一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件

DoubleHelix

发布于 2024-01-15 18:13:01

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首先需要安装bio3d包

install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)
library(bio3d)

分割文件的函数就是dbsplit：

dbsplit(pdb.files, ids = NULL, path = "split_chain", overwrite=TRUE,
         verbose = FALSE, mk4=FALSE, ncore = 1, progress = NULL, ...)

pdb.files就是pdb文件。path是分割后的文件放在那个文件夹下。

pdbsplit("./P.pdb",path = "MedBioInfoCloud")

如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。

pdbsplit(get.pdb("2XKN", URLonly=TRUE) )

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