4DN Pre-Prints

Highly active chromosome regions preferentially associate with two perispeckle networks that partition the interchromatin space

Venkata, N. C.; Kim, J.; Faber, G.; Misra, S.; Bektash, A.; Chaturvedi, P.; Hernanadez, G.; Dopie, J.; Kanemaki, M.; Han, K. Y.; Shav-Tal, Y.; Belmont, A. S.

Reduced TBX5 dosage undermines developmental control of atrial cardiomyocyte identity in a model of human atrial disease

Kathiriya, I. S.; Rao, K. S.; Clark, A. P.; Hu, K. M.; Grant, Z. L.; Matthews, M. N.; Chen, Z.; Saucerman, J. J.; Hota, S. K.; Bruneau, B.

The Data Distillery: A Graph Framework for Semantic Integration and Querying of Biomedical Data

Mohseni Ahooyi, T.; Stear, B.; Simmons, J. A.; Metzger, V. T.; Kumar, P.; Evangelista, J. E.; Clarke, D. J. B.; Xie, Z.; Kim, H.; Jenkins, S. L.; Maurya, M. R.; Ramachandran, S.; Fahy, E.; Imam, F. T.; Kokash, N.; Roth, M. E.; Fullem, R.; Jevtic, D.; Mihajlovic, A.; Tiemeyer, M.; Gillespie, T. H.; Bakker, C.; Schroeder, A. J.; Markowski, J.; Nedzel, J.; Hill, D. D.; Terry, J.; Nemarich, C.; Park, P.; Ardlie, K. G.; Vora, J.; Mazumder, R.; Ranzinger, R.; de Bono, B.; Subramaniam, S.; Grethe, J. S.; Yang, J. J.; Lambert, C. G.; Resnick, A.; Milosavljevic, A.; Ma'ayan, A.; Silverstein, J. C.; Tay

Joint decomposition of Hi-C maps reveals salient features of genome architecture across tissues and development

Perturb-seq reveals distinct responses to pluripotency regulator dosages underlying the control of self-renewal and differentiation

Takei, Y.; Lay, J. A.; Linton, J. M.; Chadly, D. M.; Ochiai, Y.; Hadas, R.; Perez, A. A.; Blanco, M. R.; Laurino, P.; Guttman, M.; Elowitz, M. B.

Histone Acetylation Differentially Modulates CTCF-CTCF Loops and Intra-TAD Interactions

Smith, R. G.; Fu, Y.; Schiela, K. L.; Dautle, M.; Williams, R.; Wilson, H. M.; Azadegan, C.; Whetstine, J. R.; Dekker, J.; Liu, Y.

Single-cell spatial mapping reveals reproducible cell type organization and spatially-dependent gene expression in gastruloids

Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones

Van Eyndhoven, L. C. C.; Kinsler, G.; Zhang, J.; O'Farrell, A.; Abderrahim, R.; Srivastav, A.; Triandafillou, C. G.; Greco, T. M.; Zaret, K. S.; Cristea, I. M.; Orzalli, M. H.; Drayman, N.; Singh, A.; Raj, A.

Nonrandom interchromatin trafficking through dynamic multiphase speckle connections

Rate Limiting Enzymes in Nucleotide Metabolism Synchronize Nucleotide Biosynthesis and Chromatin Formation

Zhao, B.; Cho, C. Y.; Ye, L.; Keal, T.; Mitchell, T. J.; Martin-Barrio, I.; Weinberg, J. S.; Huse, J. T.; Dixon, J. R.; Lang, F. F.; Akdemir, K. C.

Heterogeneous therapy-resistant cancer cells have distinct and exploitable drug sensitivity profiles

Busch, G. T.; Boe, R. H.; Li, J.; Gruener, R. F.; Arnett, M. J.; Ravindran, P. T.; Herlyn, M.; Huang, R. S.; Raj, A.

Multimodal control of Cas13 activity through domain insertion at an allosteric hotspot

Kinetic organization of the genome revealed by ultra-resolution, multiscale live imaging

Zhou, J.; Wu, Y.; Liu, H.; Tian, W.; Castanon, R. G.; Bartlett, A.; Zhang, Z.; Yao, G.; Shi, D.; Clock, B.; Marcotte, S.; Nery, J. R.; Liem, M.; Claffey, N.; Boggeman, L.; Barragan, C.; eDrigo, R. A.; Weimer, A. K.; Shi, M.; Cooper-Knock, J.; Zhang, S.; Snyder, M. P.; Preissl, S.; Ren, B.; O'Connor, C.; Chen, S.; Luo, C.; Dixon, J. R.; Ecker, J. R.

Hu, B.; Shi, Y.; Xiong, F.; Chen, Y.-T.; Zhu, X.; Carrillo, E.; Wen, X.; Drolet, N. A.; Rajpurohit, C.; Xu, X.; Lee, D.-F.; Soto, C.; Zhong, S.; Jayaraman, V.; Zheng, H.; LI, W.

Marin-Gonzalez, A.; Rybczynski, A. T.; Nilavar, N. M.; Nguyen, D.; Karwacki- Neisius, V.; Li, A. G.; Zou, R. S.; Aviles-Vazquez, F. J.; Kanemaki, M. T.; Scully, R.; Ha, T.

Yang, M. G.; Richter, H. J.; Wang, S.; McNally, C. P.; Harris, N.; Dhillon, S.; Maresca, M.; de Wit, E.; Willenbring, H.; Maher, J.; Goodarzi, H.; Ramani, V.

Zhao, R.; Wivagg, A.; Lackner, R. M.; Salsman, J.; Dellaire, G.; Matunis, M. J.; Chenoweth, D. M.; Zhao, X.; Zhang, H.

Grant, Z. L.; Kuang, S.; Zhang, S.; Horrillo, A. J.; Rao, K. S.; Kameswaran, V.; Joubran, C.; Lau, P. K.; Dong, K.; Yang, B.; Bartosik, W. M.; Zemke, N. R.; Ren, B.; Kathiriya, I. S.; Pollard, K. S.; Bruneau, B. G.

Bodner, J.; Vadlamani, P.; Helmin, K. A.; Liu, Q.; Mendillo, M. L.; Singer, B. D.; Srivastava, S.; Foltz, D. R.

Ho, E. K.; Kim-Yip, R. P.; Simpkins, A. G.; Farahani, P. E.; Oatman, H. R.; Posfai, E.; Shvartsman, S. Y.; Toettcher, J. E.

De novo structural variants in autism spectrum disorder disrupt distal regulatory interactions of neuronal genes

Heterogeneity in chromatin structure drives core regulatory pathways in B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia

Sen, A.; Xu, Z.; Tyndale, S.; Yasis, J.; Cho, C. Y.; Bump, R.; Chandran, S.; Luo, L.; Fu, Y.; Petersen, L. K.; Shokhirev, M.; Kuo, D. J.; McVicker, G. P.; Dixon, J. R.

Genome-wide in vivo dynamics of cohesin-mediated loop extrusion and its role in transcription activation

The challenge of chromatin model comparison and validation - a project from the first international 4D Nucleome Hackathon

Kubica, J.; Korsak, S.; Clerkin, A. B.; Kouril, D.; Schirman, D.; Yadavalli, A. D.; Banecki, K.; Kadlof, M.; Busby, B.; Plewczynski, D.

Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues

Goel, V. Y.; Aboreden, N. G.; Jusuf, J. M.; Zhang, H.; Mori, L.; Mirny, L. A.; Blobel, G.; Banigan, E. J.; Hansen, A. S.

Goel, V. Y.; Aboreden, N. G.; Jusuf, J. M.; Zhang, H.; Mori, L.; Mirny, L. A.; Blobel, G.; Banigan, E. J.; Hansen, A. S.

ATP-dependent remodeling of chromatin condensates uncovers distinct mesoscale effects of two remodelers

Moore, C. M.; Kaur, U.; Wong, E.; Chio, U. S. M.; Zhou, Z.; Ostrowski, M.; Wu, K.; Irkliyenko, I.; Wang, S.; Ramani, V.; Narlikar, G.

HMGB1 restores a dynamic chromatin environment in the presence of linker histone by deforming nucleosomal DNA

LDB1 establishes multi-enhancer networks to regulate gene expression

Aboreden, N. G.; Lam, J. C.; Goel, V. Y.; Wang, S.; Wang, X.; Midla, S. C.; Quijano, A.; Keller, C. A.; Giardine, B. M.; Hardison, R. C.; Zhang, H.; Hansen, A. S.; Blobel, G.

YAP charge patterning mediates signal integration through transcriptional co-condensates

Meyer, K.; Yserentant, K.; Cheloor-Kovilakam, R.; Ruff, K. M.; Chung, C.-I.; Shu, X.; Huang, B.; Weiner, O. D.

Multiscale Molecular Modelling of Chromatin with MultiMM: From Nucleosomes to the Whole Genome

AP-1 Mediates Cellular Adaptation and Memory Formation During Therapy Resistance

Li, J.; Ravindran, P. T.; O'Farrell, A.; Busch, G. T.; Boe, R. H.; Niu, Z.; Woo, S.; Dunagin, M. C.; Jain, N.; Goyal, Y.; Sarma, K.; Herlyn, M.; Raj, A.

Long range regulation of transcription scales with genomic distance in a gene specific manner

Jensen, C. L.; Chen, L.-F.; Swigut, T.; Crocker, O. J.; Yao, D.; Bassik, M. C.; Ferrell, J.; Boettiger, A.; Wysocka, J.

Nguyen, L. T.; Rakestraw, N. R.; Pizzano, B. L. M.; Young, C. B.; Huang, Y.; Beerensson, K. T.; Fang, A.; Antal, S. G.; Anamiss, K. V.; Peggs, C. M. D.; Yan, J.; Jing, Y.; Burdine, R. D.; Adamson, B.; Toettcher, J. E.; Myhrvold, C.; Jain, P. K.

