de flexin de la ADN. En simples trminos, el octmero de histonas busca el 'camino de la menor resistencia "al formar un nucleosoma, ocupando primero los sitios en los que la energa necesaria para la distorsin es minimal.Positioning in vivo mayadditionallybeinfluenced por la presencia de factores que excluyen la Prebound formacin de nucleosomas. Aunque la mayora de los nucleosomas en una clula son distribuidos al azar, los nucleosomas posicionados ms pro- regiones moter o en secuencias de ADN repetitivas son probablemente cumplir una funcin reguladora, ya que pueden presentar u ocluir sitios de unin a factor de transcripcin en una posicin dependiente manera.
Dinmica Nucleosome
Anlisis de posicionamiento de nucleosomas in vitro e in vivo es complicado por el hecho de que la mayora de los nucleosomas son altamente dinmico. El octmero de histona es rara vez mantenido en una posicin fija en el ADN; Ms bien, puede diapositivas y reubicar a distancias significativas en una dinmica manera, mejorando as la accesibilidad de ADN SE- cuencias que pueden ser completamente inaccesible en una esttica nucleosoma. Sin embargo, el mecanismo molecular por el cual del octmero de histonas se traslad an se desconoce. In vitro e in vivo, dependiente de la temperatura de deslizamiento se produce sin la disociacin de las histonas del ADN. in vivo, muchos Factores de remodelacin de la cromatina
dependientes de ATP son pensado utilizar su subunidad cataltica comn, una ATPasa denominado ISWI, para mejorar la movilidad de los nucleosomas por un mecanismo todava desconocido. La accin de estos factores de remodelacin est muy regulada y est dirigido a sitios especficos de los activadores transcripcionales.
Histonas variantes
Las protenas histonas centrales de la partcula de ncleo nucleosoma en general, han mantenido un alto grado de conservacin durante la evolucin, haciendo hincapi en su centro papel en la compactacin de ADN. Los genes de las histonas son presentes en mltiples copias en la mayora de los organismos, que van desde alrededor de 10 - a 20 veces en el ratn para centenares de veces en el mar erizo, lo que permite un cierto grado de variacin allica cin. Variacin de secuencia no es de ninguna manera uniforme entre tipos de histonas. Histona H4 es casi inmune a la variacin, mientras que otras variantes de histonas son numerosas, con H2A que muestra la mayor variabilidad. Todo eucariota organismos contienen tales varprotena histona especializada iants con distintamente diferentes secuencias de aminocidos y patrones de expresin. A menudo, estas variantes de histonas son an ms conservada entre diferentes especies de la principal histonas del ncleo, lo que sugiere que cumplen un papel distinto que no puede ser adoptada por "regular", dependiente de la replicacin protenas histonas.
Variante de la histona H2A.Z
OnevariantofhistoneH2A, H2A.Z, wasrecentlyshownto ser esencial para la supervivencia de diferentes organismos incluyendo Drosophila, Tetrahymena y el ratn. H2A.Z pueden jugar un papel fundamental en la iniciacin del gen diferencial complejo expresivo patrones sin y se asocia preferentemente con forma activa cromatina transcrito. Las comparaciones de secuencia indican que haba dos tipos de genes H2A en primitiva eucariotas antes de la divergencia de la principal eucariota grupos, y que las principales y variantes H2As han sido bajo diferentes presiones selectivas desde entonces. La determinado recientemente la estructura cristalina de un ncleo de nucleosoma partculas que contienen H2A.Z sugiere que el nico y funcin esencial de H2A.Z es debido a una combinacin de efectos resultantes de la desestabilizacin de la histona octmero y de la unin especfica de protenas nucleares a la superficie nucleosomal alterada. MacroH2A y Cenp A Otros variantes de la histona, por ejemplo macroH2A, y el Variante de H3 Cenp A, se asocian a especializada estructuras de cromatina. MacroH2A forma un ncleo de histonas familia de protenas con una estructura hbrida que consiste de un dominio con alta homologa con histona H2A seguido por una dominio nonhistone grande. MacroH2A1.2 se concentra en el cromosoma X inactivo en los mamferos hembras adultas; su acumulacin parece ser el marcador ms precoz de la cromosoma X inactivo. El cromosoma X inactivo es tal vez el ejemplo ms dramtico de cromatografa especializados estructura Matin, en que se trata de un cromosoma entero, y es emocionante especular que esta especializacin se inicia a nivel nucleosomal. Cenp A es un H3 esencial histona variante que se encuentra exclusivamente en nucleosomas en la centrmero. Estos nucleosomas especializados parecen ser involucrados en la construccin del cinetocoro. Es completamente desconocido cmo estos y otros histona variantes se dirigen a sus respectivas localidades. Metaingmayoccurbythetemporalseparationofsynthesisfrom la de las histonas bsico replicacin
dependiente, como se sugiere para H2A.Z y Cenp A. Alternativamente, las variantes de la histona pueden ser escoltado por personal especializado, an por identificar factores de ensamblaje de la cromatina.
