Divulgazione pop

Da agosto sto lavorando come medico ricercatore in un ospedale di Londra centro nei test clinici per i vaccini per il COVID.

Da qualche settimana mi sono unito a un gruppo di ricercatori che fanno divulgazione scientifica per i vaccini del coronavirus. È un’iniziativa verificata ONU con l’appoggio del Centro per la Fiducia Vaccinale dell’Università LSHTM.

Se vi va, date un’occhiata al mio nuovo profilo TikTok. È un’iniziativa indirizzata al pubblico generale, ma alcune informazioni sui test clinici dei vaccini potrebbero interessare anche i medici.

Analisi dati con R

Siete interessati alla visualizzazione o all’analisi di dati sanitari, per fini di ricerca o gestionali? E magari lo fate già, in Excel, Stata o SPSS?

Consiglio vivamente di mettere da parte un po’ di tempo per imparare a usare R, un linguaggio di programmazione gratuito e open source specializzato nella statistica e nella scienza dei dati.

R è vastamente superiore a Stata e SPSS in termini di gestione dei dati e grafici, è in grado di effettuare le stesse analisi statistiche. Ha anche moltissime estensioni che consentono di fare di tutto: analisi di sopravvivenza, modelli lineari generalizzati con effetti misti, analisi di megadati. Contrariamente a Stata e SPSS, è gratuito. Per tutti questi motivi, è sempre piú usato nella ricerca medica ed epidemiologica. SPSS è davvero démodé… Non faccio neanche paragoni con Excel perché sarebbero imbarazzanti (smettete di fare grafici a torta!)

È anche usato in statistica economica e in generale per la visualizzazione dati – per esempio, la BBC produce tutti i suoi grafici in R.

Se siete interessati, ho preparato del materiale per un corso autoesplicativo in cinque sessioni, in inglese, che potreste svolgere da soli. Copre questi argomenti: l’interfaccia utente, l’importazione dei dati e la loro pulizia, la visualizzazione grafica, la sintesi, la manipolazione e l’esportazione, in un contesto di ricerca medica/epidemiologica; non tratta di analisi statistica. Lo trovate sul mio GitHub.

Passi necessari per usare questo materiale:

  1. Scaricare e installare R
  2. Scaricare e installare RStudio, nella sua versione gratuita
  3. Scaricare la repository (cartella, contenente codice e dati) dal mio GitHub
  4. Iniziare con intRo1 basics.Rmd.

Se lo usate e avete dubbi o commenti, scrivetemi pure qui oppure su GitHub.

Working on a quarantined ship: an interview

(Per la versione originale in italiano, vedi sotto).

@andmazzella

I had the chance to interview a crew member working on the Diamond Princess cruise ship, which has been in quarantine in Yokohama, Japan, due to an outbreak of the novel coronavirus. He is a dear childhood friend who has very recently started working as a waiter on that ship.

Hi and thanks for agreeing to this interview.

Hi, bro.

What time is it, and where are you?

It’s nine pm, I’ve just finished my shift and I’m smoking outside, on the deck. It’s so cold here in Japan. Couldn’t we have been quarantined somewhere warmer?

How does it feel to be working on a quarantined ship?

It all started so fast. One morning I was about to start my shift, but I met my boss who told me we had been quarantined because of the coronavirus. From that moment on our job has completely changed. Now we work thirteen hours a day and we serve three thousand meals, taking them to the cabins’ thresholds. I’m feeling tired, but I’m determined.

Let’s go back for a bit, before the quarantine.

I had started working on this ship only very recently. Before coming, I thought: do they have to send me to that area?

Being a waiter is always demanding, but before all of this it was just a standard waiting job: I waited tables, shifts lasted ten hours max.

One night, we had just docked in Yokohama, I went to sleep and everything was fine. I was definitely not expecting to wake up the next day in quarantine.

What happened the day the quarantine was announced?