Vcam1+ Fibro-adipogenic Progenitors Mark Fatty Infiltration in Chronic Limb Threatening Ischemia

Dai, Q.; Wan, C.; Xu, Y.; Fei, K.; Olivere, L. A.; Garrett, B.; Akers, L.; Peters, D.; Otto, J. C.; Kontos, C. D.; Ji, Z.; Diao, Y.; Southerland, K. W.

Prediction of single-cell chromatin compartments from single-cell chromosome structures by MaxComp

Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance

Improved cohesin HiChIP protocol and bioinformatic analysis for robust detection of chromatin loops and stripes

Karolina Jodkowska, Zofia Parteka-Tojek, Abhishek Agarwal, Michał Denkiewicz, Sevastianos Korsak, Mateusz Chiliński, Krzysztof Banecki, Dariusz Plewczynski

10.1101/2024.05.16.594268

Super-enhancer interactomes from single cells link clustering and transcription

MASTR-seq: Multiplexed Analysis of Short Tandem Repeats with sequencing

Chuanbin Su, Keerthivasan Raanin Chandradoss, Thomas Malachowski, Ravi Boya, Han-Seul Ryu, Kristen J. Brennand, Jennifer E. Phillips-Cremins

10.1101/2024.04.29.591790

CRISPR Screening Uncovers a Long-Range Enhancer for ONECUT1 in Pancreatic Differentiation and Links a Diabetes Risk Variant

Samuel Joseph Kaplan, Wilfred Wong, Jielin Yan, Julian Pulecio, Hyein S. Cho, Qianzi Li, Jiahui Zhao, Jayanti Leslie-Iyer, Jonathan Kazakov, Dylan Murphy, Renhe Luo, Kushal K. Dey, Effie Apostolou, Christina S. Leslie, Danwei Huangfu

10.1101/2024.04.26.591412

Omid Gholamalamdari, Tom van Schaik, Yuchuan Wang, Pradeep Kumar, Liguo Zhang, Yang Zhang, Gabriela A. Hernandez Gonzalez, Athanasios E. Vouzas, Peiyao A. Zhao, David M. Gilbert, Jian Ma, Bas van Steensel, Andrew S. Belmont

Nanoscale cellular organization of viral RNA and proteins in SARS-CoV-2 replication organelles

Andronov, L.; Han, M.; Zhu, Y.; Balaji, A.; Roy, A. R.; Barentine, A. E. S.; Patel, P.; Garhyan, J.; Qi, L. S.; Moerner, W. E.

Daniel, B., Chen, A. Y., Sandor, K., Zhang, W., Miao, Z., Lareau, C. A., Yost, K. E., Chang, H., Satpathy, A.

Zhao, R., Xu, M., Wondisford, A. R., Lackner, R. M., Salsman, J., Dellaire, G., Chenoweth, D. M., O'Sullivan, R. J., Zhao, X., Zhang, H.

Chandrashekar, H., Simandi, Z., Choi, H., Ryu, H.-S., Waldman, A. J., Nikish, A., Muppidi, S. S., Gong, W., Paquet, D., Phillips-Cremins, J. E.

10.1101/2024.02.27.582395

Hamazaki, N., Yang, W., Kubo, C., Qiu, C., Martin, B. K., Garge, R. K., Regalado, S. G., Nichols, E., Lee, C., Daza, R. M., Srivatsan, S., Shendure, J.

10.1101/2024.02.10.579769

10.1101/2024.02.01.578389

Stein, J., Ericsson, M., Nofal, M., Magni, L., Aufmkolk, S., McMillan, R. B., Breimann, L., Herlihy, C. P., Lee, S. D., Willemin, A., Wohlmann, J., Arguedas-Jimenez, L., Yin, P., Pombo, A., Church, G. M., Wu, C.-t.

10.1101/2024.02.05.576943

10.1101/2024.01.31.578123

Hildebrand, E. M., Polovnikov, K., Dekker, B., Liu, Y., Lafontaine, D. L., Fox, A. N., Li, Y., Venev, S. V., Mirny, L. A., Dekker, J.

10.1101/2022.10.15.511838

Li, G., Kim, H.-J., Pendyala, S., Zhang, R., Disteche, C. M., Vert, J.-P., Deng, X., Fowler, D. M., Noble, W. S.

10.1101/2023.11.03.565575

10.1101/2024.01.16.575860

10.1101/2024.01.10.574968

Gilbertson, E. N., Brand, C. M., McArthur, E., Rinker, D. C., Kuang, S., Pollard, K. S., Capra, J. A.

10.1101/2023.12.22.573104

10.1101/2023.12.14.571730

Park, S., Athreya, A., Carrizo, G., Benning, N., Mitchener, M., Bhanu, N., Garcia, B., Zhang, B., Muir, T. W., Pearce, E., Ha, T.

10.1101/2023.12.08.570828

10.1101/2023.12.04.569731

10.1101/2023.12.04.569983

Andronov, L., Han, M., Zhu, Y., Roy, A. R., Barentine, A. E. S., Garhyan, J., Qi, L. S., Moerner, W. E.

10.1101/2023.11.07.566110

10.1101/2023.11.22.568268

Cote, A. J., O'Farrell, A., Dardani, I., Dunagin, M., Cote, C. J., Wan, Y., Bayatpour, S., Drexler, H. L., Alexander, K. A., Chen, F., Wassie, A. T., Patel, R., Pham, K., Boyden, E. S., Berger, S., Phillips-Cremins, J., Churchman, L. S., Raj, A.

10.1101/2020.04.06.028092

Zhao, H., Lin, Y., Lin, E., Liu, F., Shu, L., Jing, D., Wang, B., Wang, M., Shan, F., Zhang, L., Lam, J., Midla, S., Giardine, B., Keller, C., Hardison, R., Blobel, G., Zhang, H.

10.1101/2023.11.09.566494

10.1101/2023.11.03.565556

Kumar, P., Gholamalamdari, O., Zhang, Y., Zhang, L., Vertii, A., van Schaik, T., Peric-Hupkes, D., Sasaki, T., Gilbert, D. M., van Steensel, B., Ma, J., Kaufman, P. D., Belmont, A. S.

10.1101/2023.10.29.564613

Sinha, J., Nickels, J. F., Thurm, A. R., Ludwig, C. H., Archibald, B. N., Hinks, M. M., Wan, J., Fang, D., Bintu, L.

10.1101/2023.10.13.562147

Fujimori, T., Rios-Martinez, C., Thurm, A. R., Hinks, M. M., Doughty, B. R., Sinha, J., Le, D., Hafner, A., Greenleaf, W. J., Boettiger, A. N., Bintu, L.

10.1101/2023.10.03.560616

10.1101/2023.09.27.559406

Yang, X., Jones, I. R., Chen, P. B., Yang, H., Ren, X., Zheng, L., Li, B., Li, Y. E., Sun, Q., Wen, J., Beaman, C., Cui, X., Li, Y., Wang, W., Hu, M., Ren, B., Shen, Y.

10.1101/2023.08.30.555359

Gao, V. R., Yang, R., Das, A., Luo, R., Luo, H., McNally, D. R., Karagiannidis, I., Rivas, M. A., Wang, Z.-m., Barisic, D., Karbalayghareh, A., Wong, W., Zhan, Y., Chin, C. R., Noble, W. S., Bilmes, J. A., Apostolou, E., Kharas, M., Beguelin, W., Viny, A. D., Huangfu, D., Rudensky, A., Melnick, A., Leslie, C. S.

10.1101/2023.07.27.550836

Chiariello, A. M., Abraham, A., Bianco, S., Esposito, A., Vercellone, F., Conte, M., Fontana, A., Nicodemi, M.

10.1101/2023.07.27.550709

Zhao, Z., Parra, O. P., Musella, F., Scrutton-Alvarado, N., Fujita, S.-i., Alber, F., Yang, Y., Yamada, T.

10.1101/2023.07.19.549737

Zhou, T., Zhang, R., Jia, D., Doty, R. T., Munday, A. D., Gao, D., Xin, L., Abkowitz, J. L., Duan, Z., Ma, J.

10.1101/2023.07.20.549578

Liu, M., Jin, S., Agabiti, S. S., Jensen, T. B., Yang, T., Radda, J. S. D., Ruiz, C. F., Baldissera, G., Muzumdar, M. D., Wang, S.

10.1101/2023.07.23.550157

Murphy, D., Salataj, E., Di Giammartino, D. C., Rodriguez-Hernaez, J., Kloetgen, A., Garg, V., Char, E., Uyehara, C. M., Ee, L.-s., Lee, U., Stadtfeld, M., Hadjantonakis, A.-K., Tsirigos, A., Polyzos, A., Apostolou, E.

10.1101/2023.07.19.549714

Ren, X., Yang, H., Nierenberg, J. L., Sun, Y., Chen, J., Beaman, C., Pham, T., Nobuhara, M., Takagi, M. A., Narayan, V., Li, Y., Ziv, E., Shen, Y.

10.1101/2023.07.12.548736

Reffsin, S., Miller, J., Ayyanathan, K., Dunagin, M. C., Jain, N., Schultz, D. C., Cherry, S., Raj, A.

10.1101/2023.07.06.547955

10.1101/2023.06.28.546457

Pulecio, J., Tayyebi, Z., Liu, D., Wong, W., Luo, R., Damodaran, J. R., Kaplan, S., Cho, H., Yan, J., Murphy, D. J., Rickert, R., Shukla, A., Zhong, A., Gonzalez, F., Yang, D., Li, W., Zhou, T., Apostolou, E., Leslie, C., Huangfu, D.