Linker histonas
Nativebulkchromatinischaracterizedbyregulararraysof nucleosomas con distancias internucleosomal definidos. La longitud de repeticin nucleosoma (la suma de la longitud invariable of147basepairsthatareorganizedbythehistoneoctamer, y el ADN enlazador) no es una constante, sino que vara entre los especies y tipos de clulas, durante la diferenciacin y durante la activacin de genes. Sin embargo, no est claro cmo esta repeticin longitud se determina y se mantiene en la clula. La histona H1 enlazador se asocia con el ADN enlazador as como con la partcula de ncleo nucleosoma en s, y por lo tanto desempea un papel importante en la compactacin de ADN ms all el nivel nucleosomal. En la presencia de H1, un adicional 15-20 pares de bases de ADN nucleosomal estn protegidos contra la digestin con nucleasa microccica. Anlisis de cromatina nativa ha demostrado que H1 existe en aproxima- madamente cantidades estequiomtricas en comparacin con el ncleo- alguna partcula de ncleo.
Funcin H1
Enlazador histonas H1 y H5 tiempo han sido considerados como esencial para la condensacin de la cromatina en orden superior estructuras. Sin embargo, experimentos recientes han cuestionado este dogma. Experimentos knockout en Tetrahymena y Aspergillus nidulans muestran que H1, en contraste con los cuatro protenas del ncleo de histonas, no es esencial para el ensamblaje nuclear o la viabilidad celular, y revelan un papel mucho ms sutil para H1. En lugar de actuar como un represor transcripcional en general, H1 se encuentra para regular un nmero limitado de genes especficos. Sorprendentemente, H1 puede tanto activar y reprimir la transcripcin cin. Debido a la presencia de enlazador histona H1 estabiliza el nucleosoma mediante la reduccin de octmero de histona de deslizamiento y reposicionamiento, la eliminacin de H1 puede ser utilizado como un medio para aumentar localmente la movilidad nucleosoma para controlar gen expresin en ya sea de manera positiva o negativa. in vitro, H1 agotados oligo-nucleosomas pueden doblar aproximadamente la misma compacidad como en la presencia de H1. A pesar de estos estudios ms recientes cuestionan el papel de engarce histonas, est claro que se estabilizan los nucleosomas, prevenir nucleosoma deslizamiento, y ayudar a la formacin de ms alto estructura de orden. Adems, la presencia de H1 en todo eucariotas (con la posible excepcin de la levadura), y su alto grado de conservacin de secuencia hace que sea probable que H1 juega un papel importante, todava no se ha vuelto a definir, en organizacin de la cromatina.
Estructura H1 y su ubicacin en la nucleosoma
Histonas enlazador Metazoan consisten en un centro globular 'Alas hlice "de dominio, un pliegue que tambin se ha encontrado en el dominio de unin a ADN de algunos factores de transcripcin. Histonas del vinculador tambin contienen largo bsica N-y C-terminal de colas que probablemente no estructurados. Estudios in vitro han muestra que el dominio globular se une al nucleosoma, mientras que las colas bsicas se cree que neutralizar el carga negativa del ADN enlazador para permitir ms compactacin. Adems, tambin se hacen contactos directos con la histona H2A de ncleo. Las estructuras de alta resolucin de la globular, cola-less
dominios del enlazador histonas H1 y la variante H5 ha sido determinado; Sin embargo, ninguna de estas estructuras incluye ADN. Por lo tanto, no se sabe cmo estos protenas se unen al ADN nucleosomal y enlazador. In vitro Los estudios de unin sugieren que las histonas enlazador no presentan especfica de unin a secuencia de ADN. Un anlisis cuidadoso de la estequiometra vinculante y cross- experimentos que unen llevaron a la conclusin de que uno H1 molcula se une cerca de la dada nucleosomal ( Figura 1A ). Sin embargo, existen resultados contradictorios en la literatura respecto- al de su ubicacin precisa. Adems, el papel de su flexibles colas en el ADN obligatorio y la organizacin de la cromatina est lejos de ser clara. Dependiendo del grado de compactacin, ADN secuencia y el contexto de la cromatina, y en la presencia de otras protenas nonhistone abundantes, H1 podra no ocupar una posicin nica en un nucleosoma, y la estructura y posicin de las colas H1 podra ser especialmente variable. Final clarificationoftheseimportantquestionswillhavetoawait la estructura cristalina de la partcula de ncleo nucleosoma en complejo con H1. Debido a la razn dada anteriormente, esto tiene sido extremadamente difcil.