There was total chaos, but we simply did our job. They made us wear face masks and gloves, which we can never take off when we’re in public. We started taking the dishes from the kitchen to the cabins’ hallways. We managed, and we did a great job.

The next day – or at least I think it was, but I’m not so sure, the days have started to blur into one – thirty doctors boarded. They were from the special Japanese Ministry of Health team, and they assessed everyone.

It was a simple check, they made me go quickly around a sort of camera that measured my temperature. Everyone in the crew was okay, but they had to disembark some passengers.

What’s happening to the passengers who are still on the ship?

Those who are feeling well have to stay in their cabins, they only have few hours to go for a walk. It’s all regimented: first the passengers in the windowless cabins are allowed out, then those with cabins, and only at the end those with a balcony. When they leave their cabins, they must wear masks and gloves, and they must keep a distance of one metre between each other. Everyone, even among the crew, has received a thermometer so we can check whether we have a fever.

What happens if someone has a fever, or isn’t feeling well?

They would need to go straight back to their cabins and call 911. The doctors would take some samples which are sent to the land to be analysed. If they are positive, the person would be taken off the ship, to a Japanese hospital. Originally only twenty passengers had to be disembarked, but two days ago they’ve found 41 more infected people. I was smoking outside, and I saw twenty ambulances that were waiting on the quay with some soldiers. Just imagine that Japan only had twenty infected people before we arrived: we’ve gotten them into trouble, we’ve given them other sixty-five. This is my worry, because the quarantine should finish on the 19th of January, but if there are other cases, I’m sure it will be extended.

While we’re talking, I hear a captain’s message from the ship speakers:

“Please take note of this announcement. For any guests who need support with regards to any social, mental and welfare concerns, we have arranged telephone access to trained consultants, both in English, Japanese, as well as other languages. If you wish to access this service, please dial…”)

How has your workday changed, compared to before?

Now everything it’s more chaotic. I wouldn’t say I’m a waiter now, it’s more like being a nurse, or a warden in the jail at Secondigliano, taking meals outside the prisoners’ cells.  The working hours are completely different: I start at 6:30 am, I stop at 4pm, then I restart at 5 and I finish at 9.

How are you feeling, with all the chaos, the long shifts, and knowing about this infection?

I’m actually quite calm. I know the situation is serious, but when you see it from within, given I have such a full day, I don’t even have time to think about the virus. With such long shifts I’m exhausted, and now we can’t even go to the crew bar to have a beer, they’ve closed it down. For my breaks I’ve found a nice spot where I can catch some fresh air, eat and have a cigarette, then I go to bed, because the next day I start again at six thirty.

What are the other crew members saying?

Everyone’s very worried about the virus, about the illness, about the risk of falling ill. I see a lot of stressed out people, and it’s only been five-six days, I don’t know how this situation could evolve. And then, of all the people on the ship, it’s us waiters the ones most at risk, because we’re still meeting all the passengers.

Speaking about the passengers, how about them?

We can’t enter their cabins, so when I get them their meals, they open the door, I give them the tray and sometimes we exchange a few words. Some believe they’re still on holiday and complain that I’m late, or that the food selection isn’t great, but there’s not many like that. Others encourage us. Today I felt a bit emotional because I’ve seen one of the passengers that I had met before the quarantine, an older Chinese American man, he also recognised me, he asked me how I was, and he wanted to take a picture of me from behind his cabin’s threshold.

Sometimes they even post some signs outside their doors; these are small things, but they help with morale, they give me strength.

Lavorare su una nave in quarantena: un’intervista

Ho avuto la possibilità di intervistare un membro dell’equipaggio della nave da crociera Diamond Princess, che da quattro giorni è in quarantena a Yokohama, in Giappone, per un focolaio di infezioni del nuovo coronavirus. È un mio caro amico d’infanzia che ha da poco cominciato a lavorare su quella nave come cameriere.

Ciao e grazie per partecipare a quest’intervista.

Ciao, fràtemo.