10.1101/2023.06.14.544990

Post-transcriptional splicing can occur in a slow-moving zone around the gene

Cote, A. J., O'Farrell, A., Dardani, I., Dunagin, M., Cote, C. J., Wan, Y., Bayatpour, S., Drexler, H. L., Alexander, K. A., Chen, F., Wassie, A. T., Patel, R., Pham, K., Boyden, E. S., Berger, S., Phillips-Cremins, J., Churchman, L. S., Raj, A.

10.1101/2020.04.06.028092

SPIDR: a highly multiplexed method for mapping RNA-protein interactions uncovers a potential mechanism for selective translational suppression upon cellular stress

Wolin, E., Guo, J. K., Blanco, M. R., Perez, A. A., Goronzy, I. N., Abdou, A. A., Gorhe, D., Guttman, M., Jovanovic, M.

10.1101/2023.06.05.543769

10.1101/2023.05.24.542032

Takei, Y., Yang, Y., White, J., Yun, J., Prasad, M., Ombelets, L. J., Schindler, S., Cai, L.

10.1101/2023.05.07.539762

10.1101/2023.05.04.539153

Fang, H., Tronco, A. R., Bonora, G., Nguyen, T., Thakur, J., Berletch, J. B., Filippova, G.N., Henikoff, S., Shendure, J., Noble, W. S., Disteche, C.M., Deng, X.

10.1101/2023.05.04.539469

Zemke, N. R., Armand, E. J., Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, Y. E., Liu, H., Tian, W., Nery, J. R., Castanon, R. G., Bartlett, A., Osteen, J. K., Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Miller, M., Krienen, F. M., Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, S. A., Callaway, E. M., Wang, T., Behrens, M., Lein, E. S., Ecker, J. R., Ren, B.

10.1101/2023.04.08.536119

10.1101/2023.04.06.535849

Gunsalus, L. M., McArthur, E., Gjoni, K., Kuang, S., Pittman, M., Capra, J. A., Pollard, K. S.

10.1101/2023.04.04.535480

Southerland, K. W., Xu, Y., Peters, D. T., Wei, X., Lin, X., Xiang, Y., Fei, K., Olivere, L. A., Morowitz, J. M., Otto, J., Kontos, C. D., Diao, Y.

10.1101/2023.04.01.535211

10.1101/2023.03.30.534966

10.1101/2023.03.21.533670

10.1101/2023.02.22.529589

Ho, E. K., Oatman, H. R., McFann, S. E., Yang, L., Johnson, H. E., Shvartsman, S. Y., Toettcher, J. E.

10.1101/2023.03.09.531972

Luo, R., Yan, J., Oh, J. W., Xi, W., Shigaki, D., Wong, W., Cho, H., Murphy, D., Cutler, R., Rosen, B. P., Pulecio, J., Yang, D., Glenn, R., Chen, T., Li, Q. V., Vierbuchen, T., Sidoli, S., Apostolou, E., Huangfu, D., Beer, M. A.

10.1101/2023.03.07.531569

10.1101/2023.03.06.530899

10.1101/2023.02.22.529589

10.1101/2023.02.18.528138

Attar, S., Browning, V. E.., Liu, Y. Nichols, E.K., Tsue, A. F., Shechner, D.M., Shendure, J., Lieberman, J.A., Akilesh, S., Beliveau, B.J.

10.1101/2023.01.30.526264

10.1101/2023.01.18.524527

Jain, N., Goyal, Y., Dunagin, M. C., Cote, C. J., Mellis, I. A., Emert, B., Jiang, C. L., Dardani, I. P., Reffsin, S., Raj, A.

10.1101/2023.02.10.527870

10.1101/2023.02.06.527380

Ebrahimi, V., Stephan, T., Kim, J., Carravilla, P., Eggeling, C., Jakobs, S.,Kyu Young Han, K.Y.

10.1101/2023.01.26.525571

Singh, B. N., Tran, H., Kramer, J., Kirishenko, E., Changela, N., Wang, F., Feng, Y., Kumar, D., Tu, M., Lan, J., Bizet, M., Fuks, F., Steward, R.

10.1101/2023.01.03.522592

10.1101/2023.01.04.522664

Bhat, P., Chow, A., Emert, B., Ettlin, O., Quinodoz, S.A., Takei, Y., Huang, W., Blanco, M.R., Guttman, M.

10.1101/2023.01.04.522632

Zou, R. S., Liu, Y., Reyes Gaido, O. E., Konig, M. F., Mog, B. J., Shen, L. L., Aviles-Vazquez, F., Marin-Gonzalez, A., Ha, T.

10.1101/2022.10.29.514376

Anguera, M., Sierra, I., Nguyen, S. C., Barnett, R. J., Cook, A., Ryu, H.-S., Beethem, Z., Phillips-Cremins, J. E., Joyce, E. F.

10.1101/2022.10.19.512821

10.1101/2022.10.20.513057

Hildebrand, E. M., Polovnikov, K., Dekker, B., Liu, Y., Lafontaine, D. L., Fox, A. N., Li, Y., Venev, S. V., Mirny, L. A., Dekker, J.

10.1101/2022.10.15.511838

10.1101/2022.10.14.512199

10.1101/2022.09.16.508339

10.1101/2022.09.08.507172

Yang, J., Chung, C.-I., Koach, J., Liu, H., Zhao, Q., Yang, X., Shen, Y., Weiss, W. A., Shu, X.

10.1101/2022.06.28.498043

Liu, B., Ni, P., Cai, L., Shi, X., Ji, S., Ke, Z., Zhang, S., Hu, B., Yang, B., Xu, Y., Long, W., Fang, Z., Hu, H., Wang, Y., Zhang, W., Geng, H., Xu, Y., Zheng, X., Wang, Z., Zhang, B., Pan, K., Zhou, K., Cui, Y., Wang, H., Liu, B.

10.1101/2022.06.05.494796

10.1101/2022.08.11.503410

10.1101/2022.07.13.499982

Bara, A. M., Chen, L., Ma, C., Underwood, J., Moreci, R. S., Sumigray, K., Sun, T., Diao, Y., Verzi, M., Lechler, T.

10.1101/2022.07.26.501624

Nair, S., Barrett, A., Li, D., Raney, B. J., Lee, B. T., Kerpedjiev, P., Ramalingam, V., Pampari, A., Lekschas, F., Wang, T., Haeussler, M., Kundaje, A.

10.1101/2022.05.26.493621

Rodrigues, A., MacQuarrie, K. L., Freeman, E., Willis, A. B., Xu, Z., Alvarez, A. A., Ma, Y., Perez White, B. E., Foltz, D. R., Huang, S.

10.1101/2022.05.21.492846

Hasenson, S., Alkalay, E., Atrash, M. K., Boocholez, A., Gershbaum, J., Hochberg-Laufer, H., Shav-Tal, Y.

10.1101/2022.05.11.491451

Buquicchio, F. A., Fonseca, R., Belk, J. A., Evrard, M., Obers, A., Qi, Y., Daniel, B., Yost, K. E., Satpathy, A. T., Mackay, L. K.

10.1101/2022.05.04.490680

Sengupta, K., Denkiewicz, M., Chilinski, M., Szczepinska, T., Mollah, A. F., Korsak, S., D'Souza, R., Ruan, Y., Plewczynski, D.

10.1101/2022.04.28.489670

10.1101/2022.04.21.488684

Belk, J., Yao, W., Ly, N., Freitas, K., Chen, Y.-T., Shi, Q., Valencia, A., Shifrut, E., Kale, N., Yost, K., Duffy, C., Hwee, M., Miao, Z., Ashworth, A., Mackall, C., Marson, A., Carnevale, J., Vardhana, S., Satpathy, A.

10.1101/2022.04.20.488974

10.1101/2022.04.18.488683

NIPBL and WAPL balance cohesin activity to regulate chromatin folding and gene expression

Luppino, J. M., Field, A., Nguyen, S. C., Park, D. S., Shah, P. P., Lan, Y., Yunker, R., Jain, R., Adelman, K., Joyce, E. F.

10.1101/2022.04.19.488785

Alavattam, K. G., Mitzelfelt, K. A., Bonora, G., Fields, P. A., Yang, X., Chiu, H. S., Pabon, L., Bertero, A., Palpant, N. J., Noble, W. S., Murry, C. E.

10.1101/2022.04.15.488491

10.1101/2022.04.11.487945

Park, D. S., Nguyen, S. C., Isenhart, R., Shah, P. P., Kim, W., Barnett, R. J., Chandra, A., Luppino, J. M., Harke, J., Wai, M., Yang, R., Lan, Y., Yoon, S., Yunker, R., Vahedi, G., Phillips-Cremins, J. E., Jain, R., Joyce, E. F.

10.1101/2022.04.08.487672

10.1101/2022.03.25.485845

Dardani, I., Emert, B. L., Goyal, Y., Jiang, C. L., Kaur, A., Lee, J., Rouhanifard, S. H., Alicea, G. M., Fane, M. E., Xiao, M., Herlyn, M., Weeraratna, A. T., Raj, A.

10.1101/2022.03.16.484659

Henn, D., Zhao, D., Chen, K., Trotsyuk, A., Bonham, C. A., Fischer, K. S., Kehl, T., Fehlmann, T., Sivaraj, D., Greco, A. H., Moortgat Illouz, S. E., Padmanabhan, J., Barrera, J. A., Kneser, U., Lenhof, H.-P., Januszyk, M., Levi, B., Keller, A., Longaker, M. T., Qi, L. S., Gurtner, G. C.

10.1101/2022.03.14.484360

Fang, W., Bell, C. M., Sapirstein, A., Asami, S., Leeper, K., Zack, D. J., Ji, H., Kalhor, R.

10.1101/2022.02.13.480215

10.1101/2022.02.01.475239

10.1101/2022.01.18.476849

Zou, R. S., Marin-Gonzalez, A., Liu, Y., Liu, H. B., Shen, L., Dveirin, R., Luo, J. X. J., Kalhor, R., Ha, T.