Estructura de orden superior de la cromatina
La organizacin en matrices nucleosomal (fibra de 10 nm) slo da como resultado una compactacin de 5 veces de ADN. Es evidente que incluso en el ncleo en interfase, donde la cromatina es en su ms accesible, compactacin significativa ms all de la Debe ocurrir fibra de 10 nm. El siguiente nivel de compactacin es la La fibra de 30 nm, lo que implica la agrupacin apretada de ncleo- cromosomas y que parece ser estabilizado por el ncleo histona colas y por H1. Incluso en esta etapa de compactacin no hay suficiente espacio en el ncleo para acomodar todo el genoma de eucariotas superiores, y se piensa que las regiones de 10 - y las fibras de 30 nm son slo expuestos a nivel local y transitoriamente. La arquitectura de la fibra de 30 nm ha sido difcil de alcanzar incluso a baja resolucin. Esto es en parte debido a la experimentacin dificultades en la preparacin de grandes cantidades de definido cro- fibras matin in vitro, y en parte debido a la falta de mtodos que puede dar de alta resolucin de datos estructurales de esta gran superestructura compleja. Fibras de cromatina son ms probable flexible y dinmica, y puede intercambiar entre diferentes estados plegados. La poblacin de estos estados puede depender de muchos factores, tales como la presencia de otra protenas nonhistone cromosmica, el estado de modificacin de histonas e histonas enlazador, la posicin de la histona enlazador en el nucleosoma, y internucleosomal espaciado. Thesemultiple sourcesfor heterogeneitymake la fibra de cromatina un sustrato muy difciles de estudiar por Cristalografa de rayos X. Algunos de estos problemas pueden resolverse en el corto futuro por la disponibilidad de la cromatina recombinante sistemas de montaje que se pueden utilizar para preparar de manera uniforme nucleosomal arrays separados y estructuras de orden superior, usando secuencias de ADN que posicionan el octmero de histonas con una gran precisin. Avances adicionales provendrn de avances en cristalografa de rayos X, criomicroscopa electrnica microscopa y otros mtodos de visualizacin.
La transcripcin en un contexto de la cromatina
La organizacin de ADN en nucleosomas y en estructura de orden superior tiene un effecton global inhibitorio todo procesos celulares que implican la transcripcin. El papel activo de la estructura de la cromatina en la regulacin de la transcripcin es actualmente bajo intensa investigacin en muchos centros en todo el mundo, y consiste, en el lado de la cromatina, la estudio de las vas de modificacin de las histonas, remo-cromatina factores, y variantes de las histonas Delling.
Iniciacin de la transcripcin y la elongacin
Un promotor debe ser-nucleosoma libre para permitir la completa montaje de la gran preiniciacin ARN polimerasa complejo. Sin embargo, la base molecular para la implicacin miento de la estructura de la cromatina en la transcripcin de reclutamiento factores, y en la ayuda a las primeras etapas de montaje de la ARN polimerasa preinitiation complejo no es bien bajo- se puso de pie, ni se sabe hasta qu punto los nucleosomas inhiben el progreso de la transcripcin de la polimerasa. El hecho de que muchas co-activadores tienen actividad HAT sugiere que a principios etapas de activacin de la transcripcin implican la formacin de estructura de la cromatina alternativa a travs de la acetilacin reversible tionoflysineresiduesinhistonetails.Itmightbemorethan una coincidencia que algunos componentes de la ARN polimerasa preinitiation complejo contiene la histona veces. Dado el gran tamao de muchos genes eucariotas, es poco probable que un gen completo ser 'descomprimido' para permitir que el el progreso sin trabas de la polimerasa. Lo que s que pasa si un "fuerza irresistible" (el ARN avanzar polimerasa) se encuentra con un 'objeto inamovible "(el ncleo- Limitado)? Una vez ms, es probable que haya una solucin sencilla a este problema; Sin embargo, los diferentes centros estn empezando a acumular evidencia sobre el destino de los nucleosomas durante la transcripcin. Elegantes experimentos in vitro sugieren que la polimerasa puede 'rodear' un nucleosoma sin disociar desde el ADN. Bioqumico enfoques han identificado un factor que facilita la trancripcin a travs de la cromatina al competir por el (H2A- H2B) dmero y sacarlo de la nucleosoma.
Perspectiva
La cromatina ha hecho una transicin notable de ser visto como 'peso muerto' en la ruta de acceso de la ADN y ARN polimerasas, a la realizacin que desempea un altamente activa papel en la regulacin de la expresin de genes y la reparacin del ADN processes.Progressinthisfieldcannowonlycomefromthe las fuerzas unidas de los bilogos moleculares, bioqumicos y biofsicos para obtener una imagen completa de la transcripcin regulacin en un contexto nativo. Biofsicos y estructurales bilogos tendrn que proporcionar una imagen detallada de la diferentes niveles de estructura de orden superior, mientras que bioche- nieblas y bilogos moleculares tienen que desenredar el intrincada red que vincula la cromatina con la transcripcin maquinaria cin.