Che ore sono e dove sei?

Sono le nove di sera, ho appena finito il turno e mi sto fumando una sigaretta fuori, sul ponte. Fa freddissimo in Giappone: ma questa quarantena non la potevamo fare da un’altra parte?

Come ci si sente a lavorare su una nave in quarantena?

È successo tutto all’improvviso. Una mattina stavo per iniziare il turno in sala, ma ho incontrato il mio capo che mi ha spiegato che eravamo in quarantena per il coronavirus. Da quel momento il nostro lavoro è completamente cambiato. Ogni giorno lavoriamo tredici ore e serviamo tremila pasti, portandoli alla soglia delle cabine. Mi sento stanco, ma determinato.

Facciamo un passo indietro, a prima dell’inizio della quarantena.

Avevo preso servizio da poco su questa nave; prima di partire avevo pensato, ma proprio là mi dovevano mandare?

Fare il cameriere è sempre duro, però prima era un lavoro da cameriere vero e proprio, cioè io servivo ai tavoli, i turni erano di dieci ore massimo.

Una notte, avevamo appena attraccato a Yokohama, sono andato a dormire ed era tutto ok. Certamente non mi aspettavo di svegliarmi il giorno dopo in quarantena.

Che cos’è successo il giorno dell’annuncio della quarantena?

C’era un caos esagerato, ma abbiamo fatto il nostro lavoro. Ci hanno fatto indossare delle mascherine e dei guanti, che non possiamo mai togliere quando siamo in luoghi pubblici. Abbiamo iniziato a portare i piatti dalla cucina ai corridoi delle cabine. Siamo riusciti ad organizzarci e abbiamo fatto un ottimo lavoro.

Il giorno dopo, credo, ma non ricordo con precisione, i giorni sono diventati tutti uguali, sono saliti a bordo trenta medici della squadra speciale del ministero della salute giapponese e hanno fatto dei controlli a tutti.

Era semplice, mi hanno fatto fare un giro veloce intorno a una specie di telecamera che controllava la temperatura. L’equipaggio tutto ok, mentre alcuni passeggeri sono stati portati a terra.

Mi spieghi cosa sta succedendo ai passeggeri che sono rimasti sulla nave?

Chi non ha sintomi deve rimanere nella sua cabina e ha solo poche ore a disposizione per uscire fuori a prendere aria. C’è un ordine: prima quelli con la cabina senza finestre, poi quelli con finestre e alla fine quelli con balcone. Quando escono devono avere mascherina e guanti e devono stare a minimo un metro di distanza l’uno dall’altro. Ognuno, anche dell’equipaggio, ha avuto un termometro per controllare da soli se abbiamo la febbre.

Che cosa succede se qualcuno ha la febbre, o non si sente bene?

Deve tornare subito nella sua cabina e chiamare il 911. I medici prendono dei campioni che poi vengono inviati a terra e analizzati. Se sono positivi, portano la persona in un ospedale giapponese, a terra., Inizialmente i passeggeri sbarcati erano solo venti, poi proprio l’altroieri ne hanno individuati altri 41 infetti.  Io stavo fumando una sigaretta fuori e ho visto venti ambulanze che aspettavano sulla banchina con dei militari. Pensa che il Giappone aveva solo venti persone infette prima che arrivassimo noi: li abbiamo inguaiati, gliene abbiamo portate altre sessantacinque. È questa la mia preoccupazione perché la quarantena dovrebbe finire il 19 gennaio, ma se ci sono altri casi sicuramente si prolungherà.

(Mentre parliamo, sento dall’altoparlante della nave un messaggio del comandante:

“Please take note of this announcement. For any guests who need support with regards to any social, mental and welfare concerns, we have arranged telephone access to trained consultants, both in English, Japanese, as well as other languages. If you wish to access this service, please dial…”)

Come è cambiata la tua giornata lavorativa rispetto a prima?

Adesso è molto più caotico. Non si può più definire un lavoro da cameriere, è quasi un infermiere, o il secondino del carcere di Secondigliano che porta il cibo fuori alle celle. Gli orari sono completamente cambiati: inizio alle 6:30 del mattino, finisco alle quattro del pomeriggio, poi riprendo alle cinque per finire alle nove.

Come ti senti tu? Tra il caos, i turni cosí lunghi, e sapere che c’è questa nuova infezione in giro?

Alla fine sono tranquillo.  So che la situazione è grave, però vista dall’interno, visto che ho la giornata totalmente piena, non ho neanche il tempo per pensare al virus. Con i turni così lunghi sto distrutto, e poi ora non possiamo neanche più andare al bar dell’equipaggio a prendere una birra, l’hanno chiuso. Durante le pause ho trovato un posto dove posso prendere una boccata d’aria fresca, mangiare e furmare una sigaretta, e poi vado a dormire, perché il giorno dopo ricomincio alle sei e mezza.

E che dicono gli altri membri dell’equipaggio?

Sono molto preoccupati per il virus, per la malattia, che si potrebbero ammalare. Vedo persone stressate, e sono passati solo cinque sei giorni, non lo so come potrebbe evolvere la situazione. Poi tra tutte le persone sulla nave siamo noi camerieri che rischiamo di più, perché continuiamo ad essere in contatto con i passeggeri.

Parlami invece dei passeggeri.

Noi non possiamo entrare nelle loro cabine, quindi quando gli porto il cibo loro aprono la porta, io passo il vassoio e a volte scambiamo due parole. Alcuni credono di stare ancora in vacanza e si lamentano per i ritardi e la poca scelta del cibo, ma non sono molti. Altri ci incoraggiano. Oggi mi sono emozionato perché ho rivisto uno dei passeggeri che avevo conosciuto prima della quarantena, un uomo anziano cinese-americano, anche lui mi ha riconosciuto, mi ha chiesto come stavo, e ha voluto farmi una foto dalla soglia della sua cabina.

A volte ci lasciano addirittura dei messaggi di riconoscimento fuori alle cabine; sono piccole cose, ma alzano il morale, mi danno forza.

Una cartina italondinese dell’anima

Londra ospita duecentocinquantamila italiani ed è quindi la “quinta città italiana al mondo” dopo Roma, Milano, Napoli e Torino. Camerieri campani, studenti sardi, traduttori toscani e consulenti calabresi, sparsi diffusamente per tutta la città; ci riconosci da lontano.

In fondo all’articolo troverete una mia inutile mappa della metropolitana del centro di Londra con i nomi delle stazioni piegati alla lingua italiana.

Ci troverete, ad esempio, le indicazioni per sfuggire al caos murino di Circo Osfordo – basta prendere la Vittoria fino a Altoburgo e Islintone, quindi cambiare e scendere a Dalstone Terra del Re per rifugiarvi in una caffetteria turca.

La mappa ha l’impossibile scopo di riconciliare gli italondinesi con questa città bella e terribile in tempo di Brexit. Per far cadere la reverenza e l’incanto di cui la riveste la lingua straniera, per dare validità alla nostra presenza.

Mi auguro che sia futile a tutti noi.

Una cartina italondinese dell’anima. Clicca per zumare.

Come fare un master in Inghilterra?

Da quando ho deciso di prendere un anno di pausa dalla specializzazione medica per iscrivermi a un master universitario molte persone che conosco si sono dimostrate un po’ perplesse. Ho pensato quindi di chiarire brevemente di che cosa si tratta e perché ho fatto questa scelta; potrebbe essere rilevante anche ai non medici.

Che cosa si intende per master, in Regno Unito?

Un master in Italia e uno in Inghilterra sono due cose diverse!

Un master universitario italiano è un corso a cui si accede dopo la laurea o la laurea magistrale e organizzato autonomamente da un’Università. Esso non consente l’accesso al dottorato di ricerca.

Un Master’s degree britannico è un vero corso di laurea che dura da uno a tre anni ed è quindi equivalente alla laurea magistrale italiana (cioè a quella che una volta si chiamava specialistica o biennale). Consente quindi l’accesso al dottorato di ricerca. Si distingue dai Bachelor’s degrees che invece sono la laurea (triennale – con l’eccezione della laurea in Medicina e Chirurgia, che dura cinque o sei anni e si chiama Bachelor of Medicine, Bachelor of Surgery).

Grossomodo esistono due tipi di Master’s degree: il Master of Arts (MA) e il Master of Science (MSc) a seconda che la disciplina sia umanistica o scientifica. Quindi ad esempio esistono MA Italian Studies e MSc Mathematical Physics.

Quali sono i requisiti per accedere a un Master’s?

Il requisito fondamentale è avere un titolo di laurea (Bachelor’s) – proprio come per iscriversi a una laurea magistrale in Italia. A differenza dell’Italia, però, è possibile iscriversi a un Master’s anche si possiede una laurea in un campo non identico. Per esempio, è possibile candidarsi a un MSc in Astrofisica anche se si ha un BSc in Matematica.

È necessario dimostrare una padronanza della lingua inglese tramite un esame recente (generalmente l’IELTS è accettato) e il cui livello dipende dal tipo di corso di laurea e dall’università.

Ci sono spesso dei requisiti aggiuntivi variabili che vengono indicati sulla pagina relativa sul sito dell’Università, nella sezione Entry Requirements (per esempio, su questa pagina del MSc Neuroscience del King’s College di Londra). Come al solito, i siti delle Università britanniche sono estremamente chiare su passaggi e scadenze.

Come si accede al Master’s?

L’ammissione non è automatica, ma occorre passare attraverso una selezione. Questa dipende da una serie di fattori:

  • Il voto di laurea
  • Un Personal Statement cioè una dichiarazione personale in cui il candidato spiega perché vuole iscriversi, quale esperienze passate ha e perché dovrebbe essere scelto
  • Delle referenze accademiche o lavorative.

Alcune università prevedono anche un colloquio dal vivo – per esempio, se la laurea di base è molto diversa dal Master’s a cui ci si sta candidando.

Quanto costa un Master’s in Regno Unito?

L’Università britannica è molto più costosa che nel resto d’Europa. In media, attualmente per uno studente britannico o dell’Unione Europea un MA/MSc costa intorno alle diecimila sterline, cioè undicimila euro.

Molti hanno bisogno di accedere a un mutuo. Si possono anche richiedere delle borse di studio, che sono basate principalmente sul merito e sulla nazionalità.

Perché un medico dovrebbe tornare all’Università?

Questa domanda mi viene posta solo da italiani!

In Regno Unito è relativamente comune prendere un anno di pausa dalla specializzazione per fare altro – viaggiare, andare a lavorare in Australia, fare volontariato all’estero, o appunto fare un Master’s. Sono tutte viste come esperienze che arricchiscono e nessuno si pone problemi sul prolungamento del percorso di specializzazione (che pure dura dai sette ai nove e più anni).

In particolare, un Master’s è vista come un’opportunità di imparare delle abilità specifiche, quali la formazione dei medici o la statistica, oppure di aumentare le proprie conoscenze in un campo specifico, o ancora di prepararsi meglio per un dottorato di ricerca.

I momenti tipici per fare un Master’s sono:

  • Subito dopo il Foundation Programme
  • Tra il Core Training e lo Specialty Training (questo è il mio caso)
  • Durante un’Academic Clinical Fellowship

Avete altre domande?

Commentate qui sotto e vi risponderò appena posso.

Un’ultima cosa…

Ho iniziato di recente a usare Twitter, per motivi puramente professionali. Se condividete i miei crescenti interessi per le malattie infettive, la microbiologia, l’epidemiologia e la salute globale, potreste seguirmi su @andmazzella: ricambierò.