10.1101/2022.01.18.476836

Calderon, L., Weiss, F. D., Beagan, J. A., Oliveira, M. S., Wang, Y.-F., Carroll, T., Dharmalingam, G., Gong, W., Tossell, K., de Paola, V., Whilding, C., Ungless, M. A., Fisher, A. G., Phillips-Cremins, J. E., Merkenschlager, M.

10.1101/2021.02.24.432639

Daniel, B., Yost, K. E., Sandor, K., Xia, Y., Qi, Y., Hiam-Galvez, K. J., Meier, S. L., Belk, J., Giles, J. R., Wherry, E. J., Chang, H., Egawa, T., Satpathy, A.

10.1101/2021.12.16.472900

Abdulhay, N. J., Hsieh, L. J., McNally, C. P., Ketavarapu, M., Kasinathan, S., Nanda, A. S., Ostrowski, M. S., Wu, K., Moore, C. M., Goodarzi, H., Narlikar, G. J., Ramani, V.

10.1101/2021.12.10.472156

10.1101/2021.03.31.437978

Xu, M., Chigumira, T., Chen, Z., Tones, J., Zhao, R., Dahl, K. N., Chenoweth, D. M., Zhang, H.

10.1101/2021.12.03.471109

10.1101/2021.11.26.470134

Wang, J., Lareau, C. A., Bautista, J. L., Gupta, A. R., Sandor, K., Germino, J., Yin, Y., Arvedson, M. P., Reeder, G. C., Cramer, N. T., Xie, F., Ntranos, V., Satpathy, A. T., Anderson, M. S., Gardner, J. M.

10.1101/2021.11.05.467513

Conte, M., Irani, E., Chiariello, A. M., Abraham, A., Bianco, S., Esposito, A., Nicodemi, M.

10.1101/2021.11.02.466589

Luan, J., Syrett, C. M., Vermunt, M. W., Cote, A., Tome, J. M., Zhang, H., Huang, A., Luppino, J. M., Keller, C. A., Giardine, B. M., Zhang, S., Dunagin, M. C., Zhang, Z., Joyce, E. F., Lis, J. T., Raj, A., Hardison, R. C., Blobel, G. A.

10.1101/2021.10.30.465508

10.1101/2021.10.21.465351

Reiff, S. B., Schroeder, A. J., Kirli, K., Cosolo, A., Bakker, C., Mercado, L., Lee, S. B., Veit, A. D., Balashov, A. K., Vitzthum, C., Ronchetti, W., Pitman, K. M., Johnson, J., Ehmsen, S. R., Kerpedjiev, P., Abdennur, N. A., Imakaev, M., Ozturk, S. U., Camoglu, U., Mirny, L., Gehlenborg, N., Alver, B. H., Park, P. J.

10.1101/2021.10.14.464435

Singh, A. P., Wu, P., Ryabichko, S., Raimundo, J., Swan, M., Wieschaus, E., Gregor, T., Toettcher, J. E.

10.1101/2021.10.13.464280

Kersten, K., Hu, K. H., Combes, A. J., Samad, B., Harwin, T., Ray, A., Rao, A. A., Cai, E., Marchuk, K., Artichoker, J., Courau, T., Shi, Q., Belk, J., Satpathy, A. T., Krummel, M. F.

10.1101/2021.09.27.461866

Pai, J. A., Chow, A., Sauter, J., Mattar, M., Rizvi, H., Woo, H. J., Shah, N., Uddin, F., Quintanal-Villalonga, A., Chan, J. M., Manoj, P., Allaj, V., Baine, M., Chaft, J. E., Plodkowski, A. J., Won, H., Wells, D., Donoghue, M. T. A., de Stanchina, E., Sen, T., Wolchok, J. D., Houck-Loomis, B., Merghoub, T., Rudin, C. M., Satpathy, A. T., Hellmann, M. D.

10.1101/2021.09.27.461389

10.1101/2021.08.24.457552

10.1101/2021.08.24.457555

Xia, Y., Sandor, K., Pai, J. A., Daniel, B., Raju, S., Wu, R., Hsiung, S., Qi, Y., Yangdon, T., Okamoto, M., Schreiber, R. D., Murphy, K. M., Satpathy, A. T., Egawa, T.

10.1101/2021.08.06.455141

Jiang, C. L., Goyal, Y., Jain, N., Wang, Q., Truitt, R. E., Cote, A. J., Emert, B., Mellis, I. A., Kiani, K., Yang, W., Jain, R., Raj, A.

10.1101/2021.08.08.455532

Spracklin, G., Abdennur, N. A., Imakaev, M., Chowdhury, N., Pradhan, S., Mirny, L., Dekker, J.

10.1101/2021.08.05.455340

Wang, R., Lee, J.-H., Xiong, F., Kim, J., Al Hasani, L., Yuan, X., Shivshankar, P., Krakowiak, J., Qi, C., Wang, Y., Eltzschig, H. K., Li, W.

10.1101/2021.07.20.453146

Yildirim, A., Hua, N., Boninsegna, L., Polles, G., Gong, K., Hao, S., Li, W., Zhou, X. J., Alber, F.

10.1101/2021.07.11.451976

Daniel, B., Belk, J. A., Meier, S. L., Chen, A. Y., Sandor, K., Qi, Y., Kitano, H., Wheeler, J. R., Foster, D. S., Januszyk, M. S., Longaker, M. T., Chang, H. Y., Satpathy, A. T.

10.1101/2021.06.24.449850

10.1101/2021.06.21.449316

Calandrelli, R., Wen, X., Nguyen, T. C., Chen, C.-J., Qi, Z., Chen, W., Yan, Z., Wu, W., Zaleta-Rivera, K., Hu, R., Yu, M., Wang, Y., Ma, J., Ren, B., Zhong, S.

10.1101/2021.06.10.447969

10.1101/2021.06.09.447760

Qiu, C., Cao, J., Li, T., Srivatsan, S., Huang, X., Calderon, D., Noble, W. S., Disteche, C. M., Spielmann, M., Moens, C. B., Trapnell, C., Shendure, J.

10.1101/2021.06.08.447626

10.1101/2021.06.06.447300

Rigano, A., Ehmsen, S., Ozturk, S. U., Ryan, J., Balashov, A., Hammer, M., Kirli, K., Bellve, K., Boehm, U., Brown, C. M., Chambers, J. J., Coleman, R. A., Cosolo, A., Faklaris, O., Fogarty, K., Guilbert, T., Hamacher, A. B., Itano, M. S., Keeley, D. P., Kunis, S., Lacoste, J., Laude, A., Ma, W., Marcello, M., Montero-Llopis, P., Nelson, G., Nitschke, R., Pimentel, J. A., Weidtkamp-Peters, S., Park, P. J., Alver, B., Grunwald, D., Strambio-De-Castillia, C.

10.1101/2021.05.31.446382

Winick-Ng, W., Kukalev, A., Harabula, I., Zea Redondo, L., Meijer, M., Serebreni, L., Bianco, S., Szabo, D., Chiariello, A. M., Irastorza Azcarate, I., Fiorillo, L., Musella, F., Thieme, C., Irani, E., Torlai Triglia, E., Kolodziejczyk, A. A., Abentung, A., Apostolova, G., Paul, E. J., Franke, V., Kempfer, R., Akalin, A., Teichmann, S., Dechant, G., Ungless, M. A., Nicodemi, M., Castelo-Branco, G., Pombo, A.

10.1101/2020.04.02.020990

Takei, Y., Zheng, S., Yun, J., Shah, S., Pierson, N., White, J., Schindler, S., Tischbirek, C., Yuan, G.-C., Cai, L.

10.1101/2021.04.26.441547

Hammer, M., Huisman, M., Rigano, A., Boehm, U., Chambers, J. J., Gaudreault, N., North, A. J., Pimentel, J. A., Sudar, D., Bajcsy, P., Brown, C. M., Corbett, A. D., Faklaris, O., Lacoste, J., Laude, A., Nelson, G., Nitschke, R., Farzam, F., Smith, C., Grunwald, D., Strambio-De-Castillia, C..

10.1101/2021.04.25.441198

Maximiliaan Huisman, Mathias Hammer, Alex Rigano, Ulrike Boehm, James J. Chambers, Nathalie Gaudreault, Alison J. North, Jaime A. Pimentel, Damir Sudar, Peter Bajcsy, Claire M. Brown, Alexander D. Corbett, Orestis Faklaris, Judith Lacoste, Alex Laude, Glyn Nelson, Roland Nitschke, David Grunwald, Caterina Strambio-De-Castillia

10.1101/2021.04.16.440239

10.1101/2021.03.31.436355

Esposito, A., Bianco, S., Chiariello, A. M., Abraham, A., Fiorillo, L., Conte, M., Campanile, R., Nicodemi, M.

10.1101/2021.03.01.433416

Zazhytska, M., Kodra, A., Hoagland, D. A., Fullard, J., Shayya, H. J., Omer, A., Firestein, S., Gong, Q., Canoll, P., Goldman, J. E., Roussos, P., tenOever, B. R., Overdevest, J. B., Lomvardas, S.

10.1101/2021.02.09.430314

10.1101/2021.01.06.425599

Emerson, D. J., Zhao, P. A., Klein, K., Ge, C., Zhou, L., Sasaki, T., Yang, L., Venvev, S. V., Gibcus, J. H., Dekker, J., Gilbert, D. M., Phillips-Cremins, J. E.

10.1101/2021.01.05.425437

Akgol Oksuz, B., Yang, L., Abraham, S., Venev, S. V., Krietenstein, N., Parsi, K. M., Ozadam, H., Oomen, M. E., Nand, A., Mao, H., Genga, R. M. J., Maehr, R., Rando, O., Mirny, L., Gibcus, J. H., Dekker, J.

10.1101/2020.12.26.424448

10.1101/2020.12.24.424222

10.1101/2020.11.02.366062

Sanborn, A. L., Yeh, B. T., Feigerle, J. T., Hao, C. V., Townshend, R. J. L., Aiden, E. L., Dror, R. O., Kornberg, R. D.

10.1101/2020.12.18.423551

Yu, M., Abnousi, A., Zhang, Y., Li, G., Lee, L., Chen, Z., Fang, R., Wen, J., Sun, Q., Li, Y., Ren, B., Hu, M.

10.1101/2020.12.13.422543

10.1101/2020.12.13.422537

10.1101/2020.11.29.383067

Jimenez Sabinina, V., Hossain, M. J., Heriche, J.-K., Hoess, P., Nijmeijer, B., Mosalaganti, S., Kueblbeck, M., Callegari, A., Szymborska, A., Beck, M., Ries, J., Ellenberg, J.

10.1101/2020.11.27.386599

10.1101/2020.11.26.400739

Swygert, S. G., Lin, D., Portillo-Ledesma, S., Lin, P.-Y., Hunt, D. R., Kao, C.-F., Schlick, T., Noble, W. S., Tsukiyama, T.

10.1101/2020.11.24.396713

Bonora, G., Ramani, V., Singh, R., Fang, H., Jackson, D., Srivatsan, S., Qiu, R., Lee, C., Trapnell, C., Shendure, J., Duan, Z., Deng, X., Noble, W. S., Disteche, C. M.

10.1101/2020.11.20.390765

Ypsilanti, A. R., Pattabiraman, K., Catta-Preta, R., Golonzhka, O., Lindtner, S., Tang, K., Jones, I., Abnousi, A., Juric, I., Hu, M., Shen, Y., Dickel, D. E., Visel, A., Pennachio, L. A., Hawrylycz, M., Thompson, C., Zeng, H., Barozzi, I., Nord, A. S., Rubenstein, J. L. R.

10.1101/2020.11.03.366914

10.1101/2020.10.28.359869

10.1101/2020.10.27.357756

10.1101/2020.10.26.356329

Speiser, A., Müller, L.-R., Matti, U., Obara, C. J., Legant, W. R., Kreshuk, A., Macke, J. H., Ries, J., Turaga, S. C.

10.1101/2020.10.26.355164

Dequeker, B. J. H., Brandao, H. B., Scherr, M. J., Gassler, J., Powell, S., Gaspar, I., Flyamer, I. M., Tang, W., Stocsits, R., Davidson, I. F., Peters, J.-M., Duderstadt, K. E., Mirny, L. A., Tachibana, K.

10.1101/2020.10.15.340356

Strom, A. R., Biggs, R. J., Banigan, E. J., Wang, X., Chiu, K., Herman, C., Collado, J., Yue, F., Ritland Politz, J. C., Tait, L. J., Scalzo, D., Telling, A., Groudine, M., Brangwynne, C. P., Marko, J., Stephens, A. D.

10.1101/2020.10.09.331900

Janssens, D., Meers, M. P., Wu, S. J., Babaeva, E., Meshinchi, S., Sarthy, J. F., Ahmad, K., Henikoff, S.

10.1101/2020.10.06.328948

10.1101/2019.12.20.885533

Marin, Z., Graff, M., Barentine, A. E. S., Soeller, C., Chung, K. K. H., Fuentes, L. A., Baddeley, D.

10.1101/2020.09.29.315671

Courchaine, E. M., Barentine, A. E. S., Straube, K., Bewersdorf, J., Neugebauer, K. M.

10.1101/2020.09.15.297994

10.1101/2020.08.31.276402

Bashkirova, E., Monahan, K., Campbell, C. E., Osinski, J. M., Tan, L., Schieren, I., Barnea, G., Xie, S., Gronostajski, R. M., Lomvardas, S.

10.1101/2020.08.30.274035

Geusz, R. J., Wang, A., Lam, D. K., Vinckier, N. K., Alysandratos, K.-D., Roberts, D. A., Wang, J., Kefalopoulou, S., Qiu, Y., Chiou, J., Gaulton, K. J., Ren, B., Kotton, D. N., Sander, M.

10.1101/2020.08.28.263020

Quinodoz, S. A., Bhat, P., Ollikainen, N., Jachowicz, J. W., Banerjee, A. K., Chovanec, P., Blanco, M. R., Chow, A., Markaki, Y., Plath, K., Guttman, M.

10.1101/2020.08.25.267435

10.1101/2020.08.19.254706

Arrastia, M. V., Jachowicz, J. W., Ollikainen, N., Curtis, M. S., Lai, C., Quinodoz, S., Selck, D. A., Guttman, M., Ismagilov, R. F.

10.1101/2020.08.11.242081

10.1101/2020.07.31.231027

Beagrie, R. A., Thieme, C. J., Annunziatella, C., Baugher, C., Zhang, Y., Schueler, M., Kramer, D. C., Chiariello, A. M., Bianco, S., Kukalev, A., Li, Y., Kempfer, R., Scialdone, A., Welch, L. A., Nicodemi, M., Pombo, A.

10.1101/2020.07.31.230284

10.1101/2020.07.29.227199

Bokota, G., Sroka, J., Basu, S., Das, N., Trzaskoma, P., Yushkevich, Y., Grabowska, A., Magalska, A., Plewczynski, D.

10.1101/2020.07.16.206789

Feng, Y., Wang, Y., Wang, X., He, X., Yang, C., Naseri, A., Pederson, T., Zheng, J., Zhang, S., Xiao, X., Xie, W., Ma, H.

10.1101/2020.07.15.204719

Huang, H., Zhu, Q., Jussila, A., Han, Y., Bintu, B., Kern, C., Conte, M., Zhang, Y., Bianco, S., Chiariello, A., Yu, M., Hu, R., Juric, I., Hu, M., Nicodemi, M., Zhuang, X., Ren, B.

10.1101/2020.07.07.192526

Singh, R., Demetci, P., Bonora, G., Ramani, V., Lee, C., Fang, H., Duan, Z., Deng, X., Shendure, J., Disteche, C., Noble, W. S.

10.1101/2020.06.13.149195

Mellis, I. A., Edelstein, H. I., Truitt, R., Beck, L. E., Symmons, O., Goyal, Y., Dunagin, M. C., Linares Saldana, R. A., Shah, P. P., Yang, W., Jain, R., Raj, A.

10.1101/2020.06.11.147207

10.1101/2020.06.03.128561

10.1101/2020.05.26.116962

10.1101/2020.05.16.099275

Schep, R., Brinkman, E. K., Leemans, C., Vergara, X., Morris, B., van Schaik, T., Manzo, S. G., Peric Hupkes, D., van den Berg, J., Beijersbergen, R., Medema, R. H., van Steensel, B.

10.1101/2020.05.05.078436

10.1101/2020.04.28.066787

10.1101/2020.04.27.060061

10.1101/2020.04.27.060145

Fiorillo, L., Musella, F., Kempfer, R., Chiariello, A. M., Bianco, S., Kukalev, A., Irastorza-Azcarate, I., Esposito, A., Conte, M., Prisco, A., Pombo, A., Nicodemi, M.

10.1101/2020.04.24.059915

Chen, Z., Shaw, A., Wilson, H., Woringer, M., Darzacq, X., Marqusee, S., Wang, Q., Bustamante, C.

10.1101/2020.04.10.036442

Cote, A. J., Cote, C. J., Bayatpour, S., Drexler, H. L., Alexander, K. A., Chen, F., Wassie, A. T., Boyden, E. S., Berger, S., Churchman, L. S., Raj, A.

10.1101/2020.04.06.028092

Kubo N., Ishii, H., Xiong, X., Bianco, S., Meitinger, F., Hu, R., Hocker, J.D., Conte, M., Gorkin, D., Yu, M., Li, B., Dixon, J.R., Hu, M., Nicodemi, M., Zhao, H., Ren, B.

10.1101/2020.03.21.001693

Cheng, R. R., Contessoto, V., Aiden, E. L., Wolynes, P. G., Di Pierro, M., Onuchic, J. N.

10.1101/2020.03.21.001917

10.1101/2020.03.18.997163

10.1101/2020.03.18.997494

Emert, B., Cote, C., Torre, E. A., Dardani, I. P., Jiang, C., Jain, N., Shaffer, S. M., Raj, A.

10.1101/2020.03.18.996660

10.1101/2020.03.10.986208

Wang, Y., Zhang, Y., Zhang, R., van Schaik, T., Zhang, L., Sasaki, T., Hupkes, D. P., Chen, Y., Gilbert, D. M., van Steensel, B., Belmont, A. S., Ma, J.

10.1101/2020.03.09.982967

10.1101/2020.03.05.979070

10.1101/2020.03.03.975680

10.1101/2020.02.29.971317

Iyyanki, T. S., Zhang, B., Jin, Q., Yang, H., Liu, T., Wang, X., Song, F., Luan, Y., Yamashita, H., Wang, L., Warrick, J., Raman, J., Meeks, J., DeGraff, D. J., Yue, F.

10.1101/2020.02.26.966697

10.1101/2020.02.27.968578

Yang, H., Zhang, H., Luan, Y., Liu, T., Roberts, K. G., Qian, M., Zhang, B., Yang, W., Perez-Andreu, V., Xu, J., Iyyanki, S., Kuang, D., Reshmi, S. C., Gastier-Foster, J., Smith, C., Pui, C., Evans, W. E., Hunger, S. P., Platanias, L. C., Relling, M. V., Mullighan, C. G., Loh, M. L., Yue, F., Yang, J. J.

10.1101/2020.02.23.961672

Feng, Y., Wang, Y., Yang, C., Naseri, A., Pederson, T., Zheng, J., Xiao, X., Zhang, S., Xie, W., Ma, H.

10.1101/2020.02.18.954610

Welch, L. R., Baugher, C., Zhang, Y., Davis, T., Marzluff, W. F., Welch, J. D., Pombo, A.

10.1101/2020.02.10.941047

Flynn, J., Purushotham, D., Choudhary, M. N., Zhuo, X., Fan, C., Matt, G., Li, D., Wang, T.

10.1101/2020.02.07.939124

Trzaskoma, P., Ruszczycki, B., Lee, B., Pels, K. K., Krawczyk, K., Bokota, G., Szczepankiewicz, A. A., Aaron, J., Walczak, A., Sliwinska, M., Magalska, A., Kadloff, M., Wolny, A., Parteka, Z., Arabasz, S., Kiss- Arabasz, M., Plewczynski, D., Ruan, Y., Wilczynski, G. M.

10.1101/2020.02.05.935106

Markowski, J., Kempfer, R., Kukalev, A., Irastorza-Azcarate, I., Loof, G., Pombo, A., Schwarz, R. F.

10.1101/2020.01.30.927061

10.1101/2020.01.22.916171

Ma, J., Do, M., Le Gros, M. A., Peskin, C. S., Larabell, C. A., Mori, Y., Isaacson, S. A.

10.1101/2020.01.16.909333

Shaffer, S. M., Emert, B. L., Reyes-Hueros, R., Cote, C., Harmange, G., Sizemore, A. E., Gupte, R., Torre, E., Singh, A., Bassett, D. S., Raj, A.

10.1101/2019.12.19.881979

Humble, E., Dobrynin, P., Senn, H., Chuven, J., Scott, A. F., Mohr, D. W., Dudchenko, O., Omer, A. D., Colaric, Z., Lieberman Aiden, E., Wildt, D., Oliagi, S., Tamazian, G., Pukazhenthi, B., Ogden, R., Koepfli, K.-P.

Iyer, S., Mir, A., Ibraheim, R., Lee, J., VegaBadillo, J., Roscoe, B., Zhu, L. J., Liu, P., Luk, K., Mintzer, E., de Brito, J. S., Zamore, P., Sontheimer, E. J., Wolfe, S.

Kim, H.-J., Yardimici, G. G., Bonora, G., Ramani, V., Liu, J., Qiu, R., Lee, C., Hesson, J., Ware, C. B., Shendure, J., Duan, Z., Noble, W. S.

Torre, E. A., Arai, E., Bayatpour, S., Beck, L. E., Emert, B. L., Shaffer, S. M., Mellis, I. A., Fane, M., Alicea, G., Budinich, K. A., Weeraratna, A., Shi, J., Raj, A.

Huisman, M., Hammer, M., Rigano, A., Farzam, F., Gopinathan, R., Smith, C., Grunwald, D., Strambio-De-Castillia, C.

Cremer, M., Brandstetter, K., Maiser, A., Rao, S. S., Schmid, V., Mitra, N., Mamberti, S., Klein, K. N., Gilbert, D. M., Leonhardt, H., Cardoso, M. C., Lieberman Aiden, E., Harz, H., Cremer, T.

Riback, J. A., Zhu, L., Ferrolino, M. C., Tolbert, M., Mitrea, D. M., Sanders, D. W., Wei, M.-T., Kriwacki, R. W., Brangwynne, C. P.

Wutz, G., St. Hilaire, B. T. G., Ladurner, R., Stocsits, R., Nagasaka, K., Pignard, B., Sanborn, A., Tang, W., Varnai, C., Ivanov, M., Schoenfelder, S., van der Lelij, P., Huang, X., Duernberger, G., Roitinger, E., Mechtler, K., Davidson, I. F., Fraser, P., Aiden, E. L., Peters, J. M.

Kenworthy, C. A., Liou, S.-H., Chandris, P., Wong, V., Dziuba, P., Lavis, L. D., Liu, W.-L., Singer, R. H., Coleman, R. A.

Salameh, T. J., Wang, X., Song, F., Zhang, B., Wright, S. M., Khunsriraksakul, C., Yue, F.

Wang, H., Nakamura, M., Zhao, D., Nguyen, C. M., Yu, C., Lo, A., Daley, T., La Russa, M., Liu, Y., Qi, L. S.

Calandrelli, R., Xu, L., Luo, Y., Wu, W., Fan, X., Nguyen, T., Chen, C., Sriram, K., Natarajan, R., Chen, Z., Zhong, S.

Schuh, L., Saint-Antoine, M., Sanford, E., Emert, B., Singh, A., Marr, C., Goyal, Y., Raj, A.

Belaghzal, H., Borrman, T., Stephens, A. D., Lafontaine, D. L., Venev, S. V., Marko, J. F., Weng, Z., Dekker, J.

FANG, H., Bonora, G., Lewandowski, J., Thakur, J., Filippova, G. N., Henikoff, S., Shendure, J., Duan, Z., Rinn, J., Deng, X., Noble, W. S., Disteche, C. M.

Farrants, H., Tarnawski, M., Müller, T. G., Otsuka, S., Hiblot, J., Koch, B., Kueblbeck, M., Kräusslich, H.-G., Ellenberg, J., Johnsson, K.

Brueckner, L., Zhao, P. A., van Schaik, T., Leemans, C., Sima, J., Peric-Hupkes, D., Gilbert, D. M., van Steensel, B.

Wang, S., Lee, S., Chu, C., Jain, D., Nelson, G., Walsh, J. M., Alver, B. H., Park, P. J.

Krietenstein, N., Abraham, S., Venev, S., Abdennur, N., Gibcus, J., Hsieh, T.-H., Parsi, K. M., Yang, L., Maehr, R., Mirny, L., Dekker, J., Rando, O.

Hsieh, T.-H. S., Slobodyanyuk, E., Hansen, A. S., Cattoglio, C., Rando, O. J., Tjian, R., Darzacq, X.

Chen, C., Yu, W., Tober, J., Gao, P., He, B., Lee, K., Trieu, T., Blobel, G., Speck, N., Tan, K.

Frei, M. S., Hoess, P., Lampe, M., Nijmeijer, B., Kueblbeck, M., Ellenberg, J., Ries, J., Pitsch, S., Reymond, L., Johnsson, K.

Ruan, Y., Plewczynski, D., Zhu, J. J., Parteka, Z., Lee, B., Szalaj, P., Wang, P., Jodkowska, K., Arron, J., Chew, T. L.

Zhang, H., Emerson, D., Gilgenast, T., Titus, K., Lan, Y., Huang, P., Zhang, D., Wang, H., Keller, C., Giardine, B., Hardison, R., Phillips-Cremins, J., Blobel, G.

Gorkin, D., Qiu, Y., Hu, M., Fletez-Brant, K., Liu, T., Schmitt, A., Noor, A., Chiou, J., Gaulton, K., Sebat, J., Li, Y., Hansen, K., Ren, B.

Schlichthaerle, T., Strauss, M. T., Schueder, F., Auer, A., Nijmeijer, B., Kueblbeck, M., Jimenez Sabinina, V., Thevatasan, J. V., Ries, J., Ellenberg, J., Jungmann, R.

Thevathasan, J. V., Kahnwald, M., Cieslinski, K., Hoess, P., Peneti, S. K., Reitberger, M., Heid, D., Kasuba, K. C., Hoerner, S. J., Li, Y., Wu, Y.-L., Mund, M., Matti, U., Pereira, P. M., Henriques, R., Nijmeijer-Winter, B., Kueblbeck, M., Jimenez Sabinina, V., Ellenberg, J., Ries, J.

Ramani, V., Deng, X., Qiu, R., Lee, C., Disteche, C. M., Noble, W. S., Duan, Z., Shendure, J.

Kaya-Okur, H. S., Wu, S. J., Codomo, C. A., Pledger, E. S., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S.

Holzmann, J., Politi, A. Z., Nagasaka, K., Hantsche-Grininger, M., Walther, N., Koch, B., Fuchs, J., Dürnberger, G., Tang, W., Ladurner, R., Stocsits, R. R., Busslinger, G. A., Novak, B., Mechtler, K., Davidson, I. F., Ellenberg, J., Peters, J.-M.

Cattoglio, C., Pustova, I., Walther, N., Ho, J. J., Hantsche-Grininger, M., Inouye, C. J., Hossain, M. J., Dailey, G. M., Ellenberg, J., Darzacq, X., Tjian, R., Hansen, A. S.

Cnossen, J., Hinsdale, T., Thorsen, R., Schueder, F., Jungmann, R., Smith, C. S., Rieger, B., Stallinga, S.

Bertero, A., Fields, P. A., Smith, A. S., Leonard, A., Beussman, K., Sniadecki, N. J., Kim, D.-H., Tse, H.-F., Pabon, L., Shendure, J., Noble, W. S., Murry, C. E.

Jean-Baptiste, K., McFaline-Figueroa, J. L., Alexandre, C. M., Dorrity, M. W., Saunders, L., Bubb, K. L., Trapnell, C., Fields, S., Queitsch, C., Cuperus, J. T.

Paliou, C., Guckelberger, P., Schöpflin, R., Heinrich, V., Esposito, A., Chiariello, A. M. M., Bianco, S., Annunziatella, C., Helmuth, J., Haas, S., Jerkovic, I., Brieske, N., Wittler, L., Timmermann, B., Nicodemi, M., Vingron, M., Mundlos, S., Andrey, G.

Capurso, D., Wang, J., Tian, S. Z., Cai, L., Namburi, S., Lee, B., Tjong, H., Tang, Z., Wang, P., Wei, C.-L., Ruan, Y., Li, S.

Cheng, L.-C., Baboo, S., Lindsay, C., Brusman, L. E., Martinez-Bartolome, S., Tapia, O., Zhang, X., Yates, J. R., Gerace, L.

Yan, Z., Huang, N., Wu, W., Chen, W., Jiang, Y., Chen, J., Huang, X., Wen, X., Xu, J., Jin, Q., Zhang, K., Chen, Z., Chien, S., Zhong, S.

Dudchenko, O., Pham, M., Lui, C., Batra, S. S., Hoeger, M., Nyquist, S. K., Durand, N. C., Shamim, M. S., Machol, I., Erskine, W., Aiden, E. L., Kaur, P.

Leemans, C., van der Zwalm, M., Brueckner, L., Comoglio, F., van Schaik, T., Pagie, L., van Arensbergen, J., van Steensel, B.

GHOSH, R. P., SHI, Q., YANG, L., REDDICK, M. P., NIKITINA, T., ZHURKIN, V. B., FORDYCE, P., STASEVICH, T. J., CHANG, H. Y., GREENLEAF, W. J., LIPHARDT, J. T.

AlHaj Abed, J., Erceg, J., Goloborodko, A., Nguyen, S. C., McCole, R. B., Saylor, W., Fudenberg, G., Lajoie, B. R., Dekker, J., Mirny, L. A., Wu, T.

Erceg, J., AlHaj Abed, J., Goloborodko, A., Lajoie, B. R., Fudenberg, G., Abdennur, N., Imakaev, M., McCole, R. B., Nguyen, S. C., Saylor, W., Joyce, E. F., Senaratne, T. N., Hannan, M. A., Nir, G., Dekker, J., Mirny, L. A., Wu, C.-t.

Abdennur, N., Schwarzer, W., Pekowska, A., Shaltiel, I. A., Huber, W., Haering, C. H., Mirny, L., Spitz, F.

Stephens, A. D., Liu, P. Z., Kandula, V., Chen, H., Almassalha, L. M., Backman, V., O'Halloran, T., Adam, S. A., Goldman, R. D., Banigan, E. J., Marko, J. F.

Sadowski, M., Kraft, A., Szalaj, P., Wlasnowolski, M., Tang, Z., Ruan, Y., Plewczynski, D.

Juric, I., Yu, M., Abnousi, A., Raviram, R., Fang, R., Zhao, Y., Zhang, Y., Yang, Y., Li, Y., Ren, B., Hu, M.

Sinnamon, J. R., Torkenczy, K. A., Linhoff, M. W., Vitak, S. A., Pliner, H. A., Trapnell, C., Steemers, F. J., Mandel, G., Adey, A. C.

Lawlor, N., Marquez, E. J., Orchard, P., Narisu, N., Shamim, M. S., Thibodeau, A., Varshney, A., Kursawe, R., Erdos, M. R., Kanke, M., Gu, H., Pak, E., Dutra, A., Russell, S., Li, X., Piecuch, E., Luo, O., Chines, P. S., Fuchbserger, C., Sethupathy, P., Aiden, A. P., Ruan, Y., Aiden, E. L., Collins, F. S., Ucar, D., Parker, S. C. J., Stitzel, M. L.

Rieger, B., Stallinga, S., Hulleman, C. N., Thorsen, R. O., Grunwald, D., Hammer, M.

Sun, Z., Chen, L., Xin, H., Huang, Q., Cillo, A., Tabib, T., Ding, Y., Kolls, J., Bruno, T., Lafyatis, R., Vignali, D., Chen, K., Hu, M., Chen, W.

McSwiggen, D. T., Hansen, A. S., Marie-Nelly, H., Teves, S., Heckert, A., Dugast-Darzacq, C., Hao, Y., Umemoto, K. K., Tjian, R., Darzacq, X.

Nir, G., Farabella, I., Perez Estrada, C., Ebeling, C. G., Beliveau, B. J., Sasaki, H. M., Lee, S. H., Nguyen, S. C., McCole, R. B., Chattoraj, S., Erceg, J., AlHaj Abed, J., Martins, N. M. C., Nguyen, H. Q., Hannan, M. A., Russell, S., Durand, N. C., Rao, S. S. P., Kishi, J. Y., Soler-Vila, P., Di Pierro, M., Onuchic, J. N., Callahan, S., Schreiner, J., Stuckey, J., Yin, P., Lieberman Aiden, E., Marti-Renom, M. A., Wu, C.- t.

Rege, M., Kim, J. H., Valeri, J., Dunagin, M., Metzger, A., Gong, W., Beagan, J., Raj, A., Phillips-Cremins, J. E.

Jarvis, J. N., Zhu, L., Jiang, K., Wong, L., Buck, M. J., Chen, Y., Moncrief, H., Macintosh, L. A., Liu, T., Sing, X., Li, D., Wang, T., O'Neil, K. M.

Boehning, M., Dugast-Darzacq, C., Rankovic, M., Hansen, A. S., Yu, T.-K., Marie-Nelly, H., McSwiggen, D. T., Kokic, G., Dailey, G. M., Cramer, P., Darzacq, X., Zweckstetter, M.

Yin, Y., Jiang, Y., Berletch, J. B., Disteche, C. M., Noble, W. S., Steemers, F. J., Adey, A. C., Shendure, J. A.

Kerpedjiev, P., Abdennur, N., Lekschas, F., McCallum, C., Dinkla, K., Strobelt, H., Luber, J. M., Ouellette, S. B., Azhir, A., Kumar, N., Hwang, J., Lee, S., Alver, B. H., Pfister, H., Mirny, L. A., Park, P. J., Gehlenborg, N.

Kim, J.-S., He, X., Liu, J., Duan, Z., Kim, T., Gerard, J., Kim, B., Lane, W. S., Noble, W. S., Budnik, B., Waldman, T.

Chong, S., Dugast-Darzacq, C., Liu, Z., Dong, P., Dailey, G., Cattoglio, C., Banala, S., Lavis, L., Darzacq, X., Tjian, R.

Rouhanifard, S. H., Mellis, I. A., Dunagin, M., Bayatpour, S., Symmons, O., Cote, A., Raj, A.

Chen, Y., Zhang, Y., Wang, Y., Zhang, L., Brinkman, E. K., Adam, S. A., Goldman, R., van Steensel, B., Ma, J., Belmont, A. S.

Pereira, M. C. F., Brackley, C. A., Michieletto, D., Annunziatella, C., Bianco, S., Chiariello, A. M., Nicodemi, M., Marenduzzo, D.

Gibcus, J. H., Samejima, K., Goloborodko, A., Samejima, I., Naumova, N., Kanemaki, M., Xie, L., Paulson, J. R., Earnshaw, W. C., Mirny, L. A., Dekker, J.

Bortnick, A., He, Z., Aubrey, M., Chandra, V., Denholtz, M., Chen, K., Lin, Y. C., Murre, C.

Walther, N., Hossain, M. J., Politi, A. Z., Koch, B., Kueblbeck, M., Oedegaard-Fougner, O., Lampe, M., Ellenberg, J.

Sima, J., Chakraborty, A., Dileep, V., Michalski, M., Rivera-Mulia, J. C., Trevilla-Garcia, C., Klein, K. N., Bartlett, D., Washburn, B. K., Paulsen, M. T., Vera, D., Nora, E. P., Kraft, K., Mundlos, S., Bruneau, B. G., Ljungman, M., Fraser, P., Ay, F., Gilbert, D. M.

Bracha, D., Walls, M. T., Wei, M.-T., Zhu, L., Kurian, M., Toettcher, J. E., Brangwynne, C. P.

Yang, Y., Gu, Q., Zhang, Y., Sasaki, T., Crivello, J., O'Neill, R. J., Gilbert, D. M., Ma, J.

Huang, M., Wang, J., Torre, E., Dueck, H., Shaffer, S., Bonasio, R., Murray, J., Raj, A., Li, M., Zhang, N. R.

Barton, C., Morganella, S., Oedegaard, O., Alexander, S., Ries, J., Fitzgerald, T., Ellenberg, J., Birney, E.

Yardımcı, G. G., Ozadam, H., Sauria, M. E. G., Ursu, O., Yan, K.-K., Yang, T., Chakraborty, A., Kaul, A., Lajoie, B. R., Song, F., Zhan, Y., Ay, F., Gerstein, M., Kundaje, A., Li, Q., Taylor, J., Yue, F., Dekker, J., Noble, W. S.

Gao, X. D., Tu, L.-C., Mir, A., Rodriguez, T., Ding, Y., Leszyk, J., Dekker, J., Shaffer, S. A., Zhu, L. J., Wolfe, S. A., Sontheimer, E. J.

Dudchenko, O., Shamim, M. S., Batra, S., Durand, N. C., Musial, N. T., Mostofa, R., Pham, M., Glenn St Hilaire, B., Yao, W., Stamenova, E., Hoeger, M., Nyquist, S. K., Korchina, V., Pletch, K., Flanagan, J. P., Tomaszewicz, A., McAloose, D., Perez Estrada, C., Novak, B. J., Omer, A. D., Aiden, E. L.

Zheng, M., Tian, S. Z., Maurya, R., Lee, B., Kim, M., Capurso, D., Piecuch, E., Gong, L., Zhu, J. J., Wong, C. H., Ngan, C. Y., Wang, P., Ruan, X., Wei, C.-L., Ruan, Y.

Falk, M., Feodorova, Y., Naumova, N., Imakaev, M., Lajoie, B. R., Leonhardt, H., Joffe, B., Dekker, J., Fudenberg, G., Solovei, I., Mirny, L.

Matthews, B. J., Dudchenko, O., Kingan, S., Koren, S., Antoshechkin, I., Crawford, J. E., Glassford, W. J., Herre, M., Redmond, S. N., Rose, N. H., Weedall, G. D., Wu, Y., Batra, S. S., Brito-Sierra, C. A., Buckingham, S. D., Campbell, C. L., Chan, S., Cox, E., Evans, B. R., Fansiri, T., Filipovic, I., Fontaine, A., Gloria-Soria, A., Hall, R., Joardar, V. S., Jones, A. K., Kay, R. G. G., Kodali, V., Lee, J., Lycett, G. J., Mitchell, S. N., Muehling, J., Murphy, M. R., Omer, A., Partridge, F. A., Peluso, P., Aiden, A. P., Ramasamy, V., Rasic, G., Roy, S., Saavedra-Rodriguez, K., Sharan, S., Sha

Bonora, G., Deng, X., Fang, H., Ramani, V., Qui, R., Berletch, J., Filippova, G. N., Duan, Z., Schendure, J., Noble, W. S., Disteche, C. M.

Rivera-Mulia, J. C., Dimond, A., Vera, D., Trevilla-Garcia, C., Sasaki, T., Zimmerman, J., Dupont, C., Gribnau, J., Fraser, P., Gilbert, D. M.

Fields, P. A., Ramani, V., Bonora, G., Yardimci, G. G., Bertero, A., Reinecke, H., Pabon, L., Noble, W. S., Shendure, J., Murry, C.

Quinodoz, S. A., Ollikainen, N., Tabak, B., Palla, A., Schmidt, J. M., Detmar, E., Lai, M., Shishkin, A., Bhat, P., Trinh, V., Aznauryan, E., Russell, P., Cheng, C., Jovanovic, M., Chow, A., McDonel, P., Garber, M., Guttman, M.

Scacchetti, A., Brueckner, L., Jain, D., Schauer, T., Zhang, X., Schnorrer, F., van Steensel, B., Straub, T., Becker, P. B.

Jeong, M., Huang, X., Zhang, X., Su, J., Shamim, M., Bochkov, I., Reyes, J., Jung, H., Heikamp, E., Presser Aiden, A., Li, W., Aiden, E., Goodell, M. A.

Stephens, A. D., Liu, P. Z., Banigan, E. J., Almassalha, L. M., Backman, V., Adam, S. A., Goldman, R., Marko, J.

Allahyar, A., Vermeulen, C., Bouwman, B., Krijger, P., Verstegen, M., Geeven, G., van Kranenburg, M., Pieterse, M., Straver, R., Haarhuis, J., Teunissen, H., Renkens, I., Kloosterman, W., Rowland, B., de Wit, E., de Ridder, J., de Laat, W.

Robinson, J., Turner, D., Durand, N. C., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J. P., Aiden, E. L.

Sun, J., Zhou, L., Emerson, D. J., Gilgenast, T. G., Titus, K., Beagan, J. A., Phillips-Cremins, J. E.

Shukla, C. J., McCorkindale, A. L., Gerhardinger, C., Korthauer, K. D., Cabili, M. N., Shechner, D. M., Irizarry, R. A., Maass, P. G., Rinn, J. L.

Cohen, N. M., Olivares-Chauvet, P., Lubling, Y., Baran, Y., Lifshitz, A., Hoichman, M., Tanay, A.

Ma, W., Ay, F., Lee, C., Gulsoy, G., Deng, X., Cook, S., Hesson, J., Cavanaugh, C., Ware, C. B., Krumm, A., Shendure, J., Blau, C. A., Disteche, C. M., Noble, W. S., Duan, Z.

Gassler, J., Brandao, H. B., Imakaev, M., Flyamer, I. M., Ladstatter, S., Bickmore, W. A., Peters, J.-M., Mirny, L. A., Tachibana-Konwalski, K.

Li, Y., Mund, M., Hoess, P., Matti, U., Nijmeijer, B., Jimenez Sabinina, V., Ellenberg, J., Schoen, I., Ries, J.

Yang, T., Zhang, F., Yardimci, G. G., Song, F., Hardison, R. C., Noble, W. S., Yue, F., Li, Q.

Finn, E., Pegoraro, G., Brandao, H. B., Valton, A.-L., Oomen, M. E., Dekker, J., Mirny, L., Misteli, T.

Danko, C. G., Choate, L. A., Marks, B. A., Rice, E. J., Wang, Z., Chu, T., Martins, A. L., Dukler, N., Coonrod, S. A., Tait Wojno, E. D., Lis, J. T., Kraus, W. L., Siepel, A.

Tasan, I., Sustackova, G., Zhang, L., Kim, J., Sivaguru, M., HamediRad, M., Wang, Y., Genova, J., Ma, J., Belmont, A. S., Zhao, H.

Pliner, H., Packer, J., McFaline-Figueroa, J., Cusanovich, D., Daza, R., Srivatsan, S., Qiu, X., Jackson, D., Minkina, A., Adey, A., Steemers, F., Shendure, J., Trapnell, C.

Mir, M., Reimer, A., Haines, J. E., Li, X.-Y., Stadler, M., Garcia, H., Eisen, M. B., Darzacq, X.

Phanstiel, D. H., Van Bortle, K., Spacek, D. V., Hess, G. T., Saad Shamim, M., Machol, I., Love, M. I., Lieberman Aiden, E., Bassik, M. C., Snyder, M. P.

Torre, E. A., Dueck, H., Shaffer, S., Gospocic, J., Gupte, R., Bonasio, R., Kim, J., Murray, J., Raj, A.

Rao, S., Huang, S.-C., Glenn St. Hilaire, B., Engreitz, J. M., Perez, E. M., Kieffer-Kwon, K.-R., Sanborn, A. L., Johnstone, S. E., Bochkov, I. D., Huang, X., Shamim, M. S., Omer, A. D., Bernstein, B. E., Casellas, R., Lander, E. S., Lieberman Aiden, E.

Kamar, R. I., Banigan, E. J., Erbas, A., Giuntoli, R. D., Olvera de la Cruz, M., Johnson, R. C., Marko, J. F.

Dixon, J., Xu, J., Dileep, V., Zhan, Y., Song, F., Le, V. T., Yardimci, G. G., Chakraborty, A., Bann, D. V., Wang, Y., Clark, R., Zhang, L., Yang, H., Liu, T., Iyyanki, S., An, L., Pool, C., Sasaki, T., Mulia, J. C. R., Ozadam, H., Lajoie, B. R., Kaul, R., Buckley, M., Lee, K., Diegel, M., Pezic, D., Ernst, C., Hadjur, S., Odom, D. T., Stamatoyannopoulos, J. A., Broach, J. R., Hardison, R., Ay, F., Noble, W. S., Dekker, J., Gilbert, D. M., Yue, F.

Kubo, N., Ishii, H., Gorkin, D., Meitinger, F., Xiong, X., Fang, R., Liu, T., Ye, Z., Li, B., Dixon, J., Desai, A., Zhao, H., Ren, B.

Marchal, C., Sasaki, T., Vera, D., Wilson, K., Sima, J., Rivera-Mulia, J.-C., Trevilla Garcia, C., Nogues, C., Nafie, E., Gilbert, D. M.

Wang, Y., Zhang, B., Zhang, L., An, L., Xu, J., Li, D., Choudhary, M. N., Li, Y., Hu, M., Hardison, R., Wang, T., Yue, F.

Coleman, R. A., Qiao, Z., Singh, S. K., Peng, C. S., Cianfrocco, M., Zhang, Z., Piasecka, A., Aldeborgh, H., Basishvili, G., Liu, W.-L.

Germier, T., Kocanova, S., Walther, N., Bancaud, A., Shaban, H. A., Sellou, H., Politi, A., Ellenberg, J., Gallardo, F., Bystricky, K.

Yan, J., Chen, S.-A. A., Local, A., Liu, T., Qiu, Y., Lee, A.-Y., Jung, I., Preissl, S., Rivera, C. M., Wang, C., Ishii, H., Fang, R., Ye, Z., Ge, K., Hu, M., Ren, B.

Cao, J., Packer, J. S., Ramani, V., Cusanovich, D. A., Huynh, C., Daza, R., Qiu, X., Lee, C., Furlan, S. N., Steemers, F. J., Adey, A., Waterston, R. H., Trapnell, C., Shendure, J.

Dekker, J., Belmont, A. S., Guttman, M., Leshyk, V. O., Lis, J. T., Lomvardas, S., Mirny, L. A., O'Shea, C. C., Park, P. J., Ren, B., Ritland, J. C., Shendure, J., Zhong, S., The 4D Nucleome Network

Nora, E. P., Goloborodko, A., Valton, A.-L., Gibcus, J. H., Uebersohn, A., Abdennur, N., Dekker, J., Mirny, L., Bruneau, B.

Schalbetter, S. A., Goloborodko, A., Fudenberg, G., Belton, J. M., Miles, C., Yu, M., Dekker, J., Mirny, L., Baxter, J.

Schwarzer, W., Abdennur, N., Goloborodko, A., Pekowska, A., Fudenberg, G., Loe-Mie, Y., Fonseca, N. A., Huber, W., Haering, C., Mirny, L., Spitz, F.

Nagano, T., Lubling, Y., Varnai, C., Dudley, C., Leung, W., Baran, Y., Mandelson Cohen, N., Wingett, S., Fraser, P., Tanay, A.

Kim, S., Liachko, I., Brickner, D. G., Cook, K., Noble, W. S., Brickner, J. H., Shendure, J., Dunham, M.

Norton, H. K., Huang, H., Emerson, D. J., Kim, J., Gu, S., Bassett, D. S., Phillips-Cremins, J. E.

Rongxin Fang, Miao Yu, Guoqiang Li, Sora Chee, Tristin Liu, Anthony Schmitt, Bing Ren

Sheila S Teves, Luye An, Anders S Hansen, Liangqi Xie, Xavier Darzacq, Robert Tjian

Vijay Ramani, Xinxian Deng, Kevin L Gunderson, Frank J Steemers, Christine M Disteche, William S Noble, Zhijun Duan, Jay Shendure

Amit Blumberg, Edward J. Rice, Anshul Kundaje, Charles G. Danko, Dan Mishmar

Geoffrey Fudenberg, Maxim Imakaev, Carolyn Lu, Anton Goloborodko, Nezar Abdennur, Leonid A Mirny