Fundación EcoMinga ha establecido una red de 15 reservas a nivel nacional, que protegen alrededor de 12,000 hectáreas (aproximadamente 30,000 acres), y preservan cientos de especies de flora y fauna, principalmente endémicas y globalmente amenazadas; entre ellas varias decenas de pequeños vertebrados entre ranas, lagartijas, roedores, así como orquídeas, lianas, incluso nuevas especies de árboles han sido descubiertos en nuestras reservas. Estas áreas protegidas colindan con parques nacionales, que protegen hábitats a mayor altitud; es así que, nuestras reservas ayudan a extender la protección hacia las elevaciones medias y bajas, que no están protegidas, tanto en el piedemonte amazónico y las estribaciones de los Andes Tropicales del noroccidente de Ecuador.

Dos de nuestras reservas, Cerro Candelaria y Río Zúñag, se encuentran dentro del Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP) como áreas protegidas privadas, categorizadas como Refugios de Vida Silvestre